分子动力学LAMMPS仿真

freedom feng

已于 2023-06-24 21:06:32 修改

阅读量2.4k

点赞数 2

分类专栏：分子动力学仿真+本构文章标签：开发语言

于 2023-06-15 19:56:55 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_58588820/article/details/131234268

版权

分子动力学仿真+本构专栏收录该内容

1 篇文章 1 订阅

订阅专栏

文章介绍了如何运行LAMMPS进行分子动力学模拟，包括基础的命令行用法，如lmp_serial和lmp_mpi的运行，以及命令行选项如-infile和logfile。还讨论了多线程和多核运行的问题，特别是在Windows环境下使用MPI的注意事项和性能分析。

摘要由CSDN通过智能技术生成

分子动力学lammps的运行

首先lammps的运行（RunLAMMPS）

首先lammps的运行（RunLAMMPS）

		本章共分为了4个部分，主要介绍了在有分子动力学代码的前提下进行命令行
	的输入并运行代码。共有多核和单核，多线程和单线程。

1. 运行lammps的基础

1	lmp_serial -in in.file
2	lmp_serial < in.file
3	lmp -in in.file
4	lmp < in.file
5	/path/to/lammps/src/lmp_serial -i in.file
6	mpirun -np 4 lmp_mpi -in in.file
7	mpiexec -np 4 lmp -in in.file
8	mpirun -np 8 /path/to/lammps/src/lmp_mpi -in in.file
9	mpiexec -n 6 /usr/local/bin/lmp -in in.file
10	lmp -in in.txt -pk omp 4 -sf omp

		目前主要使用的是第3个和第10个，分别是单线程和多线程，
多核目前尚存在问题，欢迎大家帮助我解决多核运行的问题。

2. 命令行选项

1	mpirun -np 16 lmp_mpi -v f tmp.out -l my.log -sc none -i in.alloy
2	mpirun -np 16 lmp_mpi -var f tmp.out -log my.log -screen none -in in.allo
-echo 去弄清你的脚本中哪一行造成了输入错误。
-help 告诉你想要使用的命令是否在编译时通过，使用此选项，lammps将打印信息并立即退出。
-in file 确定哪一个文件是输入文件。
-log file 书写lammps运行的状态信息

3.屏幕和日志文件输出

Loop time of 0.942801 on 4 procs for 300 steps with 2004 atoms

Performance: 54.985 ns/day, 0.436 hours/ns, 318.201 timesteps/s, 637.674 katom-step/s
195.2% CPU use with 2 MPI tasks x 2 OpenMP threads

MPI task timing breakdown:
Section |  min time  |  avg time  |  max time  |%varavg| %total
---------------------------------------------------------------
Pair    | 0.61419    | 0.62872    | 0.64325    |   1.8 | 66.69
Bond    | 0.0028608  | 0.0028899  | 0.002919   |   0.1 |  0.31
Kspace  | 0.12652    | 0.14048    | 0.15444    |   3.7 | 14.90
Neigh   | 0.10242    | 0.10242    | 0.10242    |   0.0 | 10.86
Comm    | 0.026753   | 0.027593   | 0.028434   |   0.5 |  2.93
Output  | 0.00018341 | 0.00030942 | 0.00043542 |   0.0 |  0.03
Modify  | 0.039117   | 0.039348   | 0.039579   |   0.1 |  4.17
Other   |            | 0.001041   |            |       |  0.11

Nlocal:           1002 ave        1006 max         998 min
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1
Nghost:         8670.5 ave        8691 max        8650 min
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1
Neighs:         354010 ave      357257 max      350763 min
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1
Total # of neighbors = 708020
Ave neighs/atom = 353.30339
Ave special neighs/atom = 2.3403194
Neighbor list builds = 26
Dangerous builds = 0

	读取输入文件时，输出有关设置模拟所需的重要操作信息，模拟准备开始时，
	输出即将执行的运行信息，打印系统初始热力学状态的细节。
	在模拟运行过程中，打印热力学信息。在运行结束时，
	打印最终的热力学状态和模拟的总运行时间。

Looptime 全局循环时间概括。模拟运行的总时间。
Performance 帮助预测运行所需物理模拟的时间。
CPU 提供每个MPI任务的CPU利用率。
MPI task 给出了CPU运行时间的分解。
Pair 非粘结力计算。
Bond 成键相互作用：键，角度，二面体，不对称(impropers)。
Kspace 长程作用：PME, SPME和PPPM。
Neigh 临近相互作用构建
Comm 原子及其性质的内在通信。
Output 输出热力学信息和转储文件。
Modify 由约束引起的约束和计算。
Other 其余的时间
最少、平均、最大时间，最大值或最小值与平均值相差的百分比。此类别中花费的总循环时间的百分比。

4.Running LAMMPS on Windows

运行串行可执行文件
 开始运行cmd
 移动到存放输入脚本的目录
 输入lmp -in in.file回车
多线程并行化

lmp -in in.lj -pk omp 4 -sf omp

这个代码和上面运行lammps基础中第10条是一样的。
对于MPI可执行文件，需要下载并安装兼容的MPI库二进制包；安装后cmd（adm）运行smpd.exe –install,应该就可以使用了。

mpiexec.exe -np 4 lmp -in Ti_1511.txt -pk omp 4 -sf omp

将mpi多核和多线程一起使用。感觉没有单核4线程舒服。

引用自lammps官网，仅有部分内容经过本人尝试

MPI的安装

对MPI的安装过程，将该路径放入到环境变量中，可直接使用mpiexec进行求解，千万要看到最后，不然你会一直觉得自己的MPI没有安装。

mpiexec -localonly 4 lmp -in in.file
mpiexec -np 4 lmp -in in.file

在这里插入图片描述
可运行第二种。
两种使用多核的方法，第一种我是真的没办法了，计算机总是拒绝。第二种还好，需要等的时间较长。
对该mpi进行吐槽：
第二个可以计算，但是反应感觉就太慢了。它总是跳。
在这种模式下，输出可能不会立即显示在屏幕上，因此，如果输入脚本需要很长时间才能执行，则可能需要在输出显示之前<保持耐心>。需要保持耐心，我真的是服了。。。下一章开启，如何进行分子动力学分析，并针对使用，进行具体化分析。
补一下：提示环境变量 OMP_NUM_THREADS 未设置，因此系统将默认使用单线程模式执行程序。在环境变量中添加该变量并将变量值设置为线程数就可以使用MPI多核多线程。完成！