转录组分析 - 使用 sratoolkit docker镜像 - 目录挂载 - docker中的路径和linux中的路径

下载比较费时，可以挂后台运行
参考这篇文章 docker容器之后台运行 https://www.cnblogs.com/davis12/p/14456227.html

docker run -itd --name my-redis2 redis bash
# -i 不是必需，加了，容器起来后终端返回容器ID

下载 sratoolkit docker镜像

镜像地址，命令描述
https://hub.docker.com/r/pegi3s/sratoolkit/

下载命令

docker pull pegi3s/sratoolkit

使用fastq-dump

docker run --rm -v /your/data/dir:/data pegi3s/sratoolkit fastq-dump SRR6175516 --outdir /data

# 参数解释
--rm 如果这个目录在镜像中已经存在，则删除
-v Docker容器启动的时候，如果要挂载宿主机的一个目录，可以用这个参数指定
	-v /your/data/dir:/data 表示 linux中路径/your/data/dir 就是docker中 /data 文件夹
	/your/data/dir  最好是用绝对路径，用相对路径的话，事实上并不指向当前路径下面的相对路径，而是指向与docker安装位置相关的相对路径

测试：

docker run --rm -v /home/uername/SeqAna/project/ASD/callosum/mydata:/data pegi3s/sratoolkit fastq-dump SRR11192680 --outdir /data h

使用 prefetch 命令，根据id列表下载sra文件

cat SRR_Acc_List.txt | while read id; do (prefetch  ${id} -O /data/sras/);done

挂载后台运行
cat SRR_Acc_List.txt | while read id; do (prefetch  ${id} -O /data/sras/ &);done