关于DBSCAN图像上小圆圈和大圆圈的问题

这是sickit-learn上DBSCAN地址：Demo of DBSCAN clustering

问题

我的疑问就是这个小点是怎么出来的。

样例代码批注

import numpy as np
from sklearn.cluster import DBSCAN
from sklearn import metrics
from sklearn.datasets import make_blobs
from sklearn.preprocessing import StandardScaler

# make_blobs:为聚类产生数据集及其相应的标签；n_samples：样本点个数；centers：类别数；cluster_std：每个类别的方差；random_state：随机种子
# 这里centers里的三个二维坐标，其实代表了聚类的三个中心
centers = [[1, 1], [-1, -1], [1, -1]]
X, labels_true = make_blobs(n_samples=750, centers=centers, cluster_std=0.4, random_state=0)

# 标准化
X = StandardScaler().fit_transform(X)

# 预估器，并得出模型（eps：数据点的邻域半径；min_samples：某个数据点的邻域内最少有的数据点个数）
db = DBSCAN(eps=0.2, min_samples=7).fit(X)

# 生成n_samples个False
core_samples_mask = np.zeros_like(db.labels_, dtype=bool)
# 预测出的结果（有结果的为True，为噪音的是False）
core_samples_mask[db.core_sample_indices_] = True
# 获得预测结果
labels = db.labels_
# 获得预测的聚类数，忽略掉噪音
n_clusters_ = len(set(labels)) - (1 if -1 in labels else 0)
# 获得噪音数
n_noise_ = list(labels).count(-1)

# 预测出的集群数，对应图中5中颜色
print('Estimated number of clusters: %d' % n_clusters_)
# 预测出噪音点的数量，对应图中的黑点
print('Estimated number of noise points: %d' % n_noise_)
# 同质性：簇的纯洁程度—对比分类问题的精度
print("Homogeneity: %0.3f" % metrics.homogeneity_score(labels_true, labels))
# 完整性：簇的完整性—对比分类问题的召回率
print("Completeness: %0.3f" % metrics.completeness_score(labels_true, labels))
# v测度：用来评估同一个数据集上两个独立赋值的一致性
print("V-measure: %0.3f" % metrics.v_measure_score(labels_true, labels))
# 调节的兰德系数（ARI）：衡量两个数据分布的吻合程度
print("Adjusted Rand Index: %0.3f" % metrics.adjusted_rand_score(labels_true, labels))
# 调整互信息（AMI）：衡量两个数据分布的吻合程度
print("Adjusted Mutual Information: %0.3f" % metrics.adjusted_mutual_info_score(labels_true, labels))
# 轮廓系数：将某个对象与自己的簇的相似程度和与其他簇的相似程度进行比较（肘方法）
print("Silhouette Coefficient: %0.3f" % metrics.silhouette_score(X, labels))


import matplotlib.pyplot as plt

unique_labels = set(labels)
# 给每个label赋个颜色
colors = [plt.cm.Spectral(each) for each in np.linspace(0, 1, len(unique_labels))]
for k, col in zip(unique_labels, colors):
    # 给噪音为黑色
    if k == -1:
        col = [0, 0, 0, 1]

    # 开始绘制，获得该种类的点
    class_member_mask = (labels == k)
    # core_samples_mask里false就是黑色噪音点
    # 取出同一类的点（这样&可以过滤掉黑点。如果没有core_samples_mask（黑点为false）会把黑点也画很大）
    xy = X[class_member_mask & core_samples_mask]
    plt.plot(xy[:, 0], xy[:, 1], 'o', markerfacecolor=tuple(col), markeredgecolor='k', markersize=14)
    # 获得噪音点，注意：db.core_sample_indices_没出现的的不一定就是噪音点（小圆圈）
    xy = X[class_member_mask & ~core_samples_mask]
    plt.plot(xy[:, 0], xy[:, 1], 'o', markerfacecolor=tuple(col), markeredgecolor='k', markersize=6)

plt.title('Estimated number of clusters: %d' % n_clusters_)
plt.show()

原因解释

一直有个困惑，不知道这个小圆圈是怎么画上去的。它的原因是在“db.core_sample_indices_”和“db.labels”，起初我以为“db.core_sample_indices_”会生成除噪音点以外的其他index，也就是区分开了噪音点与聚类点。但其实并不是，有少部分不在“db.core_sample_indices_”中的点也是聚类点，在下方打印出来的值分别与它俩相对，可以看见前者并没有为32的index，理论上它应该为-1噪音点，但打印出“db.labels”发现index为32的值是1，是一个聚类点。这点也在scikit learn文档最后一段进行了说明，文档解释到图中大的圆为“core sample”，而小的圆为“non-core sample”，它也是聚类的一部分。