E_gene的博客

接下来研究以细胞类型特异性方式差异甲基化的基因组区域，作者将205个样本分为39种特定细胞类型，每种细胞类型的前25个差异性未甲基化区域构成了一个包含1246个标记的人类细胞类型特异性甲基化图谱（图3）。本研究的图谱最有前景的用途可能是混合细胞类型样本的片段级去卷积，允许在癌症和其他疾病患者的血浆中高灵敏度的鉴定cfDNA的起源组织。研究人员在特定细胞类型中鉴定差异甲基化区域，以揭示细胞类型特异性的生物过程，定义细胞身份，并促进甲基化生物标志物的发展，以鉴定循环cfDNA片段的细胞起源。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。肠道菌群（gut microbiome）是影响宿主基因表达的表观遗传效应因子。最近的研究表明，宿主能够通过表观遗传变化影响其肠道菌群，包括影响免疫基因的宿主基因表达、肠道屏障功能以及通过非编码RNA的组蛋白和DNA修饰。对宿主生物的表观遗传修饰与其相关肠道菌群构成或活性之间的动态互作研究表明，宿主有机会通过导致基因表达和非编码RNA活性变化的表观遗传改变来塑造其微生物组。本文利用微生物组诱导的表观遗传变化，综述了宿主表观遗传调控其肠道菌群的潜力，

表中将高甲基化DMRs和上调DEmiRs相关的下调基因显示为红色，将低甲基化DMRs和下调DEmiRs相关的上调基因显示为蓝色，将高甲基化DMRs和下调DEmiRs相关的上调基因显示为绿色，将低甲基化DMRs和上调DEmiRs相关的下调基因显示为橙色。易基因提供全面的表观基因组学（DNA甲基化、DNA羟甲基化）和表观转录组学（m6A、m5C、m1A、m7G、ac4C）、染色质结构与功能组学技术方案（ChIP-seq、ATAC-seq），详询易基因：0755-28317900。

从无脊椎动物到人类的谱系，观察到两波m5C调控创新：更高等动物在mRNA的5'端获得由NSUN2介导的顺式m5C位点，同时伴随着更具结构化的5'UTR区域的出现；为了克服这一挑战，2019年研究人员基于富集mRNA的RNA亚硫酸盐测序（BS-seq）可以稳健的鉴定和定量分析mRNA m5C位点。为理解mRNA m5C的分布、功能和进化，中山大学张锐、徐艳文、周灿权团队和浙江大学戈万忠团队利用RNA-BS测序技术对6个动物物种样本进行分析，以构建不同发育阶段的mRNA m5C的定量图谱。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。卵巢是女性重要的生殖器官，也是最早表现出衰老迹象的器官之一，通常在35岁左右开始，卵巢衰老（ovarian aging，OA）是导致与年龄相关的不孕问题的重要因素，包括卵泡数量和卵子质量的逐渐下降，对女性生育能力构成威胁。m6A是一种普遍存在的RNA表观遗传修饰，已在多种生理和病理背景下显示出重要作用。m6A与组蛋白修饰之间的调控机制以及m6A在卵巢发育和衰老中的作用尚不清楚。

ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing）是通过使用高通量测序对转座酶可接近性核染色质区域进行分析的一种创新表观遗传学研究技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割，进而获得在该特定时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。真核生物的DNA并不是裸露的，而是被包装成核小体形成串珠状结构并进一步被折叠、包装。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。在精准肿瘤学时代，异常的遗传和表观遗传学变化鉴定促进了癌症诊断、管理和治疗方式的改变。DNA羟甲基化（5-羟甲基胞嘧啶，5hmC）是一种新兴的表观遗传修饰，由TET酶通过氧化5-甲基胞嘧啶（5mC）形成。DNA羟甲基化表现出组织和癌症特异性模式，在DNA去甲基化和基因调控中至关重要。5hmC检测方法的最新进展，以及在游离细胞DNA（Cell-Free DNA，cfDNA）中鉴定5hmC，表明了游离细胞5hmC作为癌症生物标志物的潜力。本文探讨了D

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。前列腺癌（Prostate cancer，PCa)是全球男性中最常见的恶性肿瘤之一，也是导致男性癌症死亡的第二大原因。尽管雄激素受体（Androgen receptor，AR）信号通路在前列腺癌进展中至关重要，但长期雄激素剥夺治疗（androgen deprivation therapy，ADT）最终会失败，导致致命的去势抵抗性前列腺癌（CRPC）。目前，AR靶向治疗的抗性导致前列腺癌的治疗仍存在挑战，寻找新的治疗靶点变得尤为重要。

