生信初学者教程（十八）：ssGSEA富集分析

介绍

ssGSEA（单样本基因集富集分析）是一种用于研究基因组学数据的分析方法。ssGSEA通过将单个样本的基因表达数据与多个基因集进行比较，来揭示不同基因集在个体中的相对活性水平。它可以将基因表达数据映射到已知的基因集上，并计算每个基因集的富集程度，从而提供一种解释个体不同表型基础的新方法。这种方法不需要进行样本间比较，可以直接对单个样本进行基因集富集分析。

ssGSEA在多种情况下都可以使用，尤其是在需要对单个样本进行基因集富集分析时。例如，在癌症研究中，ssGSEA可以帮助研究者了解不同肿瘤样本中特定基因集的活性水平，从而揭示肿瘤的生物学特征和潜在的治疗靶点。此外，ssGSEA还可以用于疾病诊断、药物开发等领域。提供丰富的生物学信息：通过比较单个样本的基因表达数据与多个基因集，ssGSEA可以揭示不同基因集在个体中的相对活性水平，从而提供丰富的生物学信息。解释个体表型差异：ssGSEA可以帮助研究者解释不同个体之间表型差异的基础，为疾病的诊断和治疗提供新的思路和方法。发现新的生物标志物：ssGSEA可以揭示特定基因集在不同样本中的活性水平，从而发现与疾病相关的新的生物标志物。