全网最全!分子材料计算模拟软件Materials Studio安装教程(附安装包),以及使用教程!...


 目录

  1. 软件下载

  2. 软件介绍

  3. 安装教程

  4. 使用教程


软件下载

[软件名称]:Materials Studio 2020

[界面语言]:英文

[安装环境]:Win11/Win10

[系统位数]:32位&64位

[软件类型]:分子材料计算模拟软件

[下载链接]:宫粽号回复【Materials Studio】获取完整安装教程及使用教程

解压密码在宫中号【元素魔方科研服务】获取icon-default.png?t=N7T8https://pan.baidu.com/s/1cxYcIjzQVTPvrdydQ8M8QA?pwd=1234


软件介绍

Materials Studio软件(简称MS)是一款可以快速入门DFT计算的量化软件,它集建模与计算为一体,可以非常方便地进行计算。以我们专业需求为例,它可以计算材料的晶体性质(电子、光子、弹性、振动与热力学性质等)、表面性质(表面能、静电势、功函数等)、表面吸附性质(吸附能、差分电荷密度等)及过渡态搜索等性质。该软件具有windows与linux版本,对没有编程基础的同学非常友好。


安装教程

注意事项

①解压安装包和软件安装时,关闭杀毒软件,否则安装文件容易被误删除;

②安装软件时,要右击压缩包,把压缩包解压出来,不要直接双击压缩包;

③安装包及软件安装路径,最好是英文或数字,如有中文路径,容易报错;

1.安装包大小为 1.86G,安装之前关闭防火墙和杀毒软件

2.解压安装包之后,以管理员身份运行 setup 程序

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3.点击下一步

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4.这两行随意输入内容,点击下一步

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5.设置安装路径,最好只改首字母的盘符,路径中不要有中文,点击下一步

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6.点击下一步

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7.点击下一步

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8.点击安装

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9.安装过程会自动弹窗,耐心等待一会

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10.安装结束,取消勾选,点击完成

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11.在开始菜单找到 Materials Studio 2020 ,把它拖到桌面

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12.选中快捷方式右键打开文件夹所在位置,把安装包里 Crack 文件夹中的 msi2020.lic 复制到刚刚快捷方式打开的文件路径下

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13.以记事本格式打开 msi2020.lic,界面如下

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14.选中此电脑右击属性,复制设备名称

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15.回到记事本文件,将第一行的 this_host 替换为计算机全名,然后保存关闭(如果这一步保存遇到问题,可以使用 Notepad++ 去修改)

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16.在开始菜单找到配置程序,右键选择以管理员身份运行

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17.勾选最后一个,点击下一步

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18.点击证书文件下的安装证书,点击浏览

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19.打开安装目录,找到刚刚修改的 msi2020.lic 然后点击打开

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如果不容易找到,可以将下方的所有文件改为证书文件

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20.点击安装

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21.点击 OK

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22.打开软件,界面如下

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使用教程

在学习软件前,我们要明白软件仅是一个工具,最重要的还是需要知道我们想要计算什么。比如我想分析一个小分子吸附到固体表面的吸附能是多少,那么我们需要收集以下信息:

1. 小分子的分子式,如CO,H2O或其他;

2. 固体材料结构,包括这个固体是什么元素构成,它的晶体结构是什么(比如面心立方、体心立方等)或者需要知道它的空间群信息;

3. 小分子吸附到固体材料结构时,是小分子的哪个原子与固体表面的哪种元素相结合。

收集到以上信息以后,我们便可以进入软件进行操作。首先需要了解软件的基本操作界面。

【MS基本操作界面】

首先启动MS软件,进入如下界面,界面主要分为六个部分,分别是:工程区(文件目录)、视窗区、性质区、工作区、菜单栏以及计算模块。

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【建立新文件】

在文件区域中,我们可以添加或删除文件,操作方式与日常电脑上的文件管理类似。举例来说,若需添加一个新的空白3D文件,首先点击文件名,右键选择‘new’,然后选择‘3D Atomistic Document’,即可创建出新的文件(见下图)。

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下面我们以计算CO在Pt(111)晶面上的吸附能为例,继续进行操作。主要需要分为以下几个步骤:

(1) 将金属Pt的结构文件导入

(2) 接着对该结构沿着(111)晶面方向进行切面

(3) 设置好材料大小及层数

(4) 进行结构优化,计算该材料的能量,得到E1

(5) 接着使用“小铅笔”工具,在该材料表面进行CO的吸附

(6) 进行结构优化,得到该状态下的能量E2

(7) 此外新建文件,画一个CO分子,进行结构优化并计算CO气态分子的能量,得到E3

(8) 计算吸附能

【导入结构文件】

MS自带有材料数据库,位置在安装文件位置+Materials Studio19.1x64Server+share+Structures,根据材料基本分类就可以找到相应的结构文件,如果数据库没有,可以在下面网站找一下。

[materialsproject.org,https://www.ccdc.cam.ac.uk/structures,http://nanocrystallography.org]

下面从MS自带数据库中导入金属Pt的结构文件

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接下来,将鼠标放在视窗窗口上,右键选择“display style”,然后选择显示模式为“CPK”,这样就能更清晰地观察晶体结构。

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【切面】

下面进行切面操作,在菜单栏选择“bulid”-“surfaces”-“cleave surface”

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设置切面信息(包括期望的晶面方向和切割的层数),得到三层的Pt(111)材料;但显示效果不太明显,因此将鼠标放在视窗窗口,调出“display style”,在lattice参数中,将u和v均增加到4,即可得到(4×4)的三层Pt(111)材料。