本研究表明，发育过程中暴露于一定浓度的抗雄激素类除草剂Linuron后，会诱导雄性传递的胰腺DNA甲基化模式的跨代改变。在关键代谢基因中检测到差异甲基化区域（DMRs），包括重要的2型糖尿病标记物（tcf7l2和adcy5）、胰腺导管腺癌（plec）以及调控钙信号的基因，这些基因可以影响胰腺的外分泌和内分泌功能。该技术显著提高了高CpG区域的测序深度，在CpG岛、启动子区域和增强子元件区域可以获得高精度的分辨率，是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法，在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。

DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。总之，本研究展示了HPV通过circE7驱动的表观遗传修饰促进HNSCC免疫逃逸机制，并提出了联合使用抗PD-1和抗TIM-3抑制剂的HNSCC潜在免疫治疗策略，这种联合治疗选择可以增强HNSCC免疫疗法的效果，为头颈鳞癌免疫治疗提供了新靶点和潜在治疗策略。CAL27和HN30细胞进行circE7过表达，或SCC090和SCC154细胞circE7敲低，然后与人原代T细胞共培养6小时，加入5μg/mL抗PD-1或抗PD-1/TIM-3。

最近，细胞游离甲基化DNA免疫沉淀与下一代测序（cfMeDIP-seq）的发展为分析cfDNA甲基化组提供了一种有效的方法。易基因提供全面的表观基因组学（DNA甲基化、DNA羟甲基化）和表观转录组学（m6A、m5C、m1A、m7G、ac4C）、染色质结构与功能组学技术方案（ChIP-seq、ATAC-seq），详询易基因：0755-28317900。F-H. TCGA（F）、CPGEA（G）和WCDT（H）队列中高GR-DMR甲基化组中下调基因的生物学过程（BP）的基因本体（GO）富集分析。

为研究早期中度PAE和富含甲基供体（HMD）饮食在妊娠期间对子代DNA甲基化和行为结果的影响，作者采用包含四个处理组的小鼠模型（H2O-NC组、PAE-NC组、H2O-HMD组、PAE-HMD组），旨在评估酒精暴露与对照组小鼠相比对子代DNA甲基化的影响（图1）。与正常食物（NC）相比，HMD与运动活性增加相关，这通过非配对t检验在（a）开放场测试（N=104）、（b）物体识别测试（N=108）、（c）高架十字迷宫测试（N=88）和（d）物体位置测试（N=98）中显著增加的总行进距离来表明。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。通过甲基转移酶对真核RNA的N6-甲基腺苷(m6A)进行可逆调控是影响RNA代谢的一种重要表观遗传事件。因此，m6A甲基化在调控动物生长、发育、繁殖和疾病进展中发挥着至关重要的作用。本文回顾了m6A甲基化修饰的最新研究进展，并讨论了其在家畜生长、发育和繁殖性状中的调控作用，展望了m6A甲基化修饰在塑造经济重要性状中的研究前景。m6A的基本调控机制m6A修饰是一种常见的RNA修饰类型，其可以改变RNA分子的化学属性和空间结构，从而影响其功能性。m6

(K-L) 流式细胞术分析显示IGF2BP3-KD OE-19 (K) 和 SK-GT4 (L) 细胞在sub-G0-G1期、S期和G2-M期细胞周期阶段的百分比(n = 3)。(G-H) RIP-qPCR显示转染了FTO和ALKBH5的dm6ACRISPR系统的OE-19细胞中CDC25A 3' UTR的m6A修饰(G)和IGF2BP3(H)的富集。(C-D) IGF2BP3-KD OE-19 (C) 和 SK-GT4 (D) 细胞在未涂层Transwell实验中的定量分析（左）和代表性显微照片（右）。

Smart-seq2技术有较好的覆盖范围，可检测到稀有转录本，无需额外的专业设备，应用范围较广，可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的问题，是在单细胞水平研究基因表达强有力的工具，极大地拓展了RNA-seq 的应用范围。的研究成果，该研究使用母体哺乳期低蛋白饮食（LPD）的小鼠模型，研究LPD饮食如何通过卵母细胞的DNA甲基化变化及其基因调控等表观遗传影响子代的生存、生长、繁殖能力以及代谢健康，并探讨其跨代传递的潜在机制。

