Ubuntu14.04 LTS 安装Doris、StaMPS、ROI_PAC

1、软件下载网址：

1）Doris下载网址：http://doris.tudelft.nl/
2）Doris软件最新的信息总可以在这个网址上查到：http://enterprise.tudelft.nl/doris/

3）StaMPS官方网址：http://homepages.see.leeds.ac.uk/~earahoo/stamps/

4）SNAPHU:（Statistical-Cost, Network-Flow Algorithm for Phase Unwrapping）：http://web.stanford.edu/group/radar/softwareandlinks/sw/snaphu/

FFTW:http://www.fftw.org/

Triangle:http://www.cs.cmu.edu/~quake/triangle.html

Showme:http://www.cs.cmu.edu/~quake/showme.html

2、需要的软件包

[Matlab矩阵实验室]：Mathworks.Matlab.R2010a.UNIX.ISO-TBE
fftw-3.3.3 快速傅里叶变换
doris_v4.06 InSAR
getorb_2.3.2 获取精轨（ERS、ENVISAR）
snaphu-v1.4.2 相位解缠
ROI_PAC_3_0_1 InSAR,可以（成像）处理裸数据
StaMPS_v3.3b1 PS-InSAR
Triangle 构建三角网
terrasar插件

3 常用软件工具

1）、安装新立得：

    $sudo apt-get install synaptic

2）、安装gawk gcc g++ make tcsh csh gmt

    $sudo apt-get install gawk gcc g++ make tcsh csh gmt

3）、 安装terrasar-x影像包:

    $ sudo apt-get install gdal-bin libxslt1.1 python-lxml python libxml2

4）、安装Cosmo-SkyMed影像包：

    $sudo apt-get install python-h5py

注：新立得下载的安装包文件存放在：/var/cache/apt/archives/ 目录下

3、安装路径安排

1）doris_v4.06beta2、StaMPS_v3.3b1、Vi_StaMPS目录并列位于StaMPS下，即/home/lu/StaMPS/

2）.bashrc位于主路径下(属于隐藏文件，ctrl+H)，即/home/lu/

3）doris_v)406beta2下：fftw3.3.3、getorb、snaphu-v1.4.2

4）StaMPS_v3.3b1下：triangle、 ROI_PAC_3_0_1

5. /home/lu/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI__PAC/下：自己手动新建一个NetDist文件夹，NetDist文件夹下放fftw3.3.3的压缩包

6. SAR_FILES文件夹(包含INS、ODR、VOR三个文件夹)存放精轨数据，放在ROI_PAC_3_0_1/POI_PAC文件夹下

4、联网操作

 普通用户获得root权限：sudo passwd root
 注意：联网设置前需要设置root密码
联网安装设置：
（操作：编辑链接——>选中以太网Wired connection 1编辑设置IPV4再在终端输入a,b,c对应的指令即可。）
(1)编辑网络连接：手动设置IP、NETMASK、网关和DNS（IPV4如：192.168.200.124；255.255.255.0；        192.168.200.1；202.106.0.20）
(2)终端：
a. sudo /sbin/ifconfig eth0 down   //断开
b. sudo /sbin/ifconfig em1 hw ether MAC地址（如：0007E9F1B25C）
c. sudo /sbin/ifconfig em1 up //连接
 每次重启完电脑后都要重新输入a,b,c对应的命令，才能连上 

5 安装doris4.06beta2

将解压的 fftw-3.3.3 、 getorb、snaphu-v1.4.2放到doris4.06beta2目录下，等待安装。
1）编译、安装fftw-3.3.3库

 $ cd fftw-3.3.3/
 $ ./configure --prefix=`pwd` --enable-float

 注： 如果出现"./configure  Permission Denied", 输入命令sudo chmod +x configure给configure赋权限。再执行./configure --prefix=`pwd` --enable-float然后回车
若按装过程出错的话，需要将安装包删除，全部重新安装。注意，--prefix=`pwd`中的斜撇是键盘上数字1边上的斜撇。【这一步configure选项可以进一步优化。我们现在的机器都支持sse，cpu都是多核心的，可以加  上--enable-sse 和 --with-combined-threads选项，也就是下面的命令：$./configure --prefix=`pwd` --enable-float --enable-sse --with-combined-threads
//特别的，如果是32位linux系统，用的是amd的cpu，可以加上 --enable-k7】

