Linux
EngzSinger
这个作者很懒,什么都没留下…
展开
-
PBS排队不运行--网络信息服务器NIS
文章内容引子网络信息服务为什么要有NISNIS 的基本构架NIS服务的基本流程引子前几天困扰我的问题终于破案了,n01节点的NIS服务挂了,导致用户engzsinger无法登录到该节点上,而提交PBS任务时,我指定的是提交到任意计算节点即#PBS -l nodes=1:ppn=24,这个设置导致默认提交到按顺序的第一个节点n01,而此时节点并没有接受任务,还处于空闲状态,所以下一个任务继续分配到这个节点上。总体表现就是大量任务阻塞,同时大量的计算节点处于空闲状态,又没有直接报错。然而上述只是猜想,到底原创 2020-08-23 14:46:33 · 1389 阅读 · 0 评论 -
PBS任务只排队,不运行
PBS调度问题问题描述网上常见的解答调试过程任务列表查询任务调度系统查看单个任务的详细信息主要原因分析问题描述自上次重启之后,pbs队列系统再次出现同样的问题,任务能够正常提交,并进入队列系统,但是始终都处于排队状态,即使有大量的空闲节点。网上常见的解答关于这个问题,网上也有大量的讨论,其中说的比较多的解决方案就是更改时区,但是这个解答好像并不适用于我的情况。链接中提到的是任务提交失败,修改时区后能正常提交任务,但是提交后的任务仍不能自动调度,只能通过qrun来手动调度。调试过程因为这几天输入原创 2020-08-23 01:00:38 · 9140 阅读 · 0 评论 -
高斯输出文件批量读取能量
批量读取能量问题背景解决办法后记问题背景在量化计算时,能量是比较重要的概念,而在高斯的输出文件中能量数值往往藏在巨大的文本文件.log中。根据计算任务的大小,.log文件大小也有变化,不过日常计算中获得的文件基本大于十万行,按行查找显然不现实。Linux的一大好处就是强大的文本文件处理能力,根据计算软件的设定,能量数值出现的行内有特别的标注SCF Done,使用vi打开.log文件,底行模式下输入/SCF Done回车即能瞬间找到目标值。vi打开查找的办法还不够简便,因为要重复进行文件打开和关闭的原创 2020-08-20 01:34:47 · 3818 阅读 · 3 评论 -
pbs任务调度系统
问题最近服务器突然出现pbs队列光排队,不运行的问题。初步查看[root@master ~]# ps -e | grep pbs_ 5521 ? 00:00:48 pbs_mom20483 pts/3 00:00:00 pbs_mom20488 pts/3 00:00:00 pbs_mom21055 ? 00:00:00 pbs_server正常运行时,应该是pbs_server 和pbs_sched都在服务中,其中pbs_server 是资源管原创 2020-08-18 23:00:20 · 2602 阅读 · 0 评论 -
pbsnodes查看计算节点格式化输出脚本
自定义pbsnodes脚本背景torquepbsnodes存在的问题脚本编写目标脚本实现脚本运行的输出信息写在后面背景torque集群系统可以看成一台计算机,允许多个用户同时使用,资源的分配成为不可回避的问题。开源软件torque为计算机集群资源管理提供了便利。用户通过特定格式的输入文本(通常称为pbs文件)进行任务提交,系统根据用户的需求与现有计算资源,进行任务调度。用户在编写pbs文件时,往往想要预先知道计算资源使用情况,以进行合理的资源请求。torque也为用户提供了pbsnodes命令以查看原创 2020-08-17 23:16:27 · 4635 阅读 · 0 评论 -
服务器免密登录与传输——rsa密钥的应用技巧
服务器免密传输前言文件传输脚本免密访问生成rsa密钥对公钥写入许可名单可能的问题前言在进行化学模拟计算的过程中,计算在远程服务器上进行,而分子建模和结果可视化一般在Windows系统上进行,这就意味着在本地机器和远程服务器上会存在频繁的文件传输。简单的文件传输方式能极大提高工作效率。目前我所了解的文件传输主要有以下几类:putty的PSFTP程序基本操作跟FTP1类似psftp> help! run a local commandbye finish your SFT原创 2020-08-13 00:09:14 · 578 阅读 · 0 评论 -
英伟达 Tesla K80显卡驱动安装
文章目录准备驱动安装文件安装过程中的问题安装成功准备驱动安装文件到英伟达官网下载驱动文件,根据自己显卡型号进行选择,下载文件名为 *.run的文件。更改驱动安装文件的属性chmod +x NVIDIA-Linux-x86_64-450.51.06.run执行安装文件[zxwu@ILC opt]$ ./NVIDIA-Linux-x86_64-450.51.06.run 安装过程中的问题发现安装失败,系统提示必须是root用户才能运行安装程序Verifying archive原创 2020-08-11 01:18:24 · 4652 阅读 · 0 评论