最后线粒体α-酮戊二酸（α-KG）合成的关键酶IDH2和TET酶的辅因子α-KG，在1-NP组的胎儿前脑中减少（图7M–O）。分析α-KG对1-NP引起的中间神经元迁移相关基因表达减少的影响（图8G–I），结果表明，妊娠期间补充α-KG缓解了1-NP在胎儿前脑中引起的Sema3F、Nrg1和Erbb4减少（图8G–I）。此外，研究还表明补充α-酮戊二酸（α-KG，TET酶的辅因子），可以逆转1-NP诱导的中间神经元迁移相关基因特定位点的低羟甲基化，缓解中间神经元迁移延迟并改善由1-NP引起的自闭症。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。非酒精性脂肪性肝炎（nonalcoholic steatohepatitis，NASH）是一种慢性肝脏疾病，其特征是肝脏中脂肪积累、炎症和纤维化。干扰素基因刺激因子（stimulator of IFN genes，STING）是一种细胞质DNA传感器，与NASH中的炎症激活有关。先天免疫激活对于NASH进展期间引发肝脏炎症至关重要，然而免疫调节分子如何识别脂肪生成、纤维化和炎症信号的机制尚不清楚。

将6只100日龄的雌性三黄鸡根据腹部脂肪比例被分为高脂组（n=3）和低脂组（n=3），并对其腹部脂肪组织进行MeRIP-seq和RNA-seq分析。m6A peak数量变化、m6A修饰基因数量变化、单个基因m6A peak数量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修饰基因的功能分析。差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的PPI分析、候选基因的m6A修饰可视化展示。

将6只100日龄的雌性三黄鸡根据腹部脂肪比例被分为高脂组（n=3）和低脂组（n=3），并对其腹部脂肪组织进行MeRIP-seq和RNA-seq分析。m6A peak数量变化、m6A修饰基因数量变化、单个基因m6A peak数量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修饰基因的功能分析。差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的PPI分析、候选基因的m6A修饰可视化展示。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。RNA修饰近来已成为热门话题，它们通过影响RNA生成、转运、功能和代谢等过程，是细胞生物学的关键调节因子。本文介绍了包括N6-甲基腺苷（m6A）、5-甲基胞嘧啶（m5C）、N1-甲基腺苷（m1A）、N7-甲基鸟苷（m7G）、N4-乙酰胞嘧啶（ac4C）、假尿苷（Ψ）、尿苷化和腺苷-肌苷（A-to-I）RNA编辑在内的8种RNA修饰的生物学功能和作用机制，这些修饰由RNA修饰酶（“writers”，“erasers”和“readers”）进行添加、

Setdb1基因敲除增加了CTCF对这些SINE元件的可及性，CTCF与这些位点结合介导染色质环的重分布。2024年7月3日，复旦大学脑科学研究院江燕课题组与基础医学院刘赟课题组博士后蒙伟达合作共同通讯，利用广泛的表观基因组分析，包括ATAC-seq、抗H3K9me3 ChIP-seq、WGBS、抗CTCF ChIP-seq、原位Hi-C以及RNA-seq分析，揭示了小鼠神经前体细胞（NPCs）中组蛋白甲基转移酶SETDB1调控SINEs活性和染色质环构象的表观遗传分子机制，及其在NPCs增殖中的作用。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。单细胞及微量样本的DNA甲基化组学研究很大程度上受制于建库技术。传统的文库构建方法或类似于基因组DNA的单细胞扩增技术很难应用到甲基化实验过程中。易基因建立了一系列微量及单细胞甲基化检测方法，可对于不同项目需求，个性化提供检测方案，在全基因组、简化基因组、靶基因等范围开展甲基化检测。

箱线图显示了基于H3K27ac cfChIP-seq分析（A）、H3K4me3 cfChIP-seq分析（B）、cfDNA甲基化分析（C）或cfDNA染色质可及性分析（D）的EGFRm-LUAD和EGFRm-tSCLC患者血浆样本的cfDNA SCLC风险评分。”的研究论文，研究通过表观基因组cfDNA分析DNA片段的表观遗传学特征（如DNA甲基化、组蛋白修饰等），揭示了可以通过cfDNA表观基因组分析无创地检测EGFR突变型LUAD患者中的小细胞转化，从而识别和监测癌症的存在和进展。

这项研究提供了对衰老分子机制的新见解，特别是关于RNA代谢和转录调控如何与衰老过程互作的理解，对Tho2-Nrd1轴的进一步研究可能有助于开发延缓衰老和改善健康寿命的策略。运用组蛋白特定修饰的特异性抗体或DNA结合蛋白或转录因子特异性抗体富集与其结合的DNA片段，并进行纯化和文库构建，然后进行高通量测序，通过将获得的数据与参考基因组精确比对，研究人员可获得全基因组范围内某种修饰类型的特定组蛋白或转录因子与基因组DNA序列之间的关系，也可对多个样品进行差异比较。（c） WT和指示突变体的CLS分析。

