Ubuntu下安装Doris、StamPS

DORIS下载网址：Doris InSAR Processor

Doris软件最新的信息总可以在这个网址上查到：http://enterprise.tudelft.nl/doris/

FFTW:FFTW Home Page

StamPS:StaMPS snaphu-v1.4.2   : SNAPHU

Triangle:Triangle: A Two-Dimensional Quality Mesh Generator and Delaunay Triangulator

Showme:Show Me: A Display Program for Meshes and More

Ubuntu 桌面版 12.04 LTS: Ubuntu桌面系统 | Ubuntu

Download Ubuntu Desktop | Download | Ubuntu

一、准备工作

1、需要文件

1）系统包

64位：ubuntu-12.04-desktop-amd64

32位：ubuntu-12.04.1-desktop-i386.iso或者ubuntu-10.04.2-desktop-i386

2）软件包

[矩阵实验室].Mathworks.Matlab.R2010a.UNIX.ISO-TBE 

fftw-3.2.2  快速傅里叶变换

doris_v4.02  InSAR

getorb_2.3.2  获取精轨

snaphu-v1.4.2  相位解缠

ROI_PAC_3_0_1 InSAR,可以（成像）处理裸数据

StaMPS_v3.2.1  PS-InSAR

Triangle 构建三角网

terrasar插件

其它在线下载：gawk、gcc、g++、make、tcsh

     $sudo apt-get install gawk gcc g++ make tcsh

3）环境配置文件

将备份的.bashrc文件中export以后的内容拷贝到主文件夹下的.bashrc文件里（此文件隐藏，按ctrl+H取消隐藏），记得修改路径，与fftw的版本号。

 

4)卫星精密轨道库

SAR_FILES

（该文件夹所在目录为：

StamPS\StaMPS_v3.3b1\ROI_PAC_3_0\ROI_PAC\SAR_FILES）

5）路径安排

主路径：用户名，lu

下设Stamps文件夹，即home/lu/Stamps

Doris、StaMPS_v3.3b1目录并列位于Stamps下，即home/lu/Stamps/

Matlab、triangle、.bashrc位于主路径下，即home/lu/

doris_v4.04beta4下：fftw3.3.3、getorb、snaphu-v1.4.2

StaMPS_v3.3b1下： ROI_PAC_3_0

 home/lu/Stamps/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0/ROI__PAC/下：自己手动新建一个NetDist文件夹，NetDist文件夹下放fftw3.3.3的压缩包

SAR_FILES文件夹存放精轨数据，也放在POI_PAC文件夹下

 

SAR_FIlES文件夹下：

StaMPS_v3.3b1文件夹下：(将ROI_PAC_3_0放在该文件夹下）

6)相关操作

普通用户获得root权限：sudo passwd root

注意：联网设置前需要设置root密码

联网安装设置：

（操作：编辑链接——>选中以太网Wired connection 1à编辑à设置IPV4再在终端输入a,b,c对应的指令即可。）

(1)编辑网络连接：手动设置IP、NETMASK、网关和DNS（IPV4如：192.168.200.124；255.255.255.0；192.168.200.1；202.106.0.20）

(2)终端：a. sudo /sbin/ifconfig em1(fedora用em1；ubantu用eth0) down   //断开

           b. sudo /sbin/ifconfig em1 hw ether MAC地址（如：0007E9F1B25C）

            c. sudo /sbin/ifconfig em1 up //连接

每次重启完电脑后都要重新输入a,b,c对应的命令，才能连上

2、常用操作

终端：Terminal，用于输入命令

进入目录。可拖拽，cd 目录

上下键可重复以前用过的命令

sudo su自动进入root权限

涉及权限，可以cp命令拷贝,cp原路径新路径

新建文件夹命令 mkdir 路径

二、安装过程

1、安装linux系统

1）安装系统

利用虚拟光驱打开ubantu桌面版，点击wubi安装程序按步骤安装即可

2）设立访问权限

     安装好Ubuntu系统后，需要设置root密码，代码：$sudo passwd root

     注意：安装Doris、StamPS软件时，不能以root身份安装，只能以用户的身份安装。

3）统一管理

安装后新建StamPS文件夹，将相关软件包拷贝到StamPS下

2、安装gcc，g++，make软件

代码:

