Hdu 1560 解题报告 迭代加深搜索

DNA sequence

Problem Description

The twenty-first century is a biology-technology developing century. We know that a gene is made of DNA. The nucleotide bases from which DNA is built are A(adenine), C(cytosine), G(guanine), and T(thymine). Finding the longest common subsequence between DNA/Protein sequences is one of the basic problems in modern computational molecular biology. But this problem is a little different. Given several DNA sequences, you are asked to make a shortest sequence from them so that each of the given sequence is the subsequence of it.

For example, given “ACGT”,”ATGC”,”CGTT” and “CAGT”, you can make a sequence in the following way. It is the shortest but may be not the only one.

题意

从ｎ个串中找出一个最短的公共串（也许应该说序列吧，因为不要求连续，即只要保持相对顺序就好）。

分析

一开始自以为是爆搜开了，因为已经知道了可以用迭代加深搜索。所谓迭代加深搜索，就是每次都限制了ＤＦＳ的深度，若搜不到答案，则加深深度，继续搜索，这样就防止了随着深度不断加深而进行的盲目搜索，而且，对于这种求最短长度之类的题目，只要找到可行解，即是最优解了。所以就这样敲完代码了，敲完之后，悲剧TLE。

少了一步十分重要的剪枝，就是每次DFS的时候，都要判断一下，当前的深度＋最少还有加深的深度是否大于限制的长度，若是，则退回。

代码

以下是超时代码：

#include<iostream>
#include<cstring>
#include<algorithm>
#include<cstdio> 
using namespace std;
char str[10][10];//记录n个字符串
int n,ans,deep,size[10],T;
char DNA[4]={'A','C','G','T'};
int max(int x,int y)
{
    if (x>=y) return y;
    else return x;
}
int min(int x,int y)
{
    if (x<=y) return x;
    else return y;
}
void dfs(int cnt,int len[])
{
    int maxx=0;//预计还要匹配的字符串的最大长度
    if(cnt>deep) return;
    for(int i=0;i<n;i++)
    {
        int t=size[i]-len[i];
        if(t>maxx) maxx=t;
    }
    if(maxx==0)//条件全部满足即为最优解
    {
        ans=cnt;
        return;
    }
    if(cnt+maxx>deep) return ;
    for(int i=0;i<4;i++)
    {
        int pos[10];
        int flag=0;
        for(int j=0;j<n;j++)
        {
            if(str[j][len[j]]==DNA[i])
            {
                flag=1;
                pos[j]=len[j]+1;
            }
            else pos[j]=len[j];
        }
        if(flag==1) dfs(cnt+1,pos);
        if(ans!=-1) break;
    }
}
int main()
{
    scanf("%d",&T);
    while(T--)
    {
        scanf("%d",&n);
        int maxn=0;
        for(int i=0;i<n;i++)
        {
            scanf("%s",str);
            size[i]=strlen(str[i]);
            maxn=max(size[i],maxn);
        }
        ans=-1;
        deep=maxn;
        int pos[10];//记录n个字符串目前匹配到的位置
        memset(pos,0,sizeof(pos));
        while(1)
        {
            dfs(0,pos);
            if(ans!=-1) break;
            deep++;//加深迭代
        }
        printf("%d\n",ans); 
    }
    return 0;
}

以下是AC代码：

#include<iostream>
#include<algorithm>
#include<queue>
#include<cstdio>
#include<cstring>
using namespace std;
char str[10][10];
int n,ans,len,size[10];
char DNA[4]={'A','C','G','T'};
void dfs(int cnt,int len1[])
{
    if(cnt>len)
        return ;
    int max=0;
    for(int i=0;i<n;i++)//找出最长还要加深的深度
    {
        int t=size[i]-len1[i];
        if(t>max)
            max=t;
    }
    if(max==0)
    {
        ans=cnt;
        return ;
    }
    if(cnt+max>len)
        return ;
    for(int i=0;i<4;i++)
    {
        int p[10];  
        int flag=0;
        for(int j=0;j<n;j++)
        {
            if(str[j][len1[j]]==DNA[i])//表示该字母可以往下搜索
            {
                flag=1;
                p[j]=len1[j]+1;
            }
            else p[j]=len1[j];
        }
        if(flag)
            dfs(cnt+1,p);
        if(ans!=-1)
            break;
    }
}
int main()
{
    int cas;
    scanf("%d",&cas);
    while(cas--)
    {
        scanf("%d",&n);
        int max1=0;
        for(int i=0;i<n;i++)
        {
            scanf("%s",str[i]);
            size[i]=strlen(str[i]);
            if(size[i]>max1)//找出最长的串的长度，作为初始时的迭代DFS的限制
                max1=size[i];
        }
        ans=-1;
        len=max1;
        int p[10]={0};//记录当前深度下，每一个串已经匹配过的长度
        while(true)
        {
            dfs(0,p);
            if(ans!=-1)
                break;
            len++;//加深迭代
        }
        printf("%d\n",ans);
    }
}