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RSS订阅原创 R极简教程-13：交互式网站Shiny框架
我最喜欢的R组件之一，彻底地改变了R语言的可视化格局。Shiny是RStudio公司开发的新包，有了它，可以用R语言轻松开发交互式web应用。
2017-06-26 20:18:19
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原创 R极简教程-12：交互式绘图
目前绘制R语言交互图的主要有rchart，Highchart和plotly，我个人只用过最后一个，感觉很好。本篇案例全部出自plotly官网。
2017-06-26 20:12:08
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原创 R极简教程-11：高级绘图函数
上一篇里我大概写了R语言的简单作图元素，这里我们开始使用一些稍微高级的绘图函数，这些函数主要用来做各种统计图，比如箱线图，条形图，散点图等等……这些图再几百年前就开始使用，至今依然是学术界最为流行的图。
2017-06-26 19:59:02
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原创 R极简教程-10：R语言绘图基础
R语言最强大的一点就是画图，那个无比强大的画图系统，再加上各种各样的神级R包，让我写R语言中最喜欢的一点就是写绘图代码。简单来说，R语言原生的绘图系统已经非常强大了，根本不需要其他东西的辅助，就可以绘制非常炫目的图片，需要的仅仅是耐心。另外R语言还有一系列的绘图辅助R包，比如著名的ggplot2，我经常用的plotly都是很好的工具。再近几年，R语言推出了Shiny框架，可以用R语言快速写成一个网页。
2017-06-26 17:34:23
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原创 R极简教程-9：描述性统计分析
描述性统计是最基础但同时也是最重要的数据分析之一，这一步做不好，之后的高端复杂模型根本不用考虑的——连数据统计分布都分析不对，之后的复杂模型肯定是错的。
2017-06-26 16:50:08
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原创 R极简教程-7：读取数据
读取数据往往是进行数据分析的第一步，数据读取的方式很多，就R语言而言，常见的有几种：Load已经存好的RData，读取文本文件，读取excel文件，读取数据库文件，抓取网络数据。
2017-06-26 16:41:14
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原创 R极简教程-6：基本语法
R语言的基本语法不复杂，远远不像Ruby那样一个东西有各种写法，所以学起来很快，写R语言最重要的一点就是，脑子里一定要有向量、矩阵、列表这样的概念。
2017-06-26 16:37:27
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原创 R极简教程-5：包
包可谓是R语言发展至今最重要的因素。包其实就是一个一个的函数脚本，安装了一个包以后，你就可以使用这个包里数据或者函数。R语言写起来很快，所以很多科学家再研究出新算法新工具之后，都会第一时间发布一个R版本的工具。所以R语言再科学界的地位很高。
2017-06-26 16:34:08
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原创 R极简教程-3：R及RStudio的安装
说到R语言的安装，再Windows平台上是很简单的。但是再Linux平台上简直就是一场噩梦……尤其是针对最新的R3.4等版本，每一次安装R能够在2小时内弄完，我就觉得是一个成功了。
2017-06-26 16:15:42
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原创 R极简教程-2：常用挖掘工具介绍
数据分析工具太多了：简而言之，我推荐R语言作为“分析语言”，Python可以作为“全能工具”语言，另外需要学习一门建站语言。除此以外，最好学会Markdown，git(svn)，linux bash. 此外，鉴于现在数据量越来越大，感觉最好学一学Scala和Spark集群。
2017-06-26 16:06:46
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原创 R极简教程-1：数据分析前景
数据分析之我见数据分析是一个久已有之的行当了，最早出现的地方，应该是可能是在几百年前的科学领域，绝大多数的科学，其实都是实验+数据的模式，实验自然就是各种试管仪器激光化学，但是实验最终会产出数据，科研的后半部分就是数据分析。这样的模式一直延续到的今天。
2017-06-26 16:03:49
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原创 Bitbucket创建新repository
想记录一下git命令操作，经常用的，但是也经常记不住。平时老板也不许自己用Github，所以后来开始使用bitbucket。bitbucket是一个可以私人使用的代码库，其他方面和Github很像。
2017-06-07 12:39:15
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原创 R语言按引用(reference)传递变量
稍微研究了一下R语言按引用传递的问题，写过其他程序的人都知道，很多语言传递函数都有两种传递方式，按值传递和按引用传递，按值传递的意思就是，传入的数据仅仅是数据的值，而不是内存地址。也就是类似于Copy了一份数据，然后到函数中进行运算。而按引用传递的意思就是，直接把数据的地址穿进去。表现就是，如果你在函数中修改了传入数据的值，按值传递方法原本的数据不会有变化，但是按引用传递的话，原数据就会发生变化。
2017-06-06 21:54:19
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原创 R语言按名称character自动执行一系列函数
想到一个很诡异的问题，R语言里能不能自动逐个调用函数？也就是说，假如我有一系列函数，能不能按名字调用它们，自动执行？类比于，你有系列叫做a，b，c…的函数，目前的调用方式是，a(), b(), c()… 有没有一种办法，可以自动化地执行一下这一系列函数？
2017-06-06 20:45:59
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原创 DNA Methylation中的Detect P value解析