$ sudo apt-get install gcc g++ make

//加sodu可以不用输入密码；apt-get用于在线获取程序包

//若按装不上，则去软件中心下载新立得软件，用该软件下载安装即可

3、安装doris

1）下载doris和fftw包

下载doris（doris_v4.02.tar.gz）和fftw包（fftw-3.3.tar.gz），都放在自己的主目录下面，比较好操作。

免费下载地址在 http://linux.linuxidc.com/

用户名与密码都是www.linuxidc.com

具体下载目录在 /pub/2011/06/21/Ubuntu下安装doris及相关软件教程/

2）预处理

先解压doris_v4.04beta4，然后在doris_v4.04beta4目录里面解压fftw-3.3.3（傅里叶变换），将fftw-3.3.3文件夹移入doris_v4.04beta4目录里面。

3）编译、安装fftw-3.3.3库

首先进去fftw-3.3.3目录下

$ cd fftw-3.3.3/

$ ./configure --prefix=`pwd` --enable-float

    注：在Ubuntu下如果出现"./configure  Permission Denied",输入命令sudo chmod +x configure给configure赋权限。再执行./configure --prefix=`pwd` --enable-float

然后回车

  若按装过程出错的话，需要将安装包删除，全部重新安装

注意，--prefix=`pwd`中的斜撇是键盘上数字1边上的斜撇。

   【这一步configure选项可以进一步优化。我们现在的机器都支持sse，cpu都是多核心的，可以加上--enable-sse和--with-combined-threads选项，也就是下面的命令：

$./configure --prefix=`pwd` --enable-float --enable-sse --with-combined-threads

//特别的，如果是32位linux系统，用的是amd的cpu，可以加上--enable-k7】

  记得设置电脑时间，

$ make

$ make install

//编译安装，注意--prefix=`pwd`选项保证了fftw库直接安装在pwd，也就是当前的 fftw-3.3.3目录，doris编译时会直接找到自己目录下的fftw。

4）编译安装doris

A．安装tcsh/csh

作者要求我们在tcsh环境下编译doris，我试过直接在bash下面编译也没有问题。若出问题，则需要安装tcsh/csh(若不让安装tcsh/csh,则执行sudo apt-get  update,若还是不行，则去软件中心下载新立得软件，用该软件下载安装)

代码:

$sudo apt-get install tcsh

$sudo apt-get install csh

$cd ..

//回到doris目录

$tcsh

 

B.安装doris

代码:

$ cd src

//进入到doris下面的src目录

$ ./configure

注：这步可能出错：

提示：没有那个文件或目录。

解决办法：在fedora下：yum install csh回车；

      在Ubuntu下：apt-get install csh回车（若不让安装tcsh/csh,则执行sudo apt-get install update再执行apt-get install csh）。

//回答应该是一路回车，g++，fftw的lib，include等三个问题是关键，都可以自动完成，如果有异常，请检查前面。其他的回车就可以。

（字节为Intel 小字节输入y）

$ make

这步可能出现问题，

make: g++：命令未找到

make: *** [processor.o] 错误 127

解决办法：在Ubuntu下：输入命令sudoapt-get install g++，安装g++；

 

$ sudo make install

//最后一步安装doris到/usr/local/bin需要root权限

5）安装SARtools和ENVISAT_TOOLS

用“EnviSat_TOOLS MakeFile修改备份/MakeFile”修改备份文件夹下的Makefile替换doris_v4.04beta4/ENVISAT_TOOLS下的makeFile

源代码都在doris目录里面

A．安装SARtools

代码:

$cd doris_v4.04beta4/SARtools

$make

$sudo make install

若是64位Ubuntu，ENVISAT_TOOLS需要先安装 libc-dev-i386

代码:

$sudo apt-get install libc6-dev-i386

$make

$sudo make install

 B．安装ENVISAT_TOOLS

代码:

$ cd doris_v4.02/ENVISAT_TOOLS

$ make

$sudo make install

至此doris安装完毕，输入doris可以检查安装是否成功（若成功有字符图案显示），其它程序一样。

 

