读取DNA甲基化IDAT文件

今天我想要给ChAMP写一个import程序，因为目前大部分DNA Methylation领域的研究软件都是给予minfi程序提供的读取IDAT文件的程序，但是最近minfi似乎崩溃了，整个研究领域都快挂了……所以最好还是有自己的一条“供应链”

Manifest文件过滤

首先，甲基化分析需要对应的注释文件，主流是EPIC和450K的，我先分析450K的Manifest，首先原有的Manifest包含了从BeadChip到最终的文件的对应号，但是有一部分信息应该要提前过滤掉：一部分是开头的Header，另一部分是结尾的Control Probe

从illumina官网下载到对应的450K注释文件，打开是这样子的……（切记不要随便点开，你的电脑可能会挂掉）

如果把Header，Control Probe和SNP全部删掉，450K数据的行数正好就是：485512。这就是450K甲基化注释的所有Probe数量，每一个Probe对应一个CpG位点。不是说人体的全基因组上只有这写位点，而是说illumina公司决定只将这些位点涉及到芯片中完成测序。

值得注意的是，最后的Control Probe还是挺重要的，主要是用来评估测序质量，只是我目前没有太多的涉及那些领域，有时间我还是应该认真了解一下。

上图中有几列是很重要的：
AddressA_ID与AddressB_ID是对应的CpG ID和芯片数据位点。
后边的颜色是针对Type-I Probe的，监狱Type-I Probe是通过两种颜色测量出来的数据。
Infinium_Design_Type是用来指示Type-I和Type-II Probe的东西。
基本上就是需要上述的三列信息，将芯片的颜色数据，转换为可以分析的beta或者M数据。