科研绘图系列：R语言富集通路棒棒图（lollipop plot）

已于 2025-01-14 16:43:39 修改
阅读量638 收藏 1
点赞数
分类专栏： SCI科研绘图系列 文章标签： r语言 数据分析 数据可视化
于 2024-08-28 08:11:12 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/H20230717/article/details/141620108
版权

在这里插入图片描述

文章目录

介绍

在进行基因本体（Gene Ontology, GO）富集分析的结果可视化时，我们采用了棒棒图（lollipop Chart）作为展示手段。在此图表中，X轴展示的是负对数转换后的FDR（False Discovery Rate）值，即log10FDR，用于表示统计显著性的大小。每个点在X轴上的位置对应了其FDR值的大小，而Y轴通常用来表示富集到的GO术语或通路。通过这种图形表示，我们可以直观地识别出在统计意义上显著富集的生物学过程、分子功能或细胞组分。

加载R包

导入所需要的R包，在导入前需要用户自己安装。

library(dplyr)
library(stringr)
library
了解本专栏 订阅专栏 解锁全文
科研绘图系列：R语言线图等系列
专注生信领域
07-11 533
科研绘图系列：R语言线图等系列
科研绘图系列：R语言基础图形合集
最新发布
专注生信领域
06-12 1627
科研绘图系列：R语言基础图形合集
R语言绘图教程汇总 | 2023
BioinfoDu
12-25 2174
2023年即将结束，我们即将迎来2024年。2023年，我们做了什么呢？？这个是个值得深思的问题…?12月份是个快乐且痛苦时间节点。前一段时间，单位需要提交2023年工作总结，真的是憋了好久才可以下笔，但下笔后一直在沉思，再回想自己2023年到底做了什么呢？杂事做了很多，但没有成果。害！这就难办了，我们平时在开会时，你口述可以说，我做了这样，做了那样…等等。但是，在写工作总结时，可不能这样写，老板、领导可不会看你写的这些废话文学。以及工作后，自己工作总结可是需要存档的，可不能大意！最后，
R语言|lollipop plot
weifanbio的博客
04-26 830
ggpubr包绘制lollipop图 小编今天给大家分享的是ggpubr包绘制lollipop图相关方法。棒棒糖图(lollipop chart)，其实就是一个垂线图，棒棒糖图传达了与柱形图或者条形图相同的信息，只是将矩形转变成线条，这样可减少展示空间，重点放在数据点上，从而看起来更加简洁、美观。相对柱形图与条形图，棒棒糖图更加适合数据量比较多的情况。 画图示例 #安装包 #示例数据 #链接：https://pan.baidu.com/s/1UkPToa79jv7DhaY8cHqRUg 提取码：r56h
【生信分析】棒棒糖也能成图？R语言绘制棒棒糖图
m0_61164319的博客
10-28 1795
一文交给你使用 ggpubr包 绘制棒棒糖图
R语言通路富集
qq_40966210的博客
06-28 2608
library(ggplot2) library(magrittr) library(dplyr) library(stringr) options(stringsAsFactors = F) options(as.is = T) setwd('~/Desktop/kk_result20201101/') 导入数据 #df1 = read.table("GSE116174kk_down.txt",sep = '\t',header = T) #df2 = read.table("GSE116174k
GO富集分析可视化——柱形图和棒棒糖图
weixin_55372631的博客
02-18 3105
GO富集分析可视化时，柱形图和棒棒糖图如何设置factor
R语言基于ggpubr包绘制棒棒糖图
dege857的博客
06-25 1896
棒棒糖图有些类似我们传统的柱状图，由一根线条和一个圆形组成，比传统柱状图能表达更多信息。特别是在分类数目比较多的时候，如基因表达等，棒棒糖图更能很好的展示数据。今天我们使用R语言ggpubr包来绘制棒棒糖图，ggpubr包为ggplot的增强包，据说这是个为SCI而生的包，可以绘制出许多非常专业的SCI绘图，而已自带了很多期刊的配色方案，能做出编辑都称赞的图和配色，今后的我们将一一介绍。 今天，我们继续使用之前的肉类数据（关注公众号回复：肉类数据可以获得该数据），在既往文章中，我们已经对该数据进行了K均值
R语言绘图：快速绘制棒棒糖图
PixelEnigma的博客
08-29 470
它通过将数据点表示为一条垂直线（棒棒糖的棍子）和一个圆圈（棒棒糖的糖果）的组合，清晰地展示了不同类别之间的数值差异。然后，我们可以使用geom_segment()函数绘制棒棒糖的棍子，使用geom_point()函数绘制棒棒糖的糖果。通过以上步骤，我们可以快速绘制出具有一定美观性的棒棒糖图，用于展示不同城市的平均气温数据。运行上述代码，我们将得到一个简单的棒棒糖图，其中每根棍子表示一个城市的平均气温。棍子的高度表示平均气温的数值大小，而棍子底部的圆圈表示城市的名称。假设我们要比较不同城市的平均气温。
R语言绘图—快速绘制Lollipop图
Mrrunsen的博客
01-28 725
今天我们还是来介绍用该包快速绘制"棒棒糖"图。 一、数据模拟 我们还是使用上期的数据，代码如下： myda<-data.frame( disease=c(rep(c("病毒性肝炎","手足口病","感染性腹泻","流行性感冒","淋病","HIV", "流行性腮腺炎","登革热","百日咳","丝虫病"),3)), year=c(rep(c(2021,2020,2019),each=10)), yval=c(80,70,60,55,50,45,40,30,20
