超算平台安装DL_POLY分子动力学软件

超算平台安装DL_POLY分子动力学软件

DL_POLY是一种通用的经典分子动力学(MD)模拟软件，我希望你不会用到它。

下载

这个软件用的人很少，百度直接搜DL_POLY都没法直接下载。

建议先搜索CCP5，然后找到DL_POLY

SCD The DL_POLY Molecular Simulation Package (stfc.ac.uk)

然后用邮箱账号注册一个身份之后，就会收到帮助下载的邮件。

邮件中会给出最新版本的包链接

这里写出4.10的链接

同时可以参照安装教程来安装官方教程链接

所需的环境

• openmpi >2.0.0
• cmake >3.0.2
• Fortran compiler >6.0.0

安装步骤

服务器上已经安装了cmake3，所以将cmake改成cmake3即可

服务器上的openmpi 装的虽然是4.0.4 但是gcc用的版本是 4.8.5的，所以这里手动安装了openmpi4.1.2

安装openmpi

1、下载openmpi：https://www.open-mpi.org/

2、将文件上传到服务器并解压

3、配置安装路径，编译并安装，安装路径自定义

./configure --prefix=/home/lihongyu20/softwares/openmpi/openmpi04
make
make install

4、设置环境变量，路径为自己安装的路径

MPI_HOME=/home/lihongyu20/softwares/openmpi/openmpi04

export PATH=${MPI_HOME}/bin:$PATH

export LD_LIBRARY_PATH=${MPI_HOME}/lib:$LD_LIBRARY_PATH

export MANPATH=${MPI_HOME}/share/man:$MANPATH

5、验证安装成功，测试一下自带的例子

cd openmpi-4.0.4/examples
make
mpirun -np 4 hello_c

调整合适版本的gcc

使用 module load compiler/gcc/10.1.0

加载10.1.0版本的gcc

安装DL_POLY

环境都弄好了，开始安装DL_POLY

解压之后进入文件夹，执行下面的sh语句

mkdir build-mpi-openmp
pushd build-mpi-openmp
FFLAGS="-O3" cmake ../ -DWITH_OPENMP=ON
make -j10
make install

这里的cmake编译换成下面的语句，为合适的编译器指明道路

FFLAGS="-O3" cmake3 -DCMAKE_CXX_COMPILER=$(which g++) -DCMAKE_C_COMPILER=$(which gcc) ../ -DWITH_OPENMP=ON

FFLAGS="-O3" cmake3 -DCMAKE_CXX_COMPILER=$(which g++) -DCMAKE_C_COMPILER=$(which gcc) -DCMAKE_Fortran_COMPILER=$(which gfortran) ../ -DWITH_OPENMP=ON

最后显示

-- Install configuration: ""
-- Installing: /usr/local/bin/DLPOLY.Z
CMake Error at source/cmake_install.cmake:47 (file):
  file INSTALL cannot copy file
  "/home/lihongyu20/softwares/DL_POLY/dl_poly_4.10.0/build-mpi/bin/DLPOLY.Z"
  to "/usr/local/bin/DLPOLY.Z": Success.
Call Stack (most recent call first):
  cmake_install.cmake:42 (include)

这是因为超算是不能自动把DLPOLY.Z放到usr目录下。

计算的时候将这个包一起拷贝就好了