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【结构优化】

在对该材料进行结构优化前,需要先建立一个真空层,在菜单栏中选择:

“build”-“crystals”-“build vacuum slab”,设置真空层厚度为25埃(15~30均可)

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接着将材料结构设为超胞形式:

“build”-“symmetry”-“supercell”。并将材料的第一第二层材料进行固定(选中第一第二层,在菜单栏点击“modify”-“constrains”),以代表体相所处的状态。

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接下来进行结构优化以得到稳定的结构,这里选择dmol3模块进行优化。在计算模块中,选择dmol3-caculation,调出计算任务窗口,将计算任务设置为“Geometry optimization”,然后根据文献或学习选择合适的计算条件(如泛函、基组等信息设置),点击“run”即可开始计算。

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【CO吸附与结构优化】

在已经结构优化完成的(4×4)三层Pt(111)材料上进行CO表面吸附,主要使用“sketch atom”小铅笔在材料表面构建CO。选中CO分子后,可以对其位置进行调整。

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同样地,在dmol3模块中调出计算设置,对该结构进行优化以计算该状态下的能量。此外,需要在一个新的空白3D文件中,同样使用“sketch atom”小铅笔绘制一个CO分子,对其进行结构优化并计算其能量。

通过查阅文献,可以计算出CO在Pt(111)晶面的吸附能。

ps:任何计算都是源于我们的需求,因此在计算前,我们需要明确的知道我们想要计算什么。接着便是查阅资料收集所需要的计算信息,比如前面所提到的晶体结构信息等。

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1.1量子力学方法 1.1.1 CASTEP CASTEP由Cambridge大学Mike Payne教授发布,采用密度泛函理论、平面波赝势法(用平面波描述外层价电子,内层电子用赝势代替),进行第一性原理量子力学计算的程序。其中总能量包含动能、静电能和交换关联能三部分,各部分能量都可以表示成密度的函数。电子与电子相互作用的交换和相关效应采用局域密度近似(LDA)或广义密度近似(GGA),静电势只考虑作用在系统价电子的有效势(即赝势:Ultrasoft 或norm-conserving),电子波函数用平面波基组扩展(基组数由Ecut-off确定),电子状态方程采用数值求解(积分点数由FFT mesh确定),电子气的密度由分子轨道波函数构造,分子轨道波函数采用原子轨道的线性组合(LCAO)构成。计算总能量采用SCF迭代。CASTEP在计算分子、固体、表面、界面、掺杂、错位等方面非常有优势。 主要功能及特性:  支持 PBE、PBE0、HSE03、HSE06以及SCAN meta-GGA 等交换关联泛函;  能量计算:形成能、吸能、缺陷形成能、内聚能、表面能等;  结构优化:力与应力的计算、几何驰豫(原子坐标、晶胞参数、键长、键角、)等;  过渡态:过渡态搜索等;  电子结构:能带、态密度(局域、分波)、声子谱、电荷密度、差分电荷密度、电子局域函数、电子轨道、扫描隧道显微镜STM模拟、共价键级、静电势(支持可视化)、静电荷(Mulliken、Hirshfeld)、功函数、自旋极化(共线、非共线)、支持旋轨耦合、费米面、支持利用On-the-fly 生成模守恒(normconserving)赝势,特别适用于计算磁性材料和包含f电子的元素;  介电性质:波恩有效电荷、静态介电常数张量、极化率张量;  力学性质:弹性力常数张量,体模量,剪切模量,杨氏模量,泊松比;热力学性质:声子态密度、色散谱、熵、焓、自由能、零点能、德拜温度、等容热容随温度的变化曲线;  光学性质:红外光谱、拉曼光谱5.0、核磁共振谱(NMR CASTEP,可用DFT+U)、电子能量损失谱4.4(旋轨耦合效应5.5)、X射线吸收谱4.4(旋轨耦合效应5.5)、光频介电常数虚(实)部、吸收系数、折射率、能量损失函数、光导率虚(实)部;  动力学计算:支持NVE、NVT、NPT以及NPH等系综,以及多种控温控压函数;
计算材料设计Material Studio教程》是一份关于使用Materials Studio软件进行计算材料设计的教程。Materials Studio是由BioVia公司开发的一套用于材料建模和模拟软件工具。 教程的目的是帮助读者学习如何使用Materials Studio软件进行材料设计和模拟。该教程主要包含以下内容: 1. Materials Studio简介:介绍Materials Studio软件的基本概念,包括其主要功能和应用领域。 2. 材料建模:讲解如何使用Materials Studio进行材料建模,包括选择合适的建模方法和建模参数,构建原子模型等。 3. 材料模拟:介绍如何使用Materials Studio进行材料模拟,包括分子动力学模拟、密度泛函理论计算等。 4. 结果分析:讲解如何使用Materials Studio模拟结果进行分析,包括结构分析、能量计算、晶体学参数计算等。 5. 实例演练:给出一些实例演练,帮助读者进行实践操作,加深对Materials Studio的理解和应用能力。 通过学习该教程,读者可以掌握Materials Studio软件的基本操作,理解材料设计的基本概念和方法,并能够利用Materials Studio进行材料建模、模拟和分析。这对于从事材料设计和研究的科研人员和工程师来说是一份非常实用的教程。 总之,《计算材料设计Material Studio教程》是一份帮助读者学习使用Materials Studio软件进行材料设计和模拟的教程,通过学习该教程可以提升材料设计和研究的能力。
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