$ make
$ make install

编译安装，注意--prefix=`pwd`选项保证了fftw库直接安装在pwd，也就是当前的 fftw-3.3.3目录，doris编译时会直接找到自己目录下的fftw。

2)编译安装doris

$ cd src
   //进入到doris下面的src目录
$ ./configure
$ make
$ sudo make install
//最后一步安装doris到/usr/local/bin需要root权限

3)安装SARtools和ENVISAT_TOOLS

A．安装SARtools

 $cd doris_v4.04beta4/SARtools
 $make
 $sudo make install
 
 $sudo apt-get install  libc6-dev-i386
 $make
 $sudo make install

B．安装ENVISAT_TOOLS

  $ cd doris_v4.02/ENVISAT_TOOLS 
  $ make
  $sudo make install

4)安装getorb，snaphu，GMT
Getorb（getorb_2.3.2.tar.gz）用于获取精轨，snaphu（snaphu-v1.4.2.tar.gz）用于相位解缠

snaphu与getorb软件都放到doris目录下
A．先安装fortran包

    $ sudo apt-get install gfortran

注意：修改getorb安装文件目录下Makefile文件，第34行和38行，去掉行首的注释符号“#”
FC =fc
FC =gfortran

B．再安装getorb

进入getorb目录
$ make
$sudo make install

可使用getorb检查安装是否成功
注意：拷入精轨文件的时候必须注意大小写，即轨道文件必须大写的，doris才能正确读入精轨

C.安装snaphu软件

 首先到“/usr/local”文件夹下建个 man文件夹，在man文件夹下建立man1文件夹，再进入  snaphu/src下make、make install，最后make install如果提示还有一个错误，不用管
 
$ sudo mkdir /usr/local/man/man1  //若是fedora要分步创建
进入snaphu/src目录，make 和 sudo make install。

D. 赋执行权限
以上软件的执行文件都安装在 /usr/local/bin下面，到该目录里面去检查一下，发现有几个文件没有执行权限，增加执行权限即可。

$ cd /usr/local/bin
$ sudo chmod 755 *.*
$ sudo chmod 755 *

在终端运行run -g时提示添加PAGER,EDITOR到环境变量。编辑/home/lu.bashrc文件(为隐藏文件,Ubuntu下Ctrl+H显示)，在最后加入下面两行代码：

export PAGER=less
export EDITOR=vi

6、 安装matlab2010a

1. 挂载光盘镜像

   $ sudo mount -o loop /home/aaa.iso /media
   其中/home/aaa.iso为你的matlab安装文件所在位置（.ios文件的路径不能有空格，可以将iso放在主文件夹下），/media为你要把光盘镜像文件挂载到的

2)安装matlab

$ cd /media（挂载的位置）
$ sudo ./install 
注意：选择是否在线安装时，选否，即 install manually without using the internet
建立文件夹 sudo mkdir /usr/local/matlab，给权限sudo chmod777 路径
输入key,输入 36096-53477-64319-46930-25628-45918-00806
安装完成破解需要 license file ，选择镜像文件crack中的 license_standalone.dat

在终端运行Matlab时，提示没有注册，则需要以管理员的身份注册。
注册Matlab：sudo nautilus以管理员的身份打开文件管理器，找到Matab安装目录，文件系统下：/usr/local/MATLAB/R2012b/bin找到matlab，运行，提示注册，按上面的方法注册即可。（若运行matlab时，只能以文件的形式打开，不能执行matlab，则为matlab添加快捷方式，sudo nautilus打开文件管理器，找到桌面上的快捷方式，双击，再注册即可）

