易基因：MeRIP-seq+RNA-seq揭示家禽(鸡)脂肪沉积中的m6A RNA甲基化调控机制｜项目文章

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脂肪组织是主要的脂肪沉积和代谢场所，在人类和动物的健康、代谢平衡和免疫稳态中起着重要作用。肥胖引起的多种代谢疾病已成为全球性健康问题。家禽腹部脂肪的过量沉积也会导致代谢疾病和增加饲料浪费，从而增加家禽生产成本。先前的研究表明N6-甲基腺苷（m6A）RNA甲基化在各种生物过程中的作用，因此分析m6A RNA甲基化在家禽LCAT mRNA稳定性和脂肪形成（adipogenesis）中的具体作用非常重要。

华南农业大学动物科学学院罗庆斌副教授和黎镇晖副研究员共同通讯在《BMC Genomics》杂志发表题为“ALKBH5 regulates chicken adipogenesis by mediating LCAT mRNA stability depending on m6A modification（ALKBH5通过m6A修饰调节LCAT mRNA稳定性来调控鸡脂肪形成）”的研究论文。研究首先基于家禽腹部脂肪比例将100日龄雌性三黄鸡分为高脂组和低脂组，并利用MeRIP-seq和RNA-seq技术对两组的腹部脂肪组织进行分析，以鉴定与脂肪形成相关的m6A修饰差异基因。进一步通过细胞实验研究ALKBH5对LCAT mRNA去甲基化及稳定性的影响。本研究揭示了ALKBH5通过去甲基化调控LCAT mRNA稳定性，并影响家禽脂肪形成。该研究为进一步理解家禽脂肪沉积中的RNA甲基化调控机制提供理论基础。易基因科技为本研究提供MeRIP-seq和RNA-seq技术服务。

研究方法

研究结果

将6只100日龄的雌性三黄鸡根据腹部脂肪比例被分为高脂组（n=3）和低脂组（n=3），并对其腹部脂肪组织进行MeRIP-seq和RNA-seq分析。通过对MeRIP-seq和RNA-seq组学数据的综合分析，鉴定出16个与m6A修饰相关的差异表达基因。其中包括与脂肪形成相关的ELOVL脂肪酸延伸酶2（ELOVL2）、丙酮酸脱氢酶激酶4（PDK4）、脂肪酸结合蛋白9（PMP2）、脂肪酸结合蛋白1（FABP1）、溶酶体相关膜蛋白3（LAMP3）、卵磷脂胆固醇酰基转移酶（LCAT）和溶质载体家族2成员1（SLC2A1）。研究还表明，LCAT在低脂组中表达下调，且mRNA甲基化水平降低。从机制上讲，ALKBH5基因高表达调控LCAT RNA去甲基化并影响LCAT mRNA稳定性。此外，LCAT抑制脂肪前体细胞（preadipocyte）增殖并促进脂肪前体细胞分化，在脂肪形成中发挥关键作用。

重要图形

（1）高脂组和低脂组家禽腹部脂肪组织进行MeRIP-seq分析

（2）mRNA-seq鉴定与脂肪沉积相关的mRNA

（3）MeRIP-seq和mRNA-seq联合分析表明，LCAT的mRNA甲基化可能调控脂肪沉积。

（4）ALKBH5作为一种去甲基化酶，介导LCAT的降解并影响其稳定性

（5）LCAT抑制脂肪前体细胞增殖

（6）LCAT通过PPARγ通路促进脂肪前体细胞分化

研究结论

本研究结果表明，低脂组中LCAT表达和m6A甲基化修饰水平均下调。研究还揭示了ALKBH5与LCAT的相关性，并证实ALKBH5通过去甲基化作用影响LCAT mRNA稳定性（图7）。LCAT抑制脂肪前体细胞形成并促进分化。本研究鉴定出ALKBH5通过去甲基化调空LCAT mRNA稳定性而参与脂肪形成的过程。这有望为RNA甲基化在脂肪形成过程中的作用提供证据。

• 首次阐明了在家禽中LCAT m6A甲基化在脂肪形成期间的作用。
• 揭示了ALKBH5作为m6A去甲基化酶在调控LCAT mRNA稳定性和脂肪形成中的新功能。
• 为理解m6A RNA甲基化在脂肪代谢中的作用提供了新的视角，并可能有助于开发改善家禽脂肪沉积策略。

关于易基因RNA m6A甲基化测序(MeRIP-seq)技术

易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），结合高通量测序，可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量，总RNA起始量可降低至10μg，最低仅需1μg总RNA。广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症发生与发展、药物应答等研究领域；可应用于动物、植物、细胞及组织的m6A检测。

大样本量m6A-QTL性状关联分析，传统MeRIP单个样品价格高，通常难以承担。易基因开发建立MeRIP-seq2技术，显著提成IP平行性，实现不同样本间相对定量，降低检测成本。

易基因提供适用于不同科研需求的MeRIP技术：

• m6A甲基化-常量mRNA 甲基化测序（MeRIP-seq）
• m6A甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化测序（lnc-MeRIP-seq）
• m6A甲基化-微量mRNA +lncRNA甲基化测序（Micro-lnc-MeRIP-seq）
• 高通量m6A甲基化-常量mRNA甲基化测序（MeRIP-seq2）

技术优势：

• 起始量低：样本起始量可降低至10-20μg，最低仅需1μg总RNA；
• 转录组范围内：可以同时检测mRNA和lncRNA；
• 样本要求：可用于动物、植物、细胞及组织的m6A检测；
• 重复性高：IP富集重复性高，最大化降低抗体富集偏差；
• 应用范围广：广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症的发生与发展、药物应答等研究领域。

研究方向：

m6A甲基化目前主要运用在分子机制的理论性研究

• 疾病发生发展：肿瘤、代谢疾病（如肥胖/糖尿病）、神经和精神疾病（如阿尔兹海默症/抑郁症）、炎症…
• 发育和分化：早期胚胎发育、个体/组织/器官生长发育、干细胞分化与命运决定、衰老
• 环境暴露与响应：污染、抗逆、生活方式

关于m6A甲基化研究思路

（1）整体把握m6A甲基化图谱特征：m6A peak数量变化、m6A修饰基因数量变化、单个基因m6A peak数量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修饰基因的功能分析

（2）筛选具体差异m6A peak和基因：差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的PPI分析、候选基因的m6A修饰可视化展示

（3）m6A甲基化组学&转录组学关联分析：Meta genes整体关联、DMG-DEG对应关联、m6A修饰目标基因的筛选策略

（4）进一步验证或后期试验

参考文献：

Chao X, Guo L, Ye C, Liu A, Wang X, Ye M, Fan Z, Luan K, Chen J, Zhang C, Liu M, Zhou B, Zhang X, Li Z, Luo Q. ALKBH5 regulates chicken adipogenesis by mediating LCAT mRNA stability depending on m6A modification. BMC Genomics. 2024 Jun 25;25(1):634. pii: 10.1186/s12864-024-10537-2. doi: 10.1186/s12864-024-10537-2. PubMed PMID: 38918701.

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