【如何使用UMLS关系】UMLS的关系最全讲解

啊我有兔子牙

已于 2024-10-14 12:42:17 修改

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分类专栏：医疗AI学习知识图谱大模型评估体系文章标签： php 开发语言

于 2024-10-03 23:14:41 首次发布

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1.综合介绍

2.使用案例

"ui": "R162928707",关系id

"groupId": "0",通常是用于对特定的一组关系或实体进行分组的标识符。

"attributeCount": 0,表示特定实体或关系所具有的属性数量。

"classType"，例如: ConceptRelation, AtomClusterRelation, AtomRelation

"relationLabel"，例如："PAR"

"additionalRelationLabel"，例如: "inverse_isa",（ relation attribute ），对关系的补充说明标签，这里是54中语义关系展示的语义树

"relatedIdName": 是关系的目标端概念名称

3.参考资料

1.综合介绍

NLM于1986年开始了UMLS(Unified Medical Language Systems：一体化医学语言系统)的研究与应用，其目的是实现跨语言和跨数据库的情报检索。UMLS由四部分组成：超级叙词表、语义网络、情报源图谱和专家词典。超级叙词表是UMLS的核心部分，它收录了生物医学领域60多种词表和分类表中的语词，对于这些来源各异的语词，超级叙词表保留了它们在原来叙词表中的意义、关系等，并以概念为中心对超级叙词表进行组织。

对于同一概念的不同术语以及不同的变异形式，超级叙词表采用三级结构模式，即概念(Ⅰ级)?术语(Ⅱ级)?词串?(Ⅲ级)，将一个概念的多种不同术语连同多个变异词串有序地组织在一起。

【对应： "classType"，例如: ConceptRelation, AtomClusterRelation, AtomRelation】

并且，超级叙词表中还定义了11种概念间的关系来识别不同概念之间的联系。如广域关系(RB)、狭域关系(RN)、其他关系(RO)、相似关系(RL)、来源中的同义关系(SY)、非特异性的来源相关关系(RQ)、上位关系(PAR)、下位关系(CHD)、同位关系(SIB)、允许限制关系(AQ)和受限关系(QB)。

UMLS的语义是由语义类型和语义关系两部分组成。2003AA版的语义网络设置了135种语义类型，为超级叙词表中的每一个概念分配最为专指的语义类型，并设置了54种语义关系来表达这135种语义类型之间的关系。这些语义关系除了最基本的等级关系【is_a】外，还有空间关系、物理相关关系、功能相关关系、时间相关关系和概念相关关系共六大类。

UMLS已被广泛应用于信息系统的智能化检索、自然语言系统研究、专业词表的编制、自动标引、医学专业搜索引擎的开发、医学图像的描述及获取、课程分析等方面。但是，对语义的应用开发还不充分，UMLS语义将需要进一步开发和利用。

美国国家医学图书馆(The National Library of Medicine,NLM)研制的医学文献分析与检索系统(MEDLARS)是目前世界上最大的医学文献检索系统。系统初期是利用叙词表揭示语义关系，但是对概念间关系揭示并不充分。

(一) Conceptual Entity(概念性实体)

Conceptual Entity(概念性实体)

Idea or Concept(想法或概念)

Functional Concept(功能性概念)

Body System(身体系统)

Temporal Concept(时间概念)

Qualitative Concept(定性概念)

Quantitative Concept(定量概念)

Spatial Concept(空间概念)

Molecular Sequence(分子序列)

Amino Acid Sequence(氨基酸序列)

Carbohydrate Sequence(碳水化合物序列)

Nucleotide Sequence(核酸序列)

Body Location or Region(身体部位或区域)

Body Space or Junction(身体间隙或连接)

Geographic Area(地理区域)

Organism Attribute(有机系统属性)

Findings(发现)

Laboratory or Test Results(实验室或检验结果)

Sign or Symptom(体征或症状)

Intellectual Product(智能产品)

Classification(分类)

Regulation or Law(法规或法律)

Language(语言)

Occupation or Discipline(职业或专业)

Biomedical Occupation or Discipline(生物医学职业或专业)

Organization(组织结构)

Health Care Related Organization(保健相关团体)

Professional Society(职业团体)

Self Help or Relief Organization(自助组织)

Group Attribute(组团属性)

Group(组)

Age Group(年龄组)

Family Group(家庭组)

Professional or Occupational Group(职业组)

Population Group(人群组)

Patient or Disabled Group(病残组)

(二) Semantic Type – Event（语义类型-事件）

Phenomenon or Process(现象与过程)

Human-caused Phenomenon or Process(人为现象与过程)

Environmental Effects of Humans(人类环境影响)

Injury or Poisoning(损伤或中毒)

Natural Phenomenon or Process(自然现象或过程)

Biological Function(生物学功能)

Physiologic Function(生理功能)

Cell Function(细胞功能)

Molecular Function(分子功能)

Genetic Function(遗传功能)

Organ or Tissue Function(器官或组织功能)

Organism Function(有机体功能)

Mental Function(意识功能)

Pathologic Function(病理功能)

Cell or Molecular Dysfunction(细胞或分子功能紊乱)

Experimental Model of Disease(疾病的实验模型)

Disease or Syndrome(疾病与症状)

