lammps

最新推荐文章于 2024-05-08 10:57:36 发布
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WARNING: OMP_NUM_THREADS environment is not set. (../comm.cpp:89)
  using 1 OpenMP thread(s) per MPI task办法：OMP_NUM_THREADS=4 lammps
Jerry_ICCAS
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OpenMP用户指南.pdf
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OpenMP是一种用于共享内存系统的多线程程序设计方案，支持C，C++，Fortran编程语言。该文档详细介绍了OpenMP的API，非常适合学习。
LAMMPS前处理Pytohn代码B
07-30
著名分子动力学模拟软件LAMMPS的前处理代码，功能：生成纳米结构的结构模型
openmp配置指南_OpenMP #00 设置线程的3种方法
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设置线程的3种方法：1. 在子语句 data clause 中设置 ：num_threads( )2. 在 run time 函数库中设置 ：omp_set_num_threads( )3. 在环境变量中设置environmentvariables，在命令窗口中设置 ： export OMP_NUM_THREADS = 31、2、3 优先级依次降低的，也就是前面的设置可以覆盖后面的...
LAMMPS安装与使用
weixin_43364556的博客
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【Lammps】lammps 势函数的获取
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比如Al-Co-Cr-Fe-Ni就是高熵合金AlCoCrFeNi的势函数，后面的数字表示该合金的势函数数量，点击打开改势函数文件，点击另存保存到自己电脑即可。lammps模拟中，势函数的设置非常重要，直接影响计算结果，同时也是一大难点，特别是对于原子类型比较多的情况，设置起来有一定的困难。lammps官网的GitHub是时常更新的,比我们安装目录下的势文件要多,在这里可能会找到我们需要的势文件。假设在FeCMnSi中加入Ti，组成一种新的合金FeCMnSiTi合金，但是并不能找到这种合金的势函数。
1. Lammps 安装-简单运行
li1guangjun的博客
05-22 2019
从lammps官网下载windows版本的程序：https://packages.lammps.org/windows.html，在Installing LAMMPS on Windows 标题下点击“64-bit Windows download area”，下载程序，我下载的是“LAMMPS-64bit-Python-latest-MPI.exe”，双击程序即可安装。
OMP 设置线程的3种方法
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设置线程的3种方法： 在子语句 data clause 中设置 ： num_threads( ) 在 run time 函数库中设置 ： omp_set_num_threads( ) 在环境变量中设置environment variables， 在命令窗口中设置 ： export OMP_NUM_THREADS = 3 1、2、3 优先级依次降低的，也就是前面的设置可以覆盖...
OpenMP笔记(二)
上善若水，为而不争
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原文：https://www.bearoom.xyz/2019/02/18/openmp2/ OpenMP是由三部分组成的：指令、库函数和环境变量。 一、指令 在C/C++中使用OpenMP需要用到的指令一般是： ＃pragma omp 指令 [子句[子句]…] 指令有以下常见的11种： atomic 内存位置将会原子更新（Specifies that a memor...
分子动力学LAMMPS仿真
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06-15 2318
分子动力学lammps在windows系统下的运行
melt_lammps_
09-29
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铝块单轴压缩-lammps_lammps实例_
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ELASTIC (1)_lammps_
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LAMMPS手册-中文解析
03-14
LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序，比如，可以加上一些新的力场，原子模型，边界条件和诊断功能等。本部分大至介绍了LAMMPS的一些功能和缺陷。
lammps实例5.pdf
09-27
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openmp理解与实践--常见问题解决
xenonhu的博客
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openmp理解与实践–常见问题解决 缘起 并行计算已经有些年没有碰过了。以前做CFD时，利用网格的分块考虑任务并行，所以主要利用mpi实现。 其实在cfd中mpi并行的确是比较适合，各个进程间维护自己的内存空间，利用有限的通信来实现交互，这是一种能够很自然理解的模型。 最近实现一个扑克赢率计算的小工具，在6人情况下，5个对手，当给出公共牌时，如果采用枚举遍历计算， 需要循环： Binomial(45,2)*Binomial(43,2)*Binomial(41,2)*Binomial(39,2)*Binom
openMP入门指南
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OpenMP 入门指南 发表于 2016-03-20 |  更新于 2017-08-03 |  分类于 Technique |  |  2222 16简单的 OpenMP 快速入门指南。主要来源更新记录2016.03.20: 初稿简介这门课作为 ECE 中少有的跟计算机科学相关的课，自然是必上不可。不过无论是 OpenMP 还是 CUDA，对于平时极少接触并行编程的我来说，都是十分吃力的，第一次作...
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对于OpenMP的任务调度主要针对于并行的for循环，当每一次循环过程中的计算时间复杂度不一致的时候，简单的给每一个线程分配相同次数的迭代，会导致线程计算负载不均衡。不仅如此，对于实时计算的计算机，每一个核心的占用率是不一样的。针对该问题，OpenMP中给出多种线程调度的方式。 1. 基本使用 #include <stdio.h> #include <omp.h&gt...
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LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) 是一种用于分子动力学模拟的开源软件包，可用于模拟各种原子和分子系统的动力学行为。COLVARS (Collective Variables) 是 LAMMPS 中的一个插件，用于定义系统的集体变量并对其进行约束，以帮助研究系统的特定性质。 COLVARS 的主要功能是定义和计算系统的集体变量，这些变量是通过原子坐标或其他系统参数来描述的。通过将这些集体变量与力场相结合，COLVARS 可以在模拟过程中实时计算这些变量的值，并将其用于分析和约束。集体变量的定义和计算是灵活可调的，用户可以根据研究的问题选择适当的变量，并使用合适的算法进行计算。 COLVARS 可以用于多种研究方向，包括生物物理、材料科学和化学等。例如，在蛋白质模拟中，可以使用 COLVARS 定义和计算蛋白质的二级结构参数，如氢键数量和二面角。这些集体变量可以用来约束模拟中的结构，以研究蛋白质的稳定性和动力学。 COLVARS 不仅限于集体变量的计算，还可以用于定义约束和谐力场，以约束系统的某些属性，如距离、角度或二面角。这些约束可以用来模拟系统的热力学过程，如相变、溶解和反应等。 总之，LAMMPS 中的 COLVARS 插件提供了一种灵活而强大的工具，用于定义和计算系统的集体变量，并将其用于模拟和分析。通过 COLVARS 的使用，研究人员可以更好地理解和探索原子和分子系统的动力学行为，以及它们与系统性质之间的关联。

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