宏基因组数据二+三代混合组装并计算Read对Contig的深度

二+三代混合组装：OPERA-MS

对于我这一批样品，分别使用了Illumina NovaSeq PE250、插入文库约400bp的双端测序，另外对于每一组平行样进行了Oxford Nanopore的单分子测序。

metaSPAdes组装短读长

由于混合组装软件OPERA-MS的运行中首先要做的步骤就是利用Megahit或者metaSPAdes进行短读长的组装，我正好直接先自己组装好，该软件可以接受短读长的组装contig文件作为输入跳过该软件内置的短读长拼接步骤。metaSPAdes这一步我用的是默认参数。

OPERA-MS混合组装

上一步得到的metaSPAdes组装结果为contig_spades.fasta。
OPERA-MS混合组装command：

perl ../OPERA-MS/OPERA-MS.pl \
	--short-read1 Illumina_R1.fq \
	--short-read2 Illumina_R2.fq \
	--contig-file contig_spades.fasta \
	--long-read nanopore_seq.fastq \
	--out-dir sample_name_dir \
	--no-ref-clustering \
	--num-processors 64 \
	--no-polishing

即使提供了预组装好的contig文件，参数中仍需提供质控后用于预组装的短读序列文件。另外，如果不写--no-pol