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本篇关键词【Olex2】
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为了方便各位更快的找到自己所需要的科研软件，因此我做了一个往期软件目录，点击蓝色字体即可链接对应文章！
| 名称 | 主要功能 |
|---|---|
| HighScore3.0.5+ | XRD数据分析工具 |
| Thermo Avantage | XPS数据分析工具 |
| MDI Jade 6.5 | XRD数据分析 |
| LabSpec | 拉曼光谱分析 |
| MestReNova 14 | 核磁共振NMR数据处理 |
| Image J | 科研图像处理工具 |
| CasaXPS | XPS数据分析 |
| RasMol 2.7.5.2 | 观察生物分子微观立体结构 |
| Nano Measurer 1.2.5 | 纳米颗粒粒度分析软件 |
| Diamond | 原子水平晶体结构可视化 |
| Endnote | 文献管理软件 |
| Origin | 数据分析工具 |
| 3Dsmax | 三维建模和渲染软件 |
| DigitalMicrograph3.5 | 电镜图像分析软件 |
| CrystalMaker | 晶体分子结构图绘制软件 |
| Peakfit | 非线性拟合软件 |
目录
软件下载
软件介绍
安装教程
使用教程
软件下载
[软件名称]：Olex2
[界面语言]：英文
[安装环境]：Win11/Win10/Win8/Win7
[系统位数]：32位&64位
[软件类型]：晶体结构解析软件
[下载链接]：
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软件介绍
Olex2 是一个易于使用的程序，经过十多年的开发磨练，包含使用直观的用户界面解决、优化和完成小分子晶体结构所需的一切，对单晶衍射仪测得的数据进行解析和精修，以得到更加直观的晶体结构，版本会自动更新。
安装教程
注意事项
①解压安装包和软件安装时，关闭杀毒软件，否则安装文件容易被误删除；
②安装软件时，要右击压缩包，把压缩包解压出来，不要直接双击压缩包；
③安装包及软件安装路径，最好是英文或数字，如有中文路径，容易报错；
1.对“Olex2”压缩包进行解压，右键“olex2-installer”，以管理员身份运行
2.提取中
3.可以更改安装路径，但必须是全英文路径，点击“Install”
4.安装中
5.点击“Accept”
6.继续安装
7.点击“我同意许可条款和条件”，再点击"安装"
8.安装成功后，点击“Run！”
9.进入软件，界面如下，安装结束
使用教程
双击olex2.exe 打开程序，可见如下界面，见图1-1。选择菜单栏中File>Open，此时弹出 Open File 对话框，继续选择我们的第一个例子 Sucrose，相应文件位于 D:\c\olex2-win64\sample_data\sucrose 中（假设 olex2 解压路径为D:\c\olex2-win64\，下同），见图 1-2 选择 sucrose.ins，点击打开按钮，打开相应文件，如图 1-3 所示。右上角显示了元素组成、晶体学参数、数据完整度等数值。
图 1-1
图 1-2
图 1-3
这个数据虽然已经解析好，我们要从头解析一遍。点击 Work 选项卡，选择 Solve 选项卡后面的小三角，出现如下界面，如下图 1-4 所示。
图1-4
在 Solution Program 中选择 ShelXS，在 Solution Method 中选择 Direct Method。然后直接点击solve，进行解析，结果见下图 1-5 所示。
图 1-5
背景中显示 RE=0.175（如果显示不全，可以在程序最下方>>处输入 lines 50 然后回车），同时前景图上显示多个褐色的圆球，这些圆球均为 Q 峰，且颜色深浅表示电子云密度的大小。通过滚轮上/下滚动可以增加/减少显示一个 Q 峰，滚动滚轮让屏幕中只显示适当的 Q 峰后点击Q to C按钮，如下图 1-6 所示，这就是解出的粗结构。
图 1-6
点击 Refine 按钮后的小三角refine，显示如下图 1-7 中界面。
图 1-7
将 Refinement Program 选择 ShelXL，然后按下refine按钮（也可以使用快捷键 Ctrl+R）进行精修。结果见下图 1-8 所示。
图 1-8
需要删除结构中多个大圆球，因为相应位置无原子。直接左键点击多个大圆球，选中后圆球变绿，如下图 1-9 所示。然后按下键盘上 Delete键可以直接删除原子。然后再多次按下refine精修多次，直到 Shift/esd 变绿为止，至此所有原子已经找出，接下来该指认原子类型。（如果有原子未找出，可以选中相应 Q 峰，再点击中CHO...中的C按钮，将相应 Q 峰指认成碳 C）
图 1-9
根据键长键角数据（将鼠标直接移到键上可以查看键长值）、Uiso 值（将鼠标直接移到原子上可以查看 Uiso 值）、Q 峰可以明显判断出哪些原子为氧原子，点击选中这些原子，见下图所示。然后点击CHO...中 O 按钮可以将相应原子标记成 O。标记后这些原子变成红色（olex2 中默认氧原子显红色）见下图直到 Shift/esd 变绿为止。
图 1-10
图 1-11
所有原子类型指认完成后进行各向异性精修，点击按钮
，然后再多次按下refine精修多次。直到 Shift/esd 变绿为止。结果见下图 1-12 所示。由于本数据分辨率尚可，从图中可以明显看出 Q 峰位置即为氢的位置。
图 1-12
各向异性精修后进行加氢，点击add H按钮，然后再多次按下refine精修多次。直到 Shift/esd 变绿为止。结果如下图 1-13 所示。加氢的时候建议将按钮前的勾去掉，这样加氢后不直接进行精修，可以检查。如果有原子上没有加氢，可以手动加氢，选择菜单中Mode>HFIX>选择氢类型，然后点击相应原子加氢，加完后按 ESC 退出 Mode 模式。如果有原子上不该加氢，可以直接点击相应氢删除（注意：氮原子上经常多加氢）。如果有原子上氢类型指定错误可以先删除氢再使用上述 HFIX 加氢。
图 1-13
最后精修权重，选择 Weight 后的方框，使其打钩。然后再多次按下精修refine多次。直到 Weight 中两个数值变绿为止。精修工作到此结束。如果需要更改原子编号选择 Work>Naming。如下图 1-14 所示。
图 1-14
Start 表示从几号开始，必填。Suffix 表示下标，选填。Type 表示原子类型，必填。然后把 Automatic Hydrogen Naming 后面打钩。填完后按 Name 按钮开始点击命名。每命名一个原子，原子编号自动加 1。命名完成后点击 ESC 退出命名 Mode。Refine 一次所有原子命名就改了。
所有都更改完毕后点击最上方按钮
，输入 acta、conf、bond $h等指令然后refine 一次生成cif。生成cif 后，点击左上方按钮
可以使用platon验证 cif，也可以在下方>>处输入spy.olexplaton(U)验证，两种方法均需要照 0.2 中配置 platon。验证结果在下方>>输入 edit chk 查看。
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—The end—
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