继续研究IDAT文件的读取问题，目前遇到的问题的是如何提取detectP value. Detect P value是测序过后，每一个芯片上的数据的可信度，也就是说，芯片上有那么多CpG，有时候可能会因为人为的失误，导致有些数据出现错误，在那种时候，我们就需要先评测一下每一个CpG的可信度有多高，如果可信度太低，也就是说，这个位点很有可能出错了，我们就把这个位点直接删除，以免它影响了我们的分析。
2017-06-05 16:20:11
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原创 Vue.js使用Leaflet地图
Leaflet 是一个为建设移动设备友好的互动地图，而开发的现代的、开源的 JavaScript 库。它是由 Vladimir Agafonkin 带领一个专业贡献者团队开发，虽然代码仅有 33 KB，但它具有开发人员开发在线地图的大部分功能。
2017-06-04 17:24:07
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原创 高德地图VueAPI（vue-amap）学习记录
最近想测试一下地图插件，就先试了一下引用高德地图，鉴于我主要在学习Node.js和Vue.js，所以先找了一下高德地图的Vue插件，vue-amap，这个插件很不错的一点就是，有一个不错的文档。具体使用方法并不难。
2017-06-03 17:48:59
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原创 读取DNA甲基化IDAT文件
今天我想要给ChAMP写一个import程序，因为目前大部分DNA Methylation领域的研究软件都是给予minfi程序提供的读取IDAT文件的程序，但是最近minfi似乎崩溃了，整个研究领域都快挂了……所以最好还是有自己的一条“供应链”Manifest文件过滤。
2017-06-02 15:31:46
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原创 在Windows上部署PostgreSQL以及使用R语言连接操作
在Windowss上部署PostgreSQL之前的开发工作，都是在Linux上完成的，而且昨晚以后鉴于没有保留文档，搞得我后来也不知道怎么重新部署数据库了，现在必须要在Windows开发出一个可以使用的数据库了。
2017-03-15 21:28:38
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原创 用R语言快速生成Latex表格
Latex是我非常需（tao）要（yan）的一个工具，奈何写论文总是需要它，有时候我们需要生成一些表格，但是Latex的表格编辑工具真的是太难用了……尤其是当我们有很多表格需要从R语言中生成的时候。后来我有幸发现了神器xtableR包，有了它，可以非常快速地生成Latex格式的表格。
2017-03-06 22:59:24
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原创 零基础Vue入门学习记录（2）
零基础Vue入门学习记录（2）继续搞Vuejs的前端，在之前我已经在Windows系统上配置好了一个初始的vue-cli页面，目前我需要做的工作，就是开始写代码，学习增删页面，加入输入框按钮什么的。另外希望能尽快学会如何通过API取数据，感觉上，能学会这些东西，就能达到一项技术2/8原则里边那个8了。
2017-03-02 19:46:33
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原创 零基础Vue入门学习记录（1）
最近想要学会的东西有vue-router,和怎么增删vue页面。这个东西做出来，我才能做出网站的前端页面。如果可以，我还希望能学会使用vue提取数据。我目前的水平就是稍微懂一点点js，连曾经的神器jQuery都不熟悉，node.js也几乎不会，Vue也没太看，不过我觉得还是按自己的习惯走吧——在实践中学习。
2017-03-01 14:54:21
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原创 用R语言发送邮件(mailR包)
有时候用R语言跑一些程序运行的时间实在是太长了，也不知道什么时候会跑完，后来突然想到能不能在程序里加上一段，在程序运行结束以后，自动给自己的邮箱发一封邮件，后来查了一下，有些包可以做这个事情，好像经我测试只有这个能用。
2017-02-26 11:14:55
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原创 使用GEOquery下载GEO数据
最近需要下载一大批GEO上的数据，问题是我要下载的Methylation数据根本就没有sra文件，换言之不能使用Aspera之类的数据进行下载。但是后来我发现了GEOquery这个不错的R包，不知道是网络问题还是怎么，GEOquery有时候运行也不太稳定，但是总体来说，很好地解决了我的问题。首先假设我们想要下载的数据是GSE77445，这是一批DNA甲基化数据，我们可以在R语言中安装GEOquery
2017-02-26 11:01:12
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原创 快速配置vim
快速配置vim我自己有一个自己最常用的vim配置（其实也是以往从到处粘贴来的），我把它放在了我的Github上，鉴于自己经常需要折腾新系统，所以可以用比较快的一些办法来快速配置。假设我有一台新的ubunut系统，首先当然需要安装一个vim:sudo apt-get install vim另外需要安装一下git:sudo apt-get install git 然后用git把我的配置文件取下来：git
2017-02-22 16:36:43
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原创 vmware上Ubuntu虚拟机安装vmware-tools
安装vmware-tools首先花费了好一会儿在自己的虚拟机上安装 vmware-tools. 这简直就是一个大坑! 根本不像网络上写的那么简单。经过折腾以后成功了，感觉最大的问题就是open-vm-tools和open-vm-tools-desktop一定要安装上去，否则可能不能用，我的Ubuntu系统是16.04。vmware版本是12以上那个。
2017-02-22 16:17:55
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空空如也
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