启动QIIME2运行环境
conda activate qiime2-2019.4
###新建并定位设置到存在fq数据的文件夹
mkdir qiime2-importing-tutorial ##建立新的文件夹
cd */*/qiime2-importing-tutorial
将fq数据转换成qza数据
1.清单文件的建立
由于我们拿到的数据多为FASTQ数据即fq格式。如果你不是EMP或CASAVA格式的数据,则需要先创建一个“清单文件”,然后使用导入命令qiime工具导入命令,手动将数据导入到qiime 2。
我们大都不是,所以必须建立清单来促进数据的导入。
清单文件是逗号分隔(即.csv)的文本文件。每行的第一个字段是qiime应该使用的样本名sample-id (注意:必须加-,不然报错,这是双端33格式的要求),第二个字段是绝对文件路径absolute-filepath(注意:必须加-,不然报错,这是双端33格式的要求),第三个字段是读取方向direction。以#开头的行和空行将被忽略。sample-id里是你自己的样品名,absolute-filepath里$PWD是目前绝对路径,后面加上你的样品名(双端的话,会有1,2两组数据,记住要在压缩状态,即*.fq.gz)。direction主要包括:forward和reverse,*_1.fq.gz为forward。
2.代码运行
在这之前,先讲一下,数据存放问题。fq数据在qiime2-importing-tutorial 下,同时新建文件夹SampleData,将清单文件放入。
mkdir SampleData
上传清单文件
运行代码
qiime tools import \
--type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' \
--input-path SampleData/manifest.csv \
--output-path paired-end-demux.qza \
--input-format PairedEndFastqManifestPhred33
fq数据转换成qza数据,大功告成。