5、安装getorb，snaphu，GMT，gv

Getorb（getorb_2.3.2.tar.gz）用于获取精轨，snaphu（snaphu-v1.4.2.tar.gz）用于相位解缠，GMT，GV用于绘图，（GMT，GV用新立得安装即可）

  

1）下载方法

doris主页download页面（http://doris.tudelft.nl/Doris_download.html）有getorb和snaphu的相关链接

snaphu与getorb软件下载getorb_2.3.2.tar.gz和snaphu-v1.4.2.tar.gz。

免费下载地址在 http://linux.linuxidc.com/

用户名与密码都是www.linuxidc.com

具体下载目录在 /pub/2011/06/21/Ubuntu下安装doris及相关软件教程/

2）安装getorb软件

snaphu与getorb软件都放到doris目录下

A．先安装fortran包

代码:

$ sudo apt-get install gfortran

注意：修改getorb安装文件目录下Makefile文件，第34行和38行，去掉行首的注释符号“#”

FC   =fc

FC   =gfortran

 

B．再安装getorb

进入getorb目录

$ make

$sudo make install

可使用getorb检查安装是否成功

注意：拷入精轨文件的时候必须注意大小写，即轨道文件必须大写的，doris才能正确读入精轨

 

3）安装snaphu软件

首先到“/usr/local”文件夹下建个 man文件夹，在man文件夹下建立man1文件夹，再进入  snaphu/src下make、make install，最后make install如果提示还有一个错误，不用管

代码:

$ sudo mkdir /usr/local/man/man1 //若是fedora要分步创建

进入snaphu/src目录，make和sudo make install。

4）安装GMT软件

GMT包可以直接用apt-get安装，

代码:

$ sudo apt-get install gmt

5)赋执行权限

以上软件的执行文件都安装在 /usr/local/bin下面，到该目录里面去检查一下，发现有几个文件没有执行权限，增加执行权限即可。

代码(下面的代码使bin文件夹下的所有可执行文件都具有执行权限)

$ cd /usr/local/bin

$ sudo chmod 755 *.*

$ sudo chmod 755 *

在终端运行run -g时提示添加PAGER,EDITOR到环境变量。编辑/home/Administrator(用户名，例如root)目录下.bashrc文件(为隐藏文件,Ubuntu下Ctrl+H显示)，在最后加入下面两行代码：

export PAGER=less

export EDITOR=vi

执行Doris看能不能读取主辅影像，并做干涉图，确定没问题，再接着安装

（读取主影像时若出错，试着将轨道差值法改为自然样条函数，即SPLINE,再试一下）

6、安装terrasar-x影像包

tsx影像的读取问题，需要安装gdal，python，libxml2，python-lxml，libxslt1等软件包，直接用apt-get命令解决。

代码:

$ sudo apt-get install gdal-bin libxslt1.1 python-lxml python libxml2

Cosmo-SkyMed影像的读取问题，需要安装python-h5py

$sudo apt-get install python-h5py

7、安装matlab2010a

下面简要介绍安装流程，具体内容见“附录A：matlab 2010a linux安装过程”。

下载matlab2010a for linux

1）文件改名（可不改）

原始文件名为[矩阵实验室\].Mathworks.Matlab.R2010a.UNIX.ISO-TBE.iso改为matlab.iso（为了方便）

代码:

$ mv  \[矩阵实验室\].Mathworks.Matlab.R2010a.UNIX.ISO-TBE.iso matlab.iso

2）挂载光盘镜像

A．使用mount命令

代码:   

    $ sudo mount -o loop /home/aaa.iso /media

其中/home/aaa.iso为你的matlab安装文件所在位置（.ios文件的路径不能有空格，可以将iso放在主文件夹下），/media为你要把光盘镜像文件挂载到的位置(一般默认该位置)

3）安装

代码:

