易基因｜新品：新型肿瘤标志物检测利器——cfDNA甲基化测序（cfDNA-RBS）

置顶易基因科技

于 2022-04-01 13:44:42 发布

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分类专栏：技术解读高分文章高分文献文章标签：生物信息学生物学经验分享

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大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。

游离DNA（Circulating free DNA，cfDNA），是人体组织释放到血液等循环体系中的降解的DNA片段，是一种新型的肿瘤分子标志物。ctDNA（Circulating tumor DNA）特指来源于肿瘤细胞的cfDNA，ctDNA甲基化是重要的表观学修饰之一，可以在不改变基因序列的情况下，改变遗传表现，从而控制基因的表达。基因甲基化发生是癌症发生的重要机制，相当于调控基因表达的“开关”，其稳定性和一致性较好，因此ctDNA甲基化是癌症肿瘤标志物筛查的理想手段。

肿瘤的组织起源决定了其组织特异性的DNA甲基化模式：

（1）血浆中cfDNA包含来自机体各个组织器官凋亡细胞释放的DNA。

（2）肿瘤细胞释放的cfDNA比正常组织细胞更高。

肿瘤的表观遗传标志物

一、cfDNA甲基化检测技术瓶颈：

对于cfDNA等相对微量且片段化十分严重的样本，常用甲基化检测主要包括cfMeDIP，微量WGBS技术。应用RRBS检测的CG位点极为有限，主要原因cfDNA自身就在选择片段范围之内，如果片段内CG含量高被酶切，反而更短不被富集，因此可能检测到的都是CG含量低的区域片段。

追踪肿瘤的DNA甲基化模式

二、易基因cfDNA-RBS亮点：

为助力低样本量多维度分析，易基因开发了富集覆盖CpG岛、启动子、增强子、CTCF结合位点的cfDNA甲基化测序方法——cfDNA-RBS，实现了高灵敏度和样本复用，使其具有高度可扩展性，并适用于有限的样本和单个细胞。

易基因建立的cfDNA-RBS技术，仅需10-15G测序数据，DNA建库起始量低至5ng的cfDNA样本，可以检测到的5X位点高达4M以上，是目前肿瘤甲基化标志物检测研究的优选技术，应用场景包括肿瘤早筛、肿瘤诊断、个性化用药、实时监控、预后监测等。

癌前病变的癌变预警标志物检测
肿瘤早期筛查标志物检测
肿瘤预后标志物检测
药物疗效预测标志物检测

WGBS、cfDNA-RBS、RRBS技术位点覆盖对比

三、技术优势：

易基因科技在DNA甲基化修饰等表观遗传检测领域，积累了一系列国际先进技术，可对高通量DNA甲基化组学研究，包括单细胞、微量和常量DNA甲基化测序，ctDNA、FFPE等严重降解痕量DNA甲基化检测等，提供多种有效解决方案。低成本、高通量的DNA甲基化组学测序技术建立，将为研究者对不同时间和空间的表观修饰研究奠定基础。

1）微量细胞或单细胞全基因组甲基化测序（Micro DNA-WGBS）DNA起始量：

单细胞/100-1000个细胞

1ng基因组DNA

90%以上基因组CG覆盖

2）微量细胞或DNA简化基因组甲基化测序（Micro DNA-RRBS）DNA起始量：

1ng基因组DNA；

10-20M有效CG位点覆盖；

10-20G测序数据量；

3）微量cfDNA简化基因组甲基化测序（cfDNA-RBS）

100ul血浆或1ng cfDNA

10M有效CG位点覆盖

15-20G测序数据量

四、cfDNA-RBS信息分析

易基因建立的cfDNA-RBS技术，可基于CpG岛、启动子、增强子、CTCF结合位点等区域，实现单碱基分辨率的甲基化位点精准定位，快速准确地找到差异位点，实现高效分析DMR及相关基因的功能分析。

cfDNA-RBS	分析内容	解决问题
标准分析	测序数据质量评估	过滤掉低质量数据，保证数据质量
参考基因组比对分析	比对率和覆盖度分析
MSPI酶切效率及Bisulfite转化率质控	MSPI酶切效率>95%；Bisulfite转化率>99%
甲基化位点 calling	分析胞嘧啶甲基化位点
甲基化分布图谱	甲基化在基因组及功能元件上的分布
组间差异甲基化DMR分析	寻找 DMR及注释
差异甲基化基因DMG分析	相关基因 GO，KEGG 富集分析
多样本聚类分析	PCA 分析多样本甲基化变化规律
【个性化分析、多组学关联分析请联系对接销售或技术支持评估】

五、不同DNA甲基化检测技术指标比较

不同DNA甲基化检测技术CG位点比较

六、cfDNA甲基化临床研究技术选择推荐

cfDNA甲基化临床研究技术选择推荐

研究类型	样本量	研究方向	WGBS	cfDNA-RBS	Target-BS	850K
大型队列研究EWAS	(几百以上)	分子机制/biomarker	★★	★★★★★	★★★★★	★★★★
临床样本库	(几百)	Biomarker	★★★	★★★★★	★★★★★	---
临床样本	(十几~几十)	分子机制/Biomarker	★★★★	★★★★★	---	---
动物模型	(3~6)	分子机制	★★★★★	★★★	---	---
细胞系	(1~3)	分子机制	★★★★★	★★	---	---

*考虑因素：样本类型（DNA含量与完整性）、经费、期望检测范围、样本异质性等。

七、关于易基因：

专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务

易基因技术团队在国际上首创LHC-BS、HMST-seq、ChIP-BS、cfDNA-TBS等甲基化、羟甲基化技术流程，研发建立简化基因组甲基化dRRBS、cfDNA-RBS，单细胞/微量DNA全基因组甲基化及简化高通量甲基化测序技术，RNA甲基化测序等技术和方法，，并建立易基因科技全自动化弹性资源生信分析系统。在Nature、Lancet、Science、Nat Commun、Cell Res、Genome Biol、Blood、PloS Genet、Epigenetics、Epigenomics、Clin Epigenetic等著名期刊发表论文近100篇，申请发明专利12项、软件著作权27项。