Matlab 中文乱码 解决方法：

 1、Matlab2010的JRE目录为：/Matlab安装目录/sys/java/jre/glnx86/jre* 请根据自己的安装目录和版本确定JRE的目录；
2、$ cd /Matlab安装目录/sys/java/jre/glnx86/jre/lib/fonts/；
3、建立目录: $sudo mkdir fallback (文件夹必须命名为fallback，原因未知)；也可手动建立：sudo nautilus以管理员身份打开文件管理器，在fonts文件夹下建立fallback文件夹。
4、把字体复制fallback目录，选择其中之一就可以：
 （1） Windows 的simsun字体
$ cp /media/Windows/WINDOWS/Fonts/simsun.ttc fallback/ 
(2) 也可手动将simsun复制到fallback目录下。需要以管理员的权限打开文件管理器，将simsun复制进去，执行命令为：sudo nautilus（以管理员身份打开文件管理器）
 5、进入到 fallback目录，执行sudo mkfontscale 命令；
 $ cd fallback
 $ sudo mkfontscale
（若不成功，需要以root的身份执行mkfontscale）执行成功会在fallback文件夹下生成font.scale文件。
 6、回到上一级菜单：
 $ cd ..
 7、将上一步生成的文件添加到 lib/fonts/fonts.dir文件中，可用以下命令完成，当然也可以用编辑器复制粘贴：
$ sudo cat fallback/fonts.scale >> fonts.dir 
若提示权限不够，则执行sudo chmod a+w fonts.dir,让fonts.dir有可写的权限；再执行sudo cat fallback/fonts.scale >> fonts.dir，将font.scale的内容写到font.dir;
8、若此时打开matlab仍不能识别中文，则执行sudo chmod a+r fallback/*
9、至此Matlab的Java环境中文支持安装完了，接下来配置Matlab;
10、进入Matlab，应该直接能显示出来；没有的话选择 菜单 File>>Preferences>>Fonts 选择SimSun/wqy字体就行了
(注意这时是选择第二项desktop text font，意识是修改文件夹选项的字体，勾掉对号，选择最下面三个方块选项字体中任意一个，这3个就是我们刚添加的)；选择字体的选择框依然为方块  但是系统中可以显示中文.

7、安装stamps 、triangle

$ cd StaMPS_v3.2.1/src
$ make
$ sudo make install

$ cd triangle
$ make
$ sudo make install

若装不上就下载安装

  $ sudo apt-get install triangle-bin

8、ROI_PAC安装

参考安装说明网址：http://roipac.org/cgi-bin/moin.cgi/Installation
相关文章：http://blog.163.com/wwthunan@126/blog/static/396261352009101881617501/

1）预处理

A．解压缩

   $tar xvf ROI_PAC_3_0_1.tgz

B．进入目录ROI_PAC_3_0_1

    $cd /home/lu/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1

这个目录下面有一个AAREADME文件，主要是介绍一些文档，稍微看一下就好。
C．进入目录/home/lu/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC

  $cd ROI_PAC

下面安装过程参考该目录下的AAREADME_BUILD_ROIPAC文件，值得仔细研究一下。
D．检查编译器

$ which ifort g95 f90 pgf95 f95 xlf gfortran cc gcc icc

2）准备安装
A．安装文件标签更新
（查看当前系统时间是否正确，在新安装的Ubuntu系统上，一般时间都不对，连上网后，设置为上海时间）

$ touch aclocal.m4 Makefile.in configure

也就是说把这几个文件的时间标签更改为当前时间

B．安装fftw-3.3.3

把自己下载的压缩包fftw-3.3.3文件放入新建文件夹NetDist(NetDist为自己手动建立)下(/home/lu/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ ROI_PAC/NetDist，并打开ROI_PAC/contrib文件夹下的install-fftw.sh,将文件中的ver=3.3.3改为对应的fftw的版本号。)，再执行命令

 ./contrib/install-fftw.sh CC=cc

若提示没有权限，则赋给该文件权限

  sudo chmod +x ./contrib/install-fftw.sh

再执行

  ./contrib/install-fftw.sh CC=cc）

install-fftw.sh脚本用来下载并安装fftw，我们手工将fftw-3.3.3文件压缩包放在了ROI_PAC/NetDist路径下，则install-fftw.sh会跳过下载直接解压，安装。解压后的文件在NetSrc，同时会生成NetInst、NetBuild。
C．fftw环境变量

