转载地址:https://www.cnblogs.com/mandy-study/p/7941365.html
分析鸢尾花数据集
下面将结合Scikit-learn官网的逻辑回归模型分析鸢尾花示例,给大家进行详细讲解及拓展。由于该数据集分类标签划分为3类(0类、1类、2类),很好的适用于逻辑回归模型。
1. 鸢尾花数据集
在Sklearn机器学习包中,集成了各种各样的数据集,包括前面的糖尿病数据集,这里引入的是鸢尾花卉(Iris)数据集,它是很常用的一个数据集。鸢尾花有三个亚属,分别是山鸢尾(Iris-setosa)、变色鸢尾(Iris-versicolor)和维吉尼亚鸢尾(Iris-virginica)。
该数据集一共包含4个特征变量,1个类别变量。共有150个样本,iris是鸢尾植物,这里存储了其萼片和花瓣的长宽,共4个属性,鸢尾植物分三类。如表17.2所示:
iris里有两个属性iris.data,iris.target。data是一个矩阵,每一列代表了萼片或花瓣的长宽,一共4列,每一行代表某个被测量的鸢尾植物,一共采样了150条记录。
from sklearn.datasets import load_iris #导入数据集iris
iris = load_iris() #载入数据集
print iris.data
输出如下所示:
[[ 5.1 3.5 1.4 0.2]
[ 4.9 3. 1.4 0.2]
[ 4.7 3.2 1.3 0.2]
[ 4.6 3.1 1.5 0.2]
....
[ 6.7 3. 5.2 2.3]
[ 6.3 2.5 5. 1.9]
[ 6.5 3. 5.2 2. ]
[ 6.2 3.4 5.4 2.3]
[ 5.9 3. 5.1 1.8]]
target是一个数组,存储了data中每条记录属于哪一类鸢尾植物,所以数组的长度是150,数组元素的值因为共有3类鸢尾植物,所以不同值只有3个。种类为山鸢尾、杂色鸢尾、维吉尼亚鸢尾。
print iris.target #输出真实标签
print len(iris.target) #150个样本 每个样本4个特征
print iris.data.shape
[0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2
2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2
2 2]
150
(150L, 4L)
从输出结果可以看到,类标共分为三类,前面50个类标位0,中间50个类标位1,后面为2。下面给详细介绍使用决策树进行对这个数据集进行测试的代码。
2. 散点图绘制
下列代码主要是载入鸢尾花数据集,包括数据data和标签target,然后获取其中两列数据或两个特征,核心代码为:X = [x[0] for x in DD],获取的值赋值给X变量,最后调用scatter()函数绘制散点图。
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
from sklearn.datasets import load_iris #导入数据集iris
#载入数据集
iris = load_iris()
print iris.data #输出数据集
print iris.target #输出真实标签
#获取花卉两列数据集
DD = iris.data
X = [x[0] for x in DD]
print X
Y = [x[1] for x in DD]
print Y
#plt.scatter(X, Y, c=iris.target, marker='x')
plt.scatter(X[:50], Y[:50], color='red', marker='o', label='setosa') #前50个样本
plt.scatter(X[50:100], Y[50:100], color='blue', marker='x', label='versicolor') #中间50个
plt.scatter(X[100:], Y[100:],color='green', marker='+', label='Virginica') #后50个样本
plt.legend(loc=2) #loc=1,2,3,4分别表示label在右上角,左上角,左下角,右下角
plt.show()
-
绘制散点图如图所示:
3. 逻辑回归分析
从图中可以看出,数据集线性可分的,可以划分为3类,分别对应三种类型的鸢尾花,下面采用逻辑回归对其进行分类预测。前面使用X=[x[0] for x in DD]获取第一列数据,Y=[x[1] for x in DD]获取第二列数据,这里采用另一种方法,iris.data[:, :2]获取其中两列数据(两个特征),完整代码如下:
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
from sklearn.datasets import load_iris
from sklearn.linear_model import LogisticRegression
#载入数据集
iris = load_iris()
X = X = iris.data[:, :2] #获取花卉两列数据集
Y = iris.target
#逻辑回归模型
lr = LogisticRegression(C=1e5)
lr.fit(X,Y)
#meshgrid函数生成两个网格矩阵
h = .02
x_min, x_max = X[:, 0].min() - .5, X[:, 0].max() + .5
y_min, y_max = X[:, 1].min() - .5, X[:, 1].max() + .5
xx, yy = np.meshgrid(np.arange(x_min, x_max, h), np.arange(y_min, y_max, h))
