Windows运行USalign多结构比对MSTA的经验教训

计算机极致小白的经验贴

一、在cmd命令行安装生物信息学软件USalign

在主页下载windows版本的USalign，将其存储在F:\中

注意：官网上的示例都是Linux的，虽然不知道这个鬼东西有什么好的，但是一个区别是windows中的斜杠是向左上的\，而Linux中的斜杠是向右上的/

打开cmd，上代码

C:\Users\DEll>cd /d F:

F:\>cd US-align

F:\US-align>cd USalignWin64

F:\US-align\USalignWin64>USalign.exe

注意1：cd命令是在命令行中逐渐进入下级文件的命令，相当于图形界面的点击；但是，如果换盘的话，需要cd /d F: 来实现；如果是安装包的话，也可能因为它是终末文件，因此不加cd，直接写文件名USalign.exe即可

注意2：这种命令行文件似乎是每次使用都要安装一次

收获1：生信、编程、系统这些事情其实是根据需求去学习，很多命令常用的实践得多了也就可以用了，同时生信的语言也可以触类旁通

二、运行USalign的经验教训

由于我要进行多序列比对，最后想拿到一个进化树，虽然这个目的还是没有达到，但是也收获很多

USalign chains/ list -mm 4

收获1：利用ChatGPT帮助解决命令行error，虽然生物信息学很多软件的命令都非常个性化，有自己的定义，但是这次至少开始尝试利用ChatGPT解决编程的问题，对问题的描述十分重要；

收获2：问同学，尤其是计算机专业同学，实验室生信的师兄师姐。今天那个问题，困扰很久，ChatGPT也没有解决，更不用说CSDN，知乎了，但是老张一看，就知道：空格很重要，/后有空格说明是下级文件；/无空格，说明/只是前一个参数的一部分（在注释中也有写），空格后的list是另一个参数，需要用绝对路径去标注。

收获3：还是要认真去看软件内部的help，相关的手册

吐槽：他就是不希望你知道怎么搞哈哈，恰恰感觉这个最后没有那么难

目前进度：

（1）没有找到进化树，给作者发了邮件；最终实在不行两两计算TM值，然后用UPGMA算法（不行自己用R来实现）作这个进化树；

（2）其实并不是为了得到这个进化树，DALI甚至就够了，而是要在这个过程中对生物信息研究全方位有所了解，当然今天给的时间太多了，还要准备文献，但是那个文献最后也是要对生信分析有一个全貌的认识；同时，在生信分析过程中，加深对于分子生物学，生物化学的理解，更好地理解生命