分子动力学模拟——dito命令缺失的解决方案

        在租借的服务中，在使用gromacs模块的时候，服务器提供的gromacs-2022.5并没有dito命令，而dito命令为gromacs自带命令（本人自装电脑wsl子系统中的gromacs中有dito命令）。由于尝试在服务器中重新安装gromcas无果，如果确实需要自由能形貌图，这里提供一种方案运行dito——就是在个人pc中配置wsl子系统（Windows Subsystem for Linux），或是通过虚拟机安装gromcas，进而运行dito命令（这种没试过），windows系统下的gromcas本人没能运行dito，原因未知 。但是实验室有望拥有一台公共的高性能电脑，到时候如果有我会配置好环境（祈祷在结项前能够拥有🥰）。安装方式与通常的gromcas安装差不多，本文做一个归纳以及提及一些需要注意的点。

一、wsl子系统/虚拟机的安装

        wsl子系统的安装

        wsl子系统安装有很多教程，可以参考BV1tW42197za，b站up主技术爬爬虾，目前的难点在于wsl的下载，目前在微软商店已经无法下载wsl，可以在guihub上下载wsl的msi文件后安装GitHub - microsoft/WSL: Issues found on WSL

我这边选择的是x64版本，具体可以看看你的cpu架构（如果不是苹果电脑基本都是x86_x64框架）。下载后在双击msi文件进行安装
        传送门：
        超详细的WSL教程：Windows上的Linux子系统_哔哩哔哩_bilibili

        如果你在安装的过程中出现了：“无法解析服务器”或者“无法连接服务器”，不是你代码的问题，而是你需要科学上网一下（本人受这个折磨相当之重）。并且在安装Ubuntu的过程中一直error，一般就是wsl没有安装上。

        ubuntu系统的安装

        关于ubuntu虚拟机的安装可以参考b站up主：微郁啊，甚至有从虚拟机安装到gromacs安装一整套教程一步到位，相当推荐。但是他安装的版本是2018版本的，大家安装的时候记得换成gromcas-2022.5版本。
        传送门：
        虚拟机的安装【从虚拟机安装到gromacs动力学安装】_哔哩哔哩_bilibili
        linux的安装【从虚拟机安装到gromacs动力学安装】_哔哩哔哩_bilibili
        gromacs的安装【从虚拟机安装到gromacs安装】_哔哩哔哩_bilibili
        Ubuntu中gromacs2018.8的安装代码 - 哔哩哔哩        

二、gromcas的安装

        安装完wsl子系统后，可以在我的之前的博客中找到一些常用的命令，需要注意的是子系统的盘符与原系统的盘符不互通，需要先将需要运行的准备文件复制到子系统的目录下，再在进行运行，需要准备的文件是：rmsd_ps.xvg、gyrate.xvg、output.xvg

下载源更换

        在安装之前，我们需要更换一下下载源，为了使得包的安装更快，这里使用的是清华源。

        首先是备份你的文件，使用以下代码：

 sudo cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.bak

         防止由于一些傻瓜操作导致一些可怕的事情发生，如果真的发生，可以用以下代码恢复：

sudo cp /etc/apt/sources.list.bak /etc/apt/sources.list
sudo apt update

        备份好文件后输入代码：

sudo nano /etc/apt/sources.list

        会出现以下界面：
        随后在这个界面中输入下面这段代码：

# 如果的一个源用不了可以用被注释掉的源
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse
# deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-updates main restricted universe multiverse
# deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-updates main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse
# deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-security main restricted universe multiverse
# deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-security main restricted universe multiverse

# 不到万不得已不用
# deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-proposed main restricted universe multiverse
# deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-proposed main restricted universe multiverse

        随后按ctrl + x退出，输入y，回车保存，再回车完成设置，可以输入sudo apt update检验一下换源时候成功，如果镜像显示的是清华源，如下图，即使换源成功：

正式安装

        gromcas的安装流程与 Ubuntu中gromacs2018.8的安装代码 - 哔哩哔哩 的安装流程一致，以下是gromcas2022.5的安装首先是依赖的安装：

sudo apt install cmake
sudo apt-get install gcc
sudo apt-get install g++
sudo apt-get install python3-numpy
sudo apt install python3-pip
sudo pip install networkx==2.3
sudo apt-get install fftw3 fftw3-dev pkg-config

        随后是fftw库的安装，如果这个库装不上的话可以先不装，后面使用gromcas自带的库（个人推荐装一下，最好）

wget http://www.fftw.org/fftw-3.3.8.tar.gz
tar xzvf fftw-3.3.8.tar.gz
cd fftw-3.3.8
./configure --prefix=/XXX/fftw338 --enable-sse2 --enable-avx --enable-float --enable-shared        # XXX为你自己主机的名字
sudo make install

        然后是gromcas的安装：

wget https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2022.5.tar.gz
tar xzvf gromacs-2022.5.tar.gz
cd gromacs-2022.5
mkdir build
cd build
sudo cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/xxx/gmx2022.5 -DGMX_SIMD=AVX2_256 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=OFF
# 这两行为一个代码，其中XXX需改为自己虚拟机的名称
# 如果没有安装FFTW库，在DGMX_BUILD_OWN_FFTW=OFF这条命令中的OFF需要换成ON
sudo make install
source /home/xxx/gmx2022.5/bin/GMXRC

        此时重新打开命令窗口输入sudo nano ~/.bashrc，在打开的文件的末尾加入以下内容：

export PATH="/home/xxx/gmx2018.8/bin:$PATH&"（其中XXX需改为自己虚拟机的名称）

随后按ctrl + x退出，输入y，回车保存，再回车完成设置。最后source ~/.bashrc完成配置。

        此时在输入dito检查是否安装成功