从NCBI 下载SRA文件，导入到QIIME2 软件中（下）-清单文件建立，导入qiime2

本文主要内容

1. 从NCBI下载SRA文件，并转换fastq 文件
2. 导入QIIME2

导入fastq到QIIME2中

这是QIIME2 安装和 使用总结

一共有四种方式导入fastq到QIIME2

下面的内容参考
只有fasta文件，如何导入到qiime2

由于从SRA中提取的Fastq文件没有其他辅助文件，需要自行建立一个清单文件

可是我们的序列，只有fastq，其他信息一概不知道，也就没办法设置方向什么的了

这里再官网中发现了一种导入方式

unzip -q se-33.zip

qiime tools import \
  --type 'SampleData[SequencesWithQuality]' \
  --input-path se-33-manifest \
  --output-path single-end-demux.qza \
  --input-format SingleEndFastqManifestPhred33V2

其中se-33-manifest文件内容如下：

# single-end PHRED 33 fastq manifest file for forward reads
sample-id	absolute-filepath
sample.1	$PWD/se-33/sample1.fastq.gz
sample2	$PWD/se-33/sample2_S1_L001_R1_001.fastq.gz

参考这个思路

制作一个sample-meta.tsv
内容如下：以tab 分割

# single-end PHRED 33 fastq manifest file for forward reads
sample-id	absolute-filepath
sample.1	$PWD/SRR11192680.fastq

运行下面的代码，导入到qiime2中

qiime tools import
--type 'SampleData[SequencesWithQuality]'
--input-path sample-meta.tsv
--output-path single-end-demux.qza
--input-format SingleEndFastqManifestPhred33V2

这里显示我们的fastq文件通过metadata导入成功

希望进一步，可视化一下，先生成qzv文件，再上传到https://view.qiime2.org/visualization/ 显示出来

qiime demux summarize \
  --i-data single-end-demux.qza \
  --o-visualization demux-summary-1.qzv

基本信息都能显示出来，说明fastq文件成功导入到QIIME2 软件了，其他的工作流程可以跟着官网介绍来了

tips：在linux中运行可视化qzv文件命令时，报错，因此目前只能先下载qzv文件，然后上传到网站进行显示。