安装完fftw，它会提示你设置环境变量，将终端中的上述输出内容拷下来执行即可，格式如上（安装位置会稍有差别）。这两个目录中应该分别有libfftw3f.a和fftw3.f这两个文件（可以检查查看）。

 $ export FFTW_LIB_DIR=/home/lu/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC/NetInst/fftw-170417-1646/lib
 $export FFTW_INC_DIR=/home/lu/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC/NetInst/fftw-170417-1646/include

3）正式安装
A．安装

$ ./contrib/multibuild.sh

(注：首先确定ROI_PAC目录下的configure文件具有可执行权限，否则会提示Could not find executable configure错误)这一步会在ROI_PAC目录下得到一个类似于multibuild-xxxx（后面的x表示数字 multibuild-{YYMMDD-HHMM}）的目录，这就是安装位置了。

B.可执行程序的安装
其实现在已经安装好了，只不过重新整理一下而已。

$ mkdir INT_BIN
$ cp multibuild*/installs/defaults/bin INT_BIN

即将安装目录下所有的可执行程序拷到ROI_PAC目录下的INT_BIN目录中（手工复制的）

C.测试

$cd /media/lu/802256A522569FC8/01_ROI_PAC_Test
$mkdir test-runs
$cd test-runs

#将roi_pac_testdir.tar.gz压缩包放在/media/lu/802256A522569FC8/01_ROI_PAC_Test路径下

$/home/lu/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC/contrib/multitest.sh /media/lu/802256A522569FC8/01_ROI_PAC_Test/roi_pac_testdir.tar.gz /home/lu/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC/INT_SCR /home/lu/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC/INT_BIN

 注：  {path to contrib}/multitest.sh {path to TEST_DIR.tar} {directory containing ROI_PAC Perl scripts} {directories containing ROI_PAC binary}

1）测试命令multitest.sh，在ROI_PAC/contrib目录下面。
2）测试数据roi_pac_testdir.tar
3）ROI_PAC的perl脚本所在目录
4）ROI_PAC的默认可执行文件目录
5）ROI_PAC的fortran可执行文件目录

成功的标志是：在test-runs/defaults/TEST_DIR目录下，找到类似于batchlog-xxxxx的文件，如果结尾有一句That’s all folks，那么就说明安装成功。如果没有，那么必然有很多fail语句，失败原因可以在AAREADME_BUILD_ROIPAC文件里面找一找。

第一次执行会出错

   Can't take sqrt of -830.462 at /usr/local/share/roi_pac/make_raw.pl line 1040, <RSC1> line 88.

 solution:  I was able to overcome it by changing line 165 of the default "make_raw.pl" from:

 $pri_count    = ByteRead ($imagery_file, $width+$PRIoffset,  $num_bytes);

 To:

 $pri_count    = ByteRead ($imagery_file, $width+$PRIoffset,  $num_bytes, 1);

mdx.pl 脚本会调用mdx程序来显示：
支持的后缀名：
Recognizes: *.slc
*.int
*.cor
*.unw
*.amp
*.hgt
*.hgt_holes
*.dem
*.dte
*.dtm
*.rect
*.msk
*.byt
*.flg

D. CSK SLC、RS2 SLC、TSX SLC、Sentinel-1 SLC数据解析器安装
软件包下载网址：http://roipac.org/cgi-bin/moin.cgi/ContribSoftware

boost1.58库的编译：http://www.cnblogs.com/loadofleaf/p/5668109.html

$tar xf boost_1_58_0.tar.gz
$cd boost_1_58_0/
$./bootstrap.sh
$./b2
$sudo ./b2 install

sar-0.6编译

     $cd /home/lu/StaMPS/sar-0.6
     $./configure CC="gcc -std=c++0x" CXX="g++ -std=c++11" --with-boost=/usr/local CPPFLAGS='-I/usr/include' LDFLAGS='-L/usr/lib'
     $make
     $sudo make install

