其他：trycatch模块捕获循环错误，避免中断程序

介绍

今天有位同事问我怎么在某次循环报错后仍然可以继续程序运行，最后我们使用了trycatch模块。

代码解读

任务：在循环中，如果某次循环的calc出现错误则跳过这次循环并重新赋值结果

res_list <- list()  # 创建一个空列表来存储结果

for (i in Taxa) {
  
  tryCatch({
    fit <- calc(data %>% 
                  filter(Taxa == i) %>% 
                  select(-Taxa) %>% 
                  column_to_rownames("KO") %>% 
                  rownames_to_column("KO"), 
                annotation = 1)
    
    abundance <- asDataFrame(fit, "abundance")
    abundance$Taxa <- i
    res_list[[i]] <- abundance
  }, error = function(e) {
    cat("An error occurred in processing Taxa:", i, "\n")
    cat("Error message:", conditionMessage(e), "\n")
    res_list[[i]] <- NULL
  })
  
}

# 移除可能由于错误而留下的空值
res_list <- res_list[!sapply(res_list, is.null)]

# 合并结果
res <- do.call(rbind, res_list)

这里使用了 tryCatch 来捕获可能发生错误的代码块。如果calc函数在某次循环中报错，错误信息将被打印出来，并且会继续进行下一次循环，同时重置 res_list[[i]] 的值为空值，以确保不会保留之前循环中的错误结果。最后，移除可能留下的空值，并将结果合并成一个大的数据框架 res。