$ cd /media（挂载的位置）

$ sudo ./install

注意：

选择是否在线安装时，选否，即 install manually without using the internet

建立文件夹 sudo mkdir /usr/local/matlab，给权限sudo chmod777 路径

输入key,输入 36096-53477-64319-46930-25628-45918-00806

安装完成破解需要 license file ，选择镜像文件crack中的 license_standalone.dat

在终端运行Matlab时，提示没有注册，则需要以管理员的身份注册。

注册Matlab：sudo nautilus以管理员的身份打开文件管理器，找到Matab安装目录，文件系统下：/usr/local/MATLAB/R2012b/bin找到matlab，运行，提示注册，按上面的方法注册即可。

（若运行matlab时，只能以文件的形式打开，不能执行matlab，则为matlab添加快捷方式，sudo nautilus打开文件管理器，找到桌面上的快捷方式，双击，再注册即可）

4）安装后配置

   创建桌面快捷方式：为Matlab添加桌面快捷方式：点击桌面左上角的按钮（Dash主页），输入“启动”，找到“启动应用程序”，点击，出现“启动应用程序首选项”对话框，单击添加，名称里输入：Matlab,命令里输入matlab启动路径，点击浏览到目录/usr/local/MATLAB/R2012b/bin/matlab.在后面添加-desktop,最终样式/usr/local/MATLAB/R2012b/bin/matlab -desktop。

    返回到桌面，右键点击Matlab为其添加图标。选择权限选项卡：访问设置为只读，执行勾选为“允许以程序执行文件”；在基本选项卡，点击图标的位置为其添加图标：路径/usr/local/MATLAB/R2012b/X11;

A．创建桌面快捷方式
为了方便，创建一个快捷方式，和其他一样，桌面右键创建启动器
图标可以选/.../matlab/X11/icons
命令中填入：/.../matlab/bin/matlab -desktop
完成，注：-desktop不能少
 

B.设置中文字体

直接在matlab里面file—perferences—fonts设置中文字体即可。

 

C. 设置环境变量

将编辑好的环境变量文件.bashrc拷到文件夹long下覆盖原文件

或者在.bashrc文件中加入,这个文件在用户目录下隐藏的。ubuntu下修改环境变量需要在终端下输入gedit ~/.bashrc，然后再修改

注：ubuntu下修改环境变量需要在终端下输入gedit ~/.bashrc,然后再修改

  环境变量的设置：在.bashrc文件中加入下面两句话,这个文件在用户目录下隐藏的。

export MATLAB=”/usr/local/matlab”

export PATH=${PATH}:$MATLAB/bin

D、安装完Doris后，若读取主影运行报错，可能是因为参数设置有误，将The general options 的 ORB_INTERP 设置为SPLINE

E、Matlab 中文乱码解决方法：   

1、Matlab2010的JRE目录为：/Matlab安装目录/sys/java/jre/glnx86/jre* 请根据自己的安装目录和版本确定JRE的目录；

2、$ cd /Matlab安装目录/sys/java/jre/glnx86/jre/lib/fonts/；

3、建立目录: $sudo mkdir fallback (文件夹必须命名为fallback，原因未知)；也可手动建立：sudo nautilus以管理员身份打开文件管理器，在fonts文件夹下建立fallback文件夹。

4、把字体复制fallback目录，选择其中之一就可以：

（1） Windows 的simsun字体

$ cp /media/Windows/WINDOWS/Fonts/simsun.ttc fallback/

 (2) 也可手动将simsun复制到fallback目录下。需要以管理员的权限打开文件管理器，将simsun复制进去，执行命令为：sudo nautilus（以管理员身份打开文件管理器）

5、进入到 fallback目录，执行sudo mkfontscale 命令；

代码：

$ cd fallback

$ sudo mkfontscale

（若不成功，需要以root的身份执行mkfontscale）执行成功会在fallback文件夹下生成font.scale文件。

6、回到上一级菜单：

$ cd ..