棒棒糖也能画成图—— ggplot2绘制棒棒糖图/哑铃图
NewComerSyt的博客
03-21 9679
欢迎关注公众号查看原文 Part 1 ：棒棒糖图 棒棒糖图因其形状和棒棒糖相似而得名，具体来看实际上是一个散点和一条线段的组合。棒棒糖图是散点图的一种变体，又与柱状图非常相似，但其在清晰展示数据的同时，减少了图形量，使得读者能够更加关注于数据本身而非图形。棒棒糖图能够帮助将数值与类别对齐，非常适合比较多个类别的值之间的差异。 本期介绍棒棒糖图的基本作图方法和优化 **示例1：**相同数据源下柱状图和棒棒糖图展示数值差异效果对比 **示例2：**使用棒棒糖图画出的好图 Part 2 ：图像与代
R语言作图——Lollipop chart(棒棒糖图)
生信了
10-26 1万+
原创：黄小仙 今天给大家分享的是**Lollipop chart(棒棒糖图)**的画法。棒棒糖图的用途跟条形图的用法类似，只是看起来更加美观一些，图表形式更加丰富(数据不够、拿图来凑，啥也不能阻止我优秀 )。 为了跟之前画的柱状图更好的比较，今天画图使用了相同的数据。 作图思路：棒棒糖图实际上是在散点图的基础上增加了辅助线。 不过在作图过程中还是遇到了和之前一样的问题，数据是按照销量从高到低...
R语言绘制棒棒糖图
weifanbio的博客
06-07 1243
ggplot2包绘制棒棒糖图 library(ggplot2) # 创建数据框 city<-c("广东","江苏","山东","浙江","河南","四川","福建","湖北","湖南","上海","安徽","河北","北京","陕西","江西","辽宁","重庆","云南","广西","贵州","山西","内蒙古","天津","新疆","黑龙江","吉林","甘肃","海南","宁夏","青海","西藏") gdp<-c(110761,102719,73129,64613,54997,48599
R语言可视化学习笔记之ggpubr包—SCI文章图
weixin_33916256的博客
07-02 2596
转载：https://www.jianshu.com/p/678213d605a5?from=jiantop.com Hadley Wickham创建的可视化包ggplot2可以流畅地进行优美的可视化，但是如果要通过ggplot2定制一套图形，尤其是适用于杂志期刊等出版物的图形，对于那些没有深入了解ggplot2的人来说就有点困难了，ggplot2的部分语法是很晦涩的。为此Alboukadel...
R包——maftools可视化神器
Doris_xixi的博客
08-01 1万+
参考：http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/maftools/inst/doc/maftools.html 目录   介绍 准备 格式转换  总体分析框架 maftools安装 正式处理 #读入annovar文件转换为maf——annovarToMaf Description Usage Argume...
使用R语言ggplot2包绘制pathway富集分析气泡图（Bubble图）:数据结构及代码
热门推荐
无名岛
08-28 6万+
气泡图是在笛卡尔坐标系同加入大小的参数所形成的可以表示三个变量关系的图例。在对基因完成GO/KEGG分析后，使用气泡图可以直观的展示pathway、pvalue、count之间的关系。下面为使用R语言ggplot2包绘制气泡图所需的数据结构及代码： 由于笔者常使用read.csv读取文件，因此在第一列预留行名，建议实际操作时使用GOID以防止行名重复。 library(ggplot2) ...
R 语言绘制功能富集泡泡图
weixin_34115824的博客
07-26 1749
功能富集泡泡图 功能富集分析用来展示某一组基因(一般是单个样品上调或下调的基因)倾向参与哪些功能调控通路，对从整体理解变化了的基因的功能和潜在的调控意义具有指导作用，也是文章发表中一个有意义的美图。通常会用柱状图、泡泡图和热图进行展示。热图的画法之前已经介绍过，这次介绍下富集分析泡泡图, 其展示的信息是最为全面的，也是比较抓人眼球的。 做基因功能富集分析、KEGG富集分析、GSEA分析首选c...
NetworkX使用手册
CUG_UESTC的博客
12-21 5万+
介绍NetworkX是一款Python的软件包，用于创造、操作复杂网络，以及学习复杂网络的结构、动力学及其功能。 有了NetworkX你就可以用标准或者不标准的数据格式加载或者存储网络，它可以产生许多种类的随机网络或经典网络，也可以分析网络结构，建立网络模型，设计新的网络算法，绘制网络等等。 如果在此之前你还不太了解Python，戳这里——>python新手教程安装其实如果要用NetworkX来
pathview包绘制富集的kegg图
weixin_43949246的博客
07-03 1968
1、首先我们安装pathview包 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("pathview") 2、调用pathview包 library("pathview") 3、准备文件 rt=read.table("input.txt",sep="\t",header=T,check.names=F) #查看前6行 head(rt)
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

生信学习者1

你的鼓励将是我创作的最大动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付：¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足，请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值