从NCBI 下载SRA文件，导入到QIIME2 软件中 之完整流程

相关工具安装

1. 安装sratoolkit - 参考安装SRA下载小工具
2. 安装qiime2-参考qiime2使用总结-下载安装

测序文件为双端

1. 配置环境变量

export PATH=$PATH:$PWD/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64/bin

注：$PWD 是当前路径的意思
如果下面的命令能打开对应路径，说明路径设置正确
cd $PWD/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64/bin

2. 下载并拆分SRA文件

fastq-dump --split-e SRR11192680

拆分结果

3. 建立清单文件 sample.txt (tab 分割)
   文件内容如下：

sample-id   forward-absolute-filepath   reverse-absolute-filepath
A1  $PWD/SRR11192680_1.fastq   $PWD/SRR11192680_2.fastq

4. 激活qiime2 环境

source activate qiime2-2020.11

5. 将fastq序列导入qiime2

qiime tools import \
--type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' \
--input-path sample.txt \
--output-path paired-demux.qza \
--input-format PairedEndFastqManifestPhred33V2

6. 可视化

qiime demux summarize \
  --m-input-file paired-demux.qza \
  --o-visualization paired-demux.qzv

代码汇总

export PATH=$PATH:$PWD/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64/bin

fastq-dump --split-e SRR11192680

# 根据前面的结果建立清单文件 sample.txt

source activate qiime2-2020.11

qiime tools import \
--type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' \
--input-path sample.txt \
--output-path paired-demux.qza \
--input-format PairedEndFastqManifestPhred33V2

qiime demux summarize \
  --m-input-file paired-demux.qza \
  --o-visualization paired-demux.qzv

测序文件为单端

1. 同上 export PATH=$PATH:$PWD/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64/bin
2. 同上 fastq-dump --split-e SRR13449859
   如果第二步拆分出来只有一个序列，说明是单端序列
3. 建立清单文件sample.txt

sample-id	absolute-filepath
sample.1	$PWD/SRR13449859.fastq

4. 同上 source activate qiime2-2020.11
5. 导入单端序列到qiime2

qiime tools import \
--type 'SampleData[SequencesWithQuality]' \
--input-path sample.txt \
--output-path single-end-demux.qza \
--input-format SingleEndFastqManifestPhred33V2

单双端序列导入qiime2 主要是下面两个参数发生了变化
–type ‘SampleData[SequencesWithQuality]’
–input-format SingleEndFastqManifestPhred33V2

6. 同上

qiime demux summarize \
--i-data single-end-demux.qza \
--o-visualization single-end-demux.qzv

代码汇总

export PATH=$PATH:$PWD/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64/bin

fastq-dump --split-e SRR13449859

# 根据前面的结果建立清单文件 sample.txt

source activate qiime2-2020.11

qiime tools import \
--type 'SampleData[SequencesWithQuality]' \
--input-path sample.txt \
--output-path single-end-demux.qza \
--input-format SingleEndFastqManifestPhred33V2

qiime demux summarize \
--i-data single-end-demux.qza \
--o-visualization single-end-demux.qzv