注：必须指定boost 、 hdf5、 tiff的库路径，且源码中用到了C++11的特性，需要加上CC=“gcc -std=c++0x” CXX="g++ -std=c++11"命令选项。

9、 环境变量的设置
将下面的内容拷贝到主文件夹下的bashrc下（该文件为隐藏，ctrl+H，取消隐藏），记得改为自己的路径，fftw改为对应的版本号

A. ROI_PAC环境变量的设置参考ROI_PAC/DOC/SAR_CONFIG

export PAGER=less
export EDITOR=vi

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/opengl:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH


#  FFTW # 
#ROI_PAC路径下有一个不同的fftw，不知道怎么弄？
export FFTW_LIB_DIR=/home/lu/StaMPS/doris_v406beta2/fftw-3.3.3/lib
export FFTW_INC_DIR=/home/lu/StaMPS/doris_v406beta2/fftw-3.3.3/include
export FFTW_LIB="/usr/local/lib"


# Matlab #

export MATLAB_path="/usr/local/MATLAB/R2012b"
export PATH=${PATH}:$MATLAB_path/bin

export NETCDF_HOME=/usr/local/
export PATH=/usr/local/bin:$PATH


#ROI_PAC

export INT_BIN=/home/lu/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC/INT_BIN
export INT_SCR=/home/lu/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC/INT_SCR

# StaMPS #

export STAMPS="/home/lu/StaMPS/StaMPS_v3.3b1"
export ROI_PAC=/home/lu/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC

#export GETORB_BIN="/home/lu/StamPS/doris_v4.06beta2/getorb/bin"
export GETORB_BIN="/usr/local/bin"

# SAR_ODR_DIR、SAR_INS_DIR、SAR_VOR_DIR轨道目录，参考ROI_PAC/SAR_CONFIG文件，只需要添加环境变量，无需添加到PATH路径下

export SAR_ODR_DIR=/home/lu/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC/SAR_FILES/ODR
export SAR_VOR_DIR=/home/lu/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC/SAR_FILES/VOR
export SAR_INS_DIR=/home/lu/StaMPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ROI_PAC/SAR_FILES/INS

#PRC_DIR无该文件
export PRC_DIR="/home/lu/StamPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0/ROI_PAC/SAR_FILES/PRC"


export DORIS_BIN="/home/lu/StaMPS/doris_v406beta2/bin"

export MY_BIN="$INT_BIN"

export MATLABPATH=$STAMPS/matlab:`echo $MATLABPATH`
export DORIS_SCR="$STAMPS/DORIS_SCR"

export LC_NUMERIC="en_US.UTF-8"
export LC_TIME="en_US.UTF-8"


export MATLAB="/usr/local/MATLAB/R2012b"

#  GMT #
export GMT_INC_DIR="/usr/include"
export GMT_LIB_DIR="/usr/lib"
export GMT_BIN="/usr/lib/gmt/bin"

#  HDF5  #
export HDF5_DIR=/usr/local/hdf5

# GMT5SAR #
export GMT5SAR=/home/lu/GMT5SAR/GMT5SAR


# repeat
#export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/jdk1.8.0_111  
#export JRE_HOME=${JAVA_HOME}/jre  
#export CLASSPATH=.:${JAVA_HOME}/LIB:${JRE_HOME}/lib  


# #java for IntelliJ idea
export JAVA_HOME=/usr/local/java/jdk1.8.0_121
export JRE_HOME=${JAVA_HOME}/jre 
export CLASSPATH=.:${JAVA_HOME}/lib:${JRE_HOME}/lib 

export MAVEN_HOME=/usr/local/maven/apache-maven-3.3.9

#MDX
export MDX=/home/lu/isce_app/isce/bin


export PATH=${PATH}:$GMT_INC_DIR:$GMT_LIB_DIR:$GMT_BIN:$INT_BIN:$INT_SCR:$MDX:$GETORB_BIN:$STAMPS/bin:$DORIS_BIN:$TRIANGLE_BIN:$DORIS_SCR:$GDAL:${JAVA_HOME}/bin:$HDF5_DIR:${MAVEN_HOME}/bin:$GMT5SAR/bin