项目场景:
最近在做WSI病理图的切片和分类
可能要整理一下最近遇到的种种奇怪的bug和困难
问题描述
用到Openslide 读取svs文件,转化的图片有黑块
主要出现在level1到(maxlevel-1)上,最上层的level反而没这个问题
img_RGB = slide.read_region((0, 0), level=(1), size=dims[1]).convert('RGB')
原因分析:
https://github.com/openslide/openslide/issues/291
找到了github上同样问题的解决
有一个package:pixman的默认版本是0.38.0,但就是这个版本会导致Aperio (svs), Mirax (mrsx) and Trestle (tif) 这些文件读取时有bug。而且最搞得是貌似只有这个版本有这个bug,更老或者更新的都没事。。。
解决方案:
更新一下pixman这个package
或者直接:
conda update --all