TBtools安装教程以及序列提取步骤

本教程详细介绍了如何使用TBtools软件从CDs序列中提取特定基因号的DNA序列。首先,从GitHub下载并安装TBtools。接着,按照步骤导入CDs序列,设置输出文件夹和文件名,并输入要提取的基因号。TBtools支持三种提取方式,包括根据基因号、染色体位置或基因-染色体位置组合来提取。完成设置后,点击start开始提取,成功后会在指定文件夹生成FASTA格式的基因序列文件。

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TBtools使用教程
一、 TBtools软件安装
下载地址:
https://github.com/CJ-Chen/TBtools-Manual
点击安装包正常安装就可以
二、 TBtools提取DNA序列
打开TBtools,按照下图依次点击:
在这里插入图片描述

来到下图所示界面:
在这里插入图片描述

图一↑
下面以从中牧一号cds序列提取已知基因号为例:
① 将中牧一号的cds序列拖到图一红框里,然后点击右边红字initialize
在这里插入图片描述

等待出现上图红框,点击确定
② 选择一个文件夹作为输出文件夹,可直接将文件夹拖到图一黄框里,如下图红框所示:
在这里插入图片描述

然后需要手动写上输出文件名称(以.fasta结尾),如下图红框所示:
在这里插入图片描述

③ 在图一蓝框里输入提取的基因号,如下图红框所示:
在这里插入图片描述

注意:由图一蓝框的提示可知,支持三种提取序列的方式,第一种就是示例的输入基因号在cds序列中提取基因;第二种是在基因组序列中提取某一染色体上的部分序列,输入格式为“染色体编号 起始位置 结束位置”,如“chr3.1 77978413 77984644”;第三种方式提取某染色体的某一基因的部分序列,输入格式为“基因号 染色体号 起始位置 结束位置”,如“MS.gene06299.t1 locus=chr3.1 77978900 77980644”。
④点击start,提取成功会弹出下图红框:
在这里插入图片描述

点击确定,然后找到刚才图一填写的输出位置,会生成一个fasta文件,即为我们提取的基因序列,如下图所示:

在这里插入图片描述

  本工具用ARX+LISP编程,用于解决当前 AutoCAD 绘图中的一些不足或不便,提高绘图的效率,并将日常积累的一些程序整理成集,以方便使用。主要功能有:选择集管理、快速选择、各种刷子、批量修改块属性、断线、表格与EXCEL的导入导出、绘图命令与图层关联、绘制图案填充的边界、数字运算(编号、标高等)、编号、过滤重叠对象、原位修改文字的对齐方式、检查系统变量等100多项功能。已支持至目前最新的AutoCAD2020。   最大的亮点1--侧边菜单栏。类似天正、理正的菜单栏操作方便简洁,鼠标停留时出现菜单功能提示,可自定义菜单、菜单标题、各级菜单背景颜色等。可轻松使用本菜单调用自己编写或收集的各种LISP命令。  亮点2--批量打印(通用版):   1.自动识别图框,支持模型和全部布局空间。会过滤重叠的图框。   2.自动选择合适的纸张尺寸,且可指定选择的纸张尺寸范围。   3.从图签读取比例,对模型和布局有不同的比例控制(习惯上布局出图常为1:1)。   4.支持布满图纸打印和打印缩放。   5.支持多种打印排序规则,方便纸版图纸的分类和整理。   6.支持多种存放路径的规则,自动完成电子版图纸的分类存放。如:有多个子项时,可按子项分类存放。   7.支持多种文件命名的规则,自动完成电子版图纸的文件命名。如:按“图号 图名”命名打印的PDF文件。   其它亮点:1.我自己使用频率最高的快速选择,2、编号及批量修改,3、文字内容等刷子,4、批量修改图层颜色,5、修改外部参照路径......
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