R极简教程-5：包

R包介绍

包可谓是R语言发展至今最重要的因素。包其实就是一个一个的函数脚本，安装了一个包以后，你就可以使用这个包里数据或者函数。R语言写起来很快，所以很多科学家再研究出新算法新工具之后，都会第一时间发布一个R版本的工具。所以R语言再科学界的地位很高。

大部分R包的安装方法很简单，就是一行代码：

install.package("XXX")

就可以完成安装，对于一些复杂的生物学方面的包，需要再Bioconductor网站上寻找，然后用Bioconductor的命令去安装。

我写的ChAMP包，和即将发布的EpiCluster包都在Biocondcutor上。^_^

但是值得注意的是，再有些时候，R之间的以来关系很复杂，如果需要安装一些很大很复杂的R包，你需要安装一系列的依赖软件，才能确保你要安装的软件可以顺利运行。

另外，包的更新换代非常频繁，有时候你发现自己的包和别人的运行效果不一样，可能的原因是你们的版本不同。

此外，一些很特殊的包需要其他一些语言和工具的支持，比如RJava包需要Java支持，RPostgreSQL需要PostgreSQL数据库支持，RSpark需要Spark支持等等……面对那些问题，最好参看相关的文档，找到解决办法。不过，再大多数时候，install.packages()可以解决大部分问题

包的开发

如果你到一定水平，就可以开发自己的R包，就算你不到一定水平，也可以尝试修改别人的R包。比如说，有些包要求的R语言版本是3.4，但是你安装的是3.3，你就可以直接下载包的原始文件，修改一下它的版本号，然后直接安装使用。

这些深入细节的问题，你知道的越多，越有利于你平时的工作。R中的一些包确实不太稳定，因为不是所有科学家都是优秀的程序员。能够自己修改程序，可以让大部分工作都更便捷。

举例说明，pheatmap这个包，这是我很喜欢的一个R包，小巧实用，专门用来绘制热图（不是地图上红一块绿一块那种热力图啊！）。

首先上网站找到pheatmap包的页面：

其中，第一个红框是有关于这个包的说明文档，第二个是原始的安装包&#