#pcolormesh函数将xx,yy两个网格矩阵和对应的预测结果Z绘制在图片上
Z = lr.predict(np.c_[xx.ravel(), yy.ravel()])
Z = Z.reshape(xx.shape)
plt.figure(1, figsize=(8,6))
plt.pcolormesh(xx, yy, Z, cmap=plt.cm.Paired)
#绘制散点图
plt.scatter(X[:50,0], X[:50,1], color='red',marker='o', label='setosa')
plt.scatter(X[50:100,0], X[50:100,1], color='blue', marker='x', label='versicolor')
plt.scatter(X[100:,0], X[100:,1], color='green', marker='s', label='Virginica')
plt.xlabel('Sepal length')
plt.ylabel('Sepal width')
plt.xlim(xx.min(), xx.max())
plt.ylim(yy.min(), yy.max())
plt.xticks(())
plt.yticks(())
plt.legend(loc=2)
plt.show()
下面作者对导入数据集后的代码进行详细讲解。
lr = LogisticRegression(C=1e5)
lr.fit(X,Y)
初始化逻辑回归模型并进行训练,C=1e5表示目标函数。
x_min, x_max = X[:, 0].min() - .5, X[:, 0].max() + .5
y_min, y_max = X[:, 1].min() - .5, X[:, 1].max() + .5
xx, yy = np.meshgrid(np.arange(x_min, x_max, h), np.arange(y_min, y_max, h))
获取的鸢尾花两列数据,对应为花萼长度和花萼宽度,每个点的坐标就是(x,y)。 先取X二维数组的第一列(长度)的最小值、最大值和步长h(设置为0.02)生成数组,再取X二维数组的第二列(宽度)的最小值、最大值和步长h生成数组, 最后用meshgrid函数生成两个网格矩阵xx和yy,如下所示:
Z = lr.predict(np.c_[xx.ravel(), yy.ravel()])
调用ravel()函数将xx和yy的两个矩阵转变成一维数组,由于两个矩阵大小相等,因此两个一维数组大小也相等。np.c_[xx.ravel(), yy.ravel()]是获取矩阵,即:
xx.ravel()
[ 3.8 3.82 3.84 ..., 8.36 8.38 8.4 ]
yy.ravel()
[ 1.5 1.5 1.5 ..., 4.9 4.9 4.9]
np.c_[xx.ravel(), yy.ravel()]
[[ 3.8 1.5 ]
[ 3.82 1.5 ]
[ 3.84 1.5 ]
...,
[ 8.36 4.9 ]
[ 8.38 4.9 ]
[ 8.4 4.9 ]]
总结下:上述操作是把第一列花萼长度数据按h取等分作为行,并复制多行得到xx网格矩阵;再把第二列花萼宽度数据按h取等分,作为列,并复制多列得到yy网格矩阵;最后将xx和yy矩阵都变成两个一维数组,调用np.c_[]函数组合成一个二维数组进行预测。
调用predict()函数进行预测,预测结果赋值给Z。即:
Z = logreg.predict(np.c_[xx.ravel(), yy.ravel()])
[1 1 1 ..., 2 2 2]
size: 39501
Z = Z.reshape(xx.shape)
调用reshape()函数修改形状,将其Z转换为两个特征(长度和宽度),则39501个数据转换为171*231的矩阵。Z = Z.reshape(xx.shape)输出如下:
[[1 1 1 ..., 2 2 2]
[1 1 1 ..., 2 2 2]
[0 1 1 ..., 2 2 2]
...,
[0 0 0 ..., 2 2 2]
[0 0 0 ..., 2 2 2]
[0 0 0 ..., 2 2 2]]
plt.pcolormesh(xx, yy, Z, cmap=plt.cm.Paired)
调用pcolormesh()函数将xx、yy两个网格矩阵和对应的预测结果Z绘制在图片上,可以发现输出为三个颜色区块,分布表示分类的三类区域。cmap=plt.cm.Paired表示绘图样式选择Paired主题。输出的区域如下图所示:
plt.scatter(X[:50,0], X[:50,1], color='red',marker='o', label='setosa')
调用scatter()绘制散点图,第一个参数为第一列数据(长度),第二个参数为第二列数据(宽度),第三、四个参数为设置点的颜色为红色,款式为圆圈,最后标记为setosa。
输出如下图所示,经过逻辑回归后划分为三个区域,左上角部分为红色的圆点,对应setosa鸢尾花;右上角部分为绿色方块,对应virginica鸢尾花;中间下部分为蓝色星形,对应versicolor鸢尾花。散点图为各数据点真实的花类型,划分的三个区域为数据点预测的花类型,预测的分类结果与训练数据的真实结果结果基本一致,部分鸢尾花出现交叉。
回归算法作为统计学中最重要的工具之一,它通过建立一个回归方程用来预测目标值,并求解这个回归方程的回归系数。本篇文章详细讲解了逻辑回归模型的原理知识,结合Sklearn机器学习库的LogisticRegression算法分析了鸢尾花分类情况。更多知识点希望读者下来后进行拓展,也推荐大学从Sklearn开源知识官网学习最新的实例。