从NCBI 下载SRA文件，导入到QIIME2 软件中 之 fastq文件单双端的问题

最新推荐文章于 2024-07-06 13:19:36 发布
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分类专栏： 计算生物 学习笔记
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转换为fastq，默认是分割成三个子文件，这里不需要分割，用下面代码

fastq-dump SRR000001 --split-spot --skip-technical

可以不用prefetch先下载，直接根据accession 拿到fastq

fastq-dump --split-files SRR390728

根据单双端拆分
在这里插入图片描述

fastq-dump --split-e SRR11192680

在这里插入图片描述

红色方框里面是得到的是拆分后的双端序列，一个是向前，一个是反向

Julse
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提高SraToolKit批量下载速度的方法
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关于fastq-dump的参数设置
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前面已经安装好了需要的软件，那么我们现在需要下载我们练习需要用到的sra数据。可以用ascp快速的来下载 sra 文件，也可以用wget或curl等传统命令从 FTP 服务器上下载 sra 文件。下载完之后可以检查一下数据大小，这里数据大小是没问题的，如果遇到大部分数据是1-3G，有个别数据是200多M的，那就要检查一下是不是下载不完整。挂服务器后台下载，因为没有用上ascp，所以这里是通过HTTPS方式下载的，下载速度很慢，就晚上放着第二天早上下完就行。写于2023年11月20日。
fastq-dump显示报错unrecognized option: ‘--split-3‘
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fastq-dump显示报错unrecognized option: '--split-3'
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FASTQ文件格式和命名高通量测序之后用于下游分析的数据一般存储在FASTQ文件中。为了节省空间，又不影响下游使用，也一般用gzip压缩的格式。单端测序每个文库只返回一个FASTQ文件，双端测序两个FASTQ文件，左端一般命名为_1或R1，右端命名为_2或R2。假如样品名字为ehbio，双端测序三个重复。习惯命名为ehbio_1_1.fq.gz ehbio_1_2.fq.gz, ehbio_2_...
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