7、将上一步生成的文件添加到 lib/fonts/fonts.dir文件中，可用以下命令完成，当然也可以用编辑器复制粘贴：

$ sudo cat fallback/fonts.scale >> fonts.dir

若提示权限不够，则执行sudo chmod a+w fonts.dir,让fonts.dir有可写的权限；再执行sudo cat fallback/fonts.scale >> fonts.dir，将font.scale的内容写到font.dir;

8、若此时打开matlab仍不能识别中文，则执行sudo chmod a+r fallback/*

9、至此Matlab的Java环境中文支持安装完了，接下来配置Matlab;

10、进入Matlab，应该直接能显示出来；没有的话选择 菜单 File>>Preferences>>Fonts 选择SimSun/wqy字体就行了

(注意这时是选择第二项desktop text font，意识是修改文件夹选项的字体，勾掉对号，选择最下面三个方块选项字体中任意一个，这3个就是我们刚添加的)；

选择字体的选择框依然为方块  但是系统中可以显示中文

8、安装stamps

1）下载安装gawk软件

Ubuntu系统没有gawk，下载安装

代码:

$sudo apt-get install gawk

2）下载StaMPS_v3.2.1.tar.gz

代码:

$tar xfzv StaMPS_v3.2.1.tar.gz

若有则省略此步

3）安装StaMPS_v3.2.1

代码：

$ cd StaMPS_v3.2.1/src

$ make

$ sudo make install

9、安装triangle

安装包里有triangle安装程序，

Doris、Rol_PAC、StaMPS、 triangle目录并列

代码：

$ cd triangle

$ make

$ sudo make install

若装不上就下载安装

$ sudo apt-get install triangle-bin

10、安装Rol_PAC

1）预处理

A．解压缩
$tar xvf ROI_PAC_3_0.tgz

解压后得到一个目录ROI_PAC_3_0。将这个目录拷到一个合适的位置，比如~/Document，今后，我将以long/StaMPS代替这个安装目录。

B．进入目录ROI_PAC_3_0/
    $cd long/StaMPS/ROI_PAC_3_0
    这个目录下面有一个AAREADME文件，主要是介绍一些文档，稍微看一下就好。

C．进入目录long/StaMPS /ROI_PAC_3_0/ROI_PAC
    $cd ROI_PAC
    下面安装过程参考该目录下的AAREADME_BUILD_ROIPAC文件，值得仔细研究一下。

D．检查编译器
$ which ifort g95 f90 pgf95 f95 xlf gfortran cc gcc icc
 

2）准备安装

A．安装文件标签更新

（查看当前系统时间是否正确，在新安装的Ubuntu系统上，一般时间都不对，连上网后，设置为上海时间）

$ touch achocal.m4 Makefile.in configure

也就是说把这几个文件的时间标签更改为当前时间

B．安装fftw
把自己的压缩包fftw-3.3.3文件放入新建文件夹NetDist(NetDist为自己手动建立)下(Home/lu/Stamps/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0_1/ ROI_PAC/NetDist，并打开ROI_PAC/contrib文件夹下的install-fftw.sh,将文件中的ver=3.3.3改为对应的fftw的版本号。)，再执行命令（./contrib/install-fftw.sh CC=cc，若提示没有权限，则赋给该文件权限，sudo chmod +x ./contrib/install-fftw.sh,再执行./contrib/install-fftw.sh CC=cc）

 

$ ./contrib/install-fftw.sh CC=cc
 

C．fftw环境变量
$ export FFTW_LIB_DIR=ROOT/ROI_PAC_3_0/ROI_PAC/NetInst/fftw-071005-1457/lib

$ export FFTW_INC_DIR=ROOT/ROI_PAC_3_0/ROI_PAC/NetInst/fftw-071005-1457/include

 

安装完fftw，它会提示你设置环境变量，将终端中的上述输出内容拷下来执行即可，格式如上（安装位置会稍有差别）。这两个目录中应该分别有libfftw3f.a和fftw3.f这两个文件（可以检查查看）。

3）正式安装

A．安装

$ ./contrib/multibuild.sh

(首先确定ROI_PAC目录下的configure文件具有可执行权限，否则会提示Could not find executable configure错误)这一步会在ROI_PAC目录下得到一个类似于multibuild-xxxx（后面的x表示数字）的目录，这就是安装位置了。
    B.测试略

C.可执行程序的安装

其实现在已经安装好了，只不过重新整理一下而已。

$ mkdir INT_BIN
$ cp multibuild*/installs/defaults/bin INT_BIN
即将安装目录下所有的可执行程序拷到ROI_PAC目录下的INT_BIN目录中

