openslide-python使用心得

特别特别注意：

patch = numpy.array(slide.read_region(起始点坐标, 选取的图像等级, 选取的图像等级下的宽高))

起始点坐标：一定是最高倍率下的坐标，一定要注意，如果最高倍率为40倍，那就是40倍下的坐标，如果最高倍率为20倍，那就是20倍下的坐标。

选取图像等级：我想选择等级为0的图片，如果最高倍率为40倍，那么等级1就是20倍下的图像。

选取的图像等级下的宽高：根据选择的等级，如果等级为1即20倍时，那这个宽高也是20倍下的宽高。

全扫描（whole slide image）图像非常的大，处理起来比较麻烦，openslide提供了一个很好的接口，具体参考openslide官网http://openslide.org/api/python/

首先先导入模块，这里是openslide-matlab的安装http://blog.csdn.net/hjxu2016/article/details/71308145

安装openslide-python下面两个命令就可以了

sudo apt-get install openslide-tools
pip install python-openslide

import openslide

（1）、opensilde.OpenSlide(filename)——读取图像

slide = openslide.OpenSlide('/media/xhj/LENOVO/data/Metastasis/Tumor_005.tif')

（2）、close()——关闭图像

slide.close()

level_count——幻灯片中的级别数。级别从0（最高分辨率）到level_count - 1（最低分辨率）编号。这里没理解slide级别数是什么意思，代码返回为10,可能应该是slide的层数，比如40倍，20倍，10倍等有多少层

level_count = slide.level_count
print 'level_count = ',level_count
上述代码得到 level_count =  10

（3）、dimensions         （width， height）在0级别下，也就是最高分辨率的情况下slide的宽和高（元组）

[m,n] = slide.dimensions #得出高倍下的（宽，高）(97792,219648)
print (m,n)

上述代码得到   (97792, 219648)，图像够大的
（4）、level_dimensions[k]     得到（width， height）元组，k下级别k，是指在k水平下的下面举例就知道k的意思，每张全扫描最高级别是0，也就是最高分辨率，这个分辨率在不同的全扫描图片中是不一样的，有的第0层是40倍，第二层是10倍，而有的第0层是20倍，第二层是10倍，k指对应的层数

[m1,n1] = slide.level_dimensions[1] #级别k，且k必须是整数，下采样因子和k有关
print (m1,n1)      # m1 = m/下采样因子 此时k为1
上述代码得到        (49152, 110080)     如果k为2 得到  (24576, 55296)   k为3得到  (12288, 27648)

（5）、level_downsamples    每一个级别K的对应的下采样因子，下采样因子应该对应一个倍率

slide_level_downsamples = slide.level_downsamples[2]
print slide_level_downsamples
上述代码得到  3.97569444444   

（6）、get_best_level_for_sownsample(downsample)  对给定的下采样因子返回一个下采样级别，downsamples必须是浮点数

slide_downsamples = slide.get_best_level_for_downsample(5.0)
print slide_downsamples
上述代码得到  2  

（7）、read_region(location, level, size)   返回一个RGBA图像，包含指定区域的内容。location指0级别下左上角位置的坐标，元组，level指级别，整数，size是（width， height）是元组，

tile = numpy.array(slide.read_region((0,0),6, (1528,3432)))
plt.figure()
plt.imshow(tile)
pylab.show()
上述代码可以得到左上角坐标（0,0）,6级别下，大小是（1528，3432）的图

（8）、get_thumbnail(size)   返回一个缩略图的RGB图像，size为（width，height）元组

slide_thumbnail = slide.get_thumbnail((1528,3432))
tile = numpy.array(slide_thumbnail)
# scipy.misc.imsave('/home/xhj/PycharmProjects/openslide-experiment/save/thumbnail.jpg', tile)
plt.imshow(slide_thumbnail)
plt.imshow(tile)
pylab.show()