分析结果表明精子发生与甲基化重塑有关，包括初级精母细胞中DNA甲基化的整体下降，然后选择性再甲基化，最终形成精子细胞/精子特异性甲基化组。初级精母细胞中DNA甲基化整体下降后，精子细胞/精子中特定区域的选择性再甲基化，表明低甲基化的初级精母细胞基因组不仅仅是DNA复制的暂时副作用，而是建立精子细胞/精子特异性甲基化所必需。DNA甲基化在精子发生过程中对不同TEs的保护作用及其与男性不育的关系，特别是在减数分裂的低甲基化时期，仍有待阐明。图4：精子/精子细胞甲基化组中的低甲基化区域标记精子细胞的特异性基因。

2024年5月10日，浙江大学环境与资源科学学院朱利中院士团队以水稻（Oryza sativa L.）为模式植物，选择磺胺嘧啶（SD，sulfadiazine，嘧啶环上无甲基）及其同源磺胺甲基嘧啶（SD1，sulfamerazine，有一个甲基）作为代表性污染物，研究磺胺类药物对水稻表观遗传变异的影响，以及外源性甲基对DNA甲基化的结构效应影响。从紫色（-0.2，低甲基化）到黄色（0.2，高甲基化）的颜色梯度代表差异甲基化水平差异，从蓝色（-2，表达下调）到红色（2，表达上调）代表log2FC水平。

RNA-BiS-Seq和RNA-Seq的综合分析表明，与对照组相比，NSUN2基因敲除CRC细胞中ENO1的m5C甲基化和mRNA水平显著降低（图3G）。RT-qPCR分析和Western Blot分析结果表明，NSUN2敲低和基因敲除显著降低了CRC细胞中ENO1 mRNA（图3H）和蛋白水平（图3I），而NSUN2过表达则结果相反（图3H、I）。同样的，在AOM/DSS诱导的Nsun2+/+小鼠中观察到的组织学异常中ENO1的水平也高于Nsun2-/-小鼠（图3P）。

易基因拥有一支充满活力的科研服务团队，致力于以“引领表观遗传学科学研究与临床应用”为愿景，依托高通量测序技术和云数据分析平台，为医疗机构、科研机构、企事业单位等提供以表观遗传学技术为核心的多组学科研服务及解决方案，全面覆盖针对生命科学基础研究、医学及临床应用研究等内容。为医疗机构、科研机构、企事业单位等提供以表观遗传学技术为核心的多组学科研服务及解决方案，全面覆盖针对生命科学基础研究、医学及临床应用研究等内容。：负责全年销售计划、区域市场开拓策略的制定，并带领团队完成目标客户的维护和新客户的开发。

此外，结果表明METTL3通过m6A修饰增强Hspa1a mRNA的稳定性来调控成骨细胞衰老。易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），结合高通量测序，可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量，总RNA起始量可降低至10μg，最低仅需1μg总RNA。差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的PPI分析、候选基因的m6A修饰可视化展示。

本研究揭示了c-di-AMP与感应N-乙酰葡萄糖胺（GlcNAc）调节因子DasR的结合，表明c-di-AMP和GlcNAc信号之间存在直接关联。GlcNAc不仅在细胞表面结构中扮演基础性角色，还作为一种调控从细菌到人类多种细胞过程的主要营养物质和信使分子。研究还表明，增加的c-di-AMP水平能够变构激活DasR，使其作为GlcNAc利用的主要抑制因子，抑制DasR介导的GlcNAc信号级联反应，并导致红霉素生产菌（Saccharopolyspora erythraea）发育转换和抗生素合成的一致性增强。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。表观遗传变化是指不涉及DNA序列改变的基因表达变化。这些变化导致建立所谓的表观遗传代码，它决定哪些基因被激活以及何时被激活，从而调控基因表达，并在发育、健康和疾病中发挥关键作用。由于大脑主要由不经历生命周期更新的细胞组成，因此对导致神经元死亡和神经退行性疾病变化特别敏感，尤其是在晚年。本文回顾了在大脑中的主要表观遗传修饰，特别关注那些与发育异常或神经退行性疾病的发生相关和/或衰老相关修饰。DNA甲基化和几种类型的组蛋白修饰（乙酰化、甲基化、磷酸化