4)环境变量的设置

将下面的内容拷贝到主文件夹下的bashrc下（该文件为隐藏，ctrl+H，取消隐藏），记得改为自己的路径，fftw改为对应的版本号

export MATLAB=”/usr/local/Matlab/R2012b”

 

export PATH=${PATH}:$MATLAB/bin

 

export PAGER=less

export EDITOR=vi

 

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/opengl:$LD_LIBRARY_PATH

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH

 

export FFTW_LIB_DIR=/home/lu/StamPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0/ROI_PAC/NetInst/fftw-131230-1726/lib

export FFTW_INC_DIR=/home/lu/StamPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0/ROI_PAC/NetInst/fftw-131230-1726/include

export INT_BIN="/home/lu/StamPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0/ROI_PAC/INT_BIN"

export INT_SCR="/home/lu/StamPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0/ROI_PAC/INT_SCR"

 

export FFTW_LIB="/home/lu/StamPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0/ROI_PAC/NetInst/fftw-131230-1726/lib"

 

 

# Matlab #

 

export MATLAB_path="/usr/local/MATLAB/R2012b"

export PATH=${PATH}:$MATLAB_path/bin

export MATLAB_HOME=/usr/local/MATLAB/R2012b

export PATH=$PATH:MATLAB_HOME/bin

export NETCDF_HOME=/usr/local/

export PATH=/usr/local/bin:$PATH

 

export STAMPS="/home/lu/StamPS/StaMPS_v3.3b1"

export SAR="/home/lu/StamPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0"

export GETORB_BIN="/home/lu/StamPS/doris_v4.06beta2/getorb/bin"

export SAR_ODR_DIR="/home/lu/StamPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0/ROI_PAC/SAR_FILES/ODR"

export VOR_DIR="/home/lu/StamPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0/ROI_PAC/SAR_FILES/VOR"

export PRC_DIR="/home/lu/StamPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0/ROI_PAC/SAR_FILES/PRC"

export INS_DIR="/home/lu/StamPS/StaMPS_v3.3b1/ROI_PAC_3_0/ROI_PAC/SAR_FILES/INS"

 

 

export ROI_PAC="$SAR/ROI_PAC"

 

export DORIS_BIN="/home/lu/StamPS/doris_v4.06beta2/bin"

 

 

export MY_BIN="$INT_BIN"

export MATLABPATH=$STAMPS/matlab:`echo $MATLABPATH`

export DORIS_SCR="$STAMPS/DORIS_SCR"

 

 

export LC_NUMERIC="en_US.UTF-8"

export LC_TIME="en_US.UTF-8"

 

 

export MY_SAR="$SAR"

export OUR_SCR="$MY_SAR/OUR_SCR"

 

export ROI_PAC="$SAR/ROI_PAC"

export MY_SCR="$STAMPS/ROI_PAC_SCR"

 

export MATLAB="/usr/local/MATLAB/R2012b"

export GMT_INC_DIR="/usr/include"

export GMT_LIB_DIR="/usr/lib"

export GMT_BIN="/usr/lib/gmt/bin"

 

export PATH=${PATH}:$GMT_INC_DIR:$GMT_LIB_DIR:$GMT_BIN:$INT_BIN:$INT_SCR:$MDX:$SAR_ODR_DIR:$INS_DIR:$GETORB_BIN:$STAMPS/bin:$DORIS_BIN:$TRIANGLE_BIN:$MY_SCR:$OUR_SCR:$DORIS_SCR:$GETORB_BIN:$GDAL

 

 

设置完环境变量后，若启动matlab不好使，则需要重新启动电脑。

必须在终端运行matlab才能在matlab下使用stamps

5）核实perl目录

$ which perl

若结果是/usr/bin/perl，那就不用管了。

否则，需要把所有的perl可执行文件中的那个文件头（即#!/usr/bin/perl）改一下。
    $ cd INT_SCR
    $ chgperlpath.pl

到此所有软件安装完成，对于fedora等系统的DVD版本，好多插件都已经自动集成，不用sudo apt-get下载安装了。