【理解机器学习算法】之Nearest Shrunken Centroid(纯Python)

本文介绍了最近缩小质心分类器的原理,步骤,以及一个基本的Python实现。该算法通过缩小质心到总质心方向减少无关特征的影响,特别适用于高维数据集,如基因表达预测。文中还对比了NSC与传统最近质心分类器的优缺点。

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从头开始实现最近缩小质心(NSC)分类器涉及理解它如何通过将质心缩小到所有类的总质心方向来修改基本的最近质心方法,有效地执行特征选择。这种方法特别是在微阵列预测分析(PAM)中的应用而闻名。这里,我们将概述算法的简化版本并提供一个基本的Python实现。

最近缩小质心算法的基本步骤

1. **计算质心**:计算训练数据中每个类的质心。
2. **计算总质心**:使用所有训练数据计算总质心,不论类别。
3. **缩小质心**:将每个类的质心调整到总质心方向,有效减少不太有信息量的特征的影响。缩小的程度由阈值参数 \( \delta \) 控制。
4. **分类**:对于一个新样本,计算其到每个缩小质心的距离并分配最近质心的类别。

Python实现

这个实现关注于步骤1、3和4。步骤2(计算总质心)隐含在缩小过程中。我们将假设使用简单的欧几里得距离进行分类和基本的缩小函数。注意,实际的PAM算法涉及更复杂的缩小计算,包括标准差和软阈值。

import numpy as np

class NearestShrunkenCentroid:
    def __init__(self, shrink_threshold):
        self.shrink_threshold = shrink_threshold
        self.centroids = None
        self.labels = None

    def fit(self, X, y):
        """
        Fit the model to the data.
        X is a 2D numpy array of fe
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