运用组蛋白特定修饰的特异性抗体或DNA结合蛋白或转录因子特异性抗体富集与其结合的DNA片段，并进行纯化和文库构建，然后进行高通量测序，通过将获得的数据与参考基因组精确比对，研究人员可获得全基因组范围内某种修饰类型的特定组蛋白或转录因子与基因组DNA序列之间的关系，也可对多个样品进行差异比较。X光照射的小鼠和年龄匹配的未受照射的对照小鼠在笼中保持3h。与X-射线的结果一样，多柔比星处理后，在肝脏和脾脏的Cdkn1a、Bbc3和Mdm2基因的反应元件上检测到p53的占据，Alb基因的一个区域被用作阴性对照。

通过与之前研究中的H3K27ac峰值比较，验证了这些峰值的真实性。运用组蛋白特定修饰的特异性抗体或DNA结合蛋白或转录因子特异性抗体富集与其结合的DNA片段，并进行纯化和文库构建，然后进行高通量测序，通过将获得的数据与参考基因组精确比对，研究人员可获得全基因组范围内某种修饰类型的特定组蛋白或转录因子与基因组DNA序列之间的关系，也可对多个样品进行差异比较。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术，可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定，为研究的深入开展打下基础。

长链非编码RNA（lncRNA）在胃癌的肿瘤发生中起着至关重要的作用。然而，lncRNA甲基化对胃癌干细胞（GCSC）的影响尚不清楚。

全基因组ChIP实验的目标是定位整个基因组中具有最大信噪比和完整性目标蛋白的结合位点。ChIP-seq的基本流程如图1A所示。用化学试剂处理细胞或组织，使蛋白质与DNA共价交联。然后是通过细胞破碎和超声处理，或是酶解（某些情况），将染色质剪至100-300bp大小。再通过靶向该因子的特异性抗体纯化目标蛋白（转录因子、组蛋白修饰、RNA聚合酶等）及其结合DNA，相对于起始染色质进行富集。另外，也可以生成表达表位标记因子的细胞系，并通过表位标签免疫沉淀融合蛋白。

为助力适用低起始量DNA样本（5ng）量多维度甲基化分析，易基因开发了富集覆盖CpG岛、启动子、增强子、CTCF结合位点的甲基化靶向基因组测序方法：extended-representation bisulfite sequencing（XRBS），实现了高灵敏度和微量样本复用检测，使其具有高度可扩展性，并适用于有限的样本和单个细胞基因组CG位点覆盖高达15M以上。展示了在Cyp2d9和Cyp1a2基因的最显著差异甲基化位点（a-DMS）上，随着年龄的增长，DNA甲基化的变化情况。（每个年龄组n=12）。

HOXA5基因的DNA甲基化导致的表达丢失是肾脏疾病纤维化的一个重要机制，通过诱导JAG1和激活NOTCH信号通路来促进纤维化。该技术显著提高了高CpG区域的测序深度，在CpG岛、启动子区域和增强子元件区域可以获得高精度的分辨率，是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法，在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。”的研究论文，研究了HOXA5基因在肾纤维化中的作用，特别是其启动子区域高甲基化如何导致HOXA5表达丢失，进而影响JAG1表达和NOTCH信号通路，从而促进肾纤维化发展。

的研究论文，探讨了NSUN2介导的m5C RNA甲基化如何通过促进磷酸核糖甲酰甘氨酸脒合酶（phosphoribosylformylglycinamidine synthase，PFAS） mRNA的稳定性和表达来影响视网膜母细胞瘤（RB）的进展。显著性由不成对的两尾学生t检验确定**p

A-D) m6A缺失背景下mRNA丰度显著变化的转录本的平均堆叠定位：在14天大的幼苗中，Col-0（黑色）、mta（红色）、增加丰度（虚线）和减少丰度（实线）的转录本在flg22处理前后的分布情况。这些数据显示了m6A标记在转录本中的定位以及在m6A缺失背景下丰度变化的转录本的分布模式。F）在这些低甲基化转录本中，GO富集显示，在暴露于flg22之前，在免疫和防御相关显著富集，而在处理后，在发育、生长和细胞过程富集，这表明，在对病原体信号的响应中，m6A修饰在与防御和生长权衡相关的转录本中特异性富集。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。高通通量表观基因组分析技术可用于阐明大脑中细胞复杂性的基因调控程序。5'-甲基胞嘧啶 (5mCs)是哺乳动物基因组中最常见的修饰碱基，大多数5mCs发生在胞嘧啶-鸟嘌呤二核苷酸（CpGs）上。CG差异甲基化区域 (DMRs)通常是顺式调控元件（CREs）的标志。在脊椎动物的神经系统中，5mCs也在非CpG（或CH，H=A、C或T）中被大量检测到。CG和CH甲基化（mCG和mCH）在大脑发育过程中高度动态变化，并表现出细胞类型特异性。mCG和mCH