qsub使用简介

qsub使用简介（小白学习篇）

参考：

CC敲代码的日常：https://mp.weixin.qq.com/s/UoJE5vBnrzPNomLeIvJIeQ
生信骚操作：https://mp.weixin.qq.com/s/gO–Yv9ZakXGaCCqMksUVA
基本上qsub使用你看上面两个就好了，这里是小白式学习记录（纯电脑小白那种）。

前言：

首先我是一个什么都不会的qsub小白，本文所有的测试命令都是从0开始学习，希望你能在看完本篇qsub使用命令简介后也能学会他，也希望qsub老手们能提出更好的建议！”
在学校服务器里或者外面租的服务器里面总是要使用到qsub来提交任务，一般是老师、师兄师姐或者同事告诉你不要直接在服务器终端跑大型命令，也不要在根目录下或者主目录下跑命令。他们告诉你要用qsub或者nohup（nohup 也是一种挂在后台的方法，但是和qsub有所不同）。这时候去百度qsub的时候发现一头雾水，什么SGE集群，一堆没详细中文解释的参数（反正我是看不懂，反而觉得他们写的太简洁了）。就是一个提交命令而已，反而弄的很复杂，我们就从头开始学习吧！

正式开始：

1. 终端输入qsub
   
   什么都没有，ctrl + C 终止后提示你读不到脚本，标准输入里面没东西。
2. 写一个测试脚本，跑跑看

# qsub-learn.sh
echo "hello world"
# test
qsub qsub-learn.sh

提示任务上交了，但是等了半天没反应啊？终端也没有hello world输出。
这时候可以用qstat来看命令运行情况，但由于代码太过简单，自然你还没看到就跑完了。

原因是qsub的默认输出环境为 主目录，去主目录看看。

# 去主目录
cd ~
# 按时间顺序排序来看
ll -t

没错，你发现有两个文件在主目录产生了（这是一个不好的习惯，主目录应该保持干净）
聪明的你肯定已经猜到了，没错，我的“hello world”到qsub-learn.sh.o248593这个文件里面了

那这个file.e248593是什么？
你可以用man qsub 来看到这个文件代表什么（如果你英语强的话你直接看这个就好啦）

man qsub

就是 任务的标准错误流， 如果报错了报错信息就会出现在这里面。
同理，file.o123456 代表任务的标准输出流。

3. 再写一个脚本测试

# test.sh
echo "test right here" > qsub_rlt.txt
# 修改 qsub-learn.sh
echo "hello world"
bash test.sh
# 运行命令
qsub qsub-learn.sh

发现主目录又产生了两个文件

打开看看

错误信息有了，一个看不懂的错误。
输出内容怎么还多了1个0？ 而且 qsub_rlt.txt 没有？
一一来解释：
错误信息是因为test.sh 是一个命令，对，奇怪是吧。但是就是有。你可以用which看到确实有一个这个文件。
输出信息有0是因为第二行的bash test.sh 失败了，返回了一个0。
那我修改一下test.sh的名字

# mytest.sh
echo "test right here" > qsub_rlt.txt
# 修改 qsub-learn.sh
echo "hello world"
bash mytest.sh
# 运行命令
qsub qsub-learn.sh

主目录两个文件

没找到文件？mytest.sh 明明就在我的提交目录里面啊，下面标准输出倒是对的。
好吧，我就不说那么多废话了，我打字打的都累了，现在开始直接一点好吧，我又不是在写书（手动滑稽）。

原因：说了默认主目录，主目录里面没有.sh你说找的到吗？
解决：-cwd
1. 当前目录下执行 -cwd

qsub -cwd qsub-learn.sh

有的qsub没有-cwd这个参数，输入后会显示：

目前我不知道问题所在，可能是版本原因还是其他原因。
我在不同服务器使用qsub，使用方式不一样。
比如这里我们去看 man qsub 说明书，发现定义工作目录的命令-d ：
这里定义工作路径，如果没有定义的话，就默认为主目录。

qsub -d ./ qsub-learn.sh

成功了！

使用-cwd或者-d ./ 这样我们就不用每次输入麻烦的绝对路径了。

下面我们再来加上一点点细节

cat qsub-learn.sh
#! /usr/bin/bash -e
echo "hello world"
bash mytest.sh
bash youli.sh
echo "yes"

qsub -d ./ -q fat -N kirito -l nodes=1:ppn=4 -V -j oe qsub-learn.sh

这里注意我们将上传的.sh文件添加了首行，-e参数代表如果命令在执行过程中有一个出错了，就停止，这里我们没有youli.sh，所以不会输出yes到标准流。
-q：指定投递队列
-N： 指定作业任务的名称
-l： 一些任务的指定参数
-V ：将用户提交节点的环境变量导到计算节点上，一般都加上
-j：将错误流和输出流合并在一个文件

嫌麻烦，直接写在文件里面（-d换成-cwd同理）

cat qsub-learn.sh
#! /usr/bin/bash -e
#PBS -N learn
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -j oe
#PBS -V
#PBS -d ./
#PBS -q fat
#
echo "hello world"
bash mytest.sh
bash youli.sh
echo "yes"

详细用法请直接 man qsub 学习（不过都是英文）
生信的基本用法参考我这些应该没太大问题了。（反正我是这样用的）

后续会陆续更新新用法。
最后转载一下常用命令：
批量提交pbs文件也可以看这个推文，写的真好：

命令 功能 使用说明 示例
qsub | 提交作业 | qsub [script] | $ qsub job.pbs
qdel | 删除作业 | qdel [job_id] | $ qdel 12345
qhold | 挂起作业 | qhold [job_id] | $ qhold 12345
qrls | 释放作业 | qrls [job_id] | $ qrls 12345

qstat -q 列出所有队列
qstat -a 列出所有作业
qstat -u user_id 列出user_id的所有作业
qstat -r 列出所有正在运行的作业
qstat -f job_id 列出作业job_id的信息
qstat -fQ queue 列出队列queue的信息
qstat -B 列出所有作业状态的汇总
pbsnodes 列出所有节点的详细信息
pestat 列出所有节点的状态