Mental or Behavior Dysfunction(意识或行为紊乱)

Activity(活动)

Behavior(行为)

Social Behavior(社会行为)

Individual Behavior(个人行为)

Daily or Recreational Activity(日常或娱乐活动)

Occupational Activity(职业活动)

Educational Activity(教育活动)

Government or Regulatory Activity(政府或管理活动)

Health Care Activity(保健活动)

Laboratory Procedure(实验室步骤)

Diagnostic Procedure(诊断步骤)

Preventative or Therapeutic Procedure(预防和治疗步骤)

Research Activity(研究活动)

Molecular Biology Research Technique(分子生物学研究技术)

Machine Activity(机器活动)

（三）Physical Object(物理对象)

Physical Object(物理对象)

(1)Anatomic Structure(解剖学结构)

Anatomic Abnormality(解剖学异常)

Acquired Abnormality(获得性异常)

Congenital Abnormality(先天性异常)

Embryonic Structure(胚胎结构)

Fully Formed Anatomic Structure(充分发育解剖学结构)

Body Part, Organ, or Organ Component (身体部分,器官,或器官成分)

Cell(细胞)

Cell Component(细胞成分)

Tissue(组织)

Gene or Genome(基因或基因组)

(2)Manufactured Object(人工对象)

Medical Device(医学设备)

Research Device(研究设备)

(3)Organism(有机体)

Animal(动物)

Invertebrate(非脊椎动物)

Vertebrate(脊椎动物)

Amphibian（两栖动物）

Reptile（爬行动物）

Bird(鸟)

Fish(鱼)

Mammal(哺乳动物)

Human(人类)

Bacterium(细菌)

Fungus(霉菌类)

Plant(植物)

Alga(藻类)

Virus(病毒)

Rickettsia or Chlamydia(立克次体或衣原体)

(4)Substance(物质)

Body Substance(体物质)

Food(食物)

Chemical(化学物质)

Chemical Viewed Functionally(功能分类化学物质)

Biologically Active Substance(生物活性物质)

Neuroreactive Substance or Biogenic Amine(神经反应物质或生物胺)

Hormone(激素)

Enzyme(酶)

Vitamin(维生素)

Prostaglandin(前列腺素)

Immunologic Factors(免疫因子)

Biomedical or Dental Material(生物医学或牙科物质)

Pharmacologic Substance（药理性物质）

Indicator or Reagent（指示剂或反应剂）

Hazardous or Poisonous Substance(有害性或毒性物质)

Chemical Viewed Structurally(结构分类化学物质)

Inorganic Chemical(无机化学物质)

Element or Ion(元素或离子)

Isotope（同位素）

Inorganic Compound（无机化合物）

Organic Chemical(有机化学物质)

Alkaloid（生物硷）

Amino Acid, Peptide or Protein（氨基酸，多肽或蛋白质）

Carbohydrate（碳水化合物）

Eicosanoid（二十（烷）类）

Lactam（内酰胺）

Lipid(脂类)

Nucleic Acid, Nucleotide or Nucleoside（核酸，核苷酸或核苷）

Steroid（类固醇）

Organophosphorus Compound（有机磷化合物）

(四)Semantic Relations Branch(语义关系树)

语义关系（54种）

1)ISA(是一个)

2)与…有关(Associated with)

(1)物理有关(Physically related to)

与…连接(connected to)

由…组成(consists of)

包含(contains)

相互连接(interconnects)

是…一部分(part of)

(2)空间相关(Spatially related to)

横断关系(traverses)

比邻于(adjacent to)

位于(location of)

包围(surrounds)

(3)功能相关(Functionally related to)

影响(Affects)

管理(manages)

处理(treats)

使…紊乱(disrupts)

使复杂(complicates)

与…相互作用(interacts with)

预防(prevents)

导致(Brings about)

产生(Produces)

引起(Causes)

执行(Performs)

实行(carries out)

显示(exhibits)

实现(practices)

发生于(Occurs in)

是…过程(process of)

应用(Uses)

是…的表现(Manifestation of)

提示(Indicates)

是…结果(Result of)

(4)时间相关(Temporally related to)

与…同时发生(co-occurs with)

在…之先(precedes)

(5)概念相关性(Conceptually related to)

估计…的影响(assesses affect of)

是…的概念性部分(conceptual part of)

……的价值为(evaluation of)

……的程度为(degree of)

……的测值为(measurement of)

测量(measures)

诊断(diagnoses)

……特性为(property of)

……的派生物(derivative of)

……的发育形式(developmental form of)

……的方法为(method of)

造成(issue in)

2.使用案例

当我们通过api查询关系后，常见的几个访问字段如下，搞清楚这些字段的意义对后续使用十分重要，给出一个案例如下：

GET

/content/{version}/CUI/{CUI}/relations

Retrieves NLM-asserted relationships for a known CUI

{
  "result": [
    {
      "ui": "R162928707",
      "groupId": "0",
      "attributeCount": 0,
      "classType": "AtomClusterRelation",
      "relatedFromIdName": "Closed fracture of carpal bone",
      "relationLabel": "PAR",
      "additionalRelationLabel": "inverse_isa",
      "relatedIdName": "Closed fracture of left wrist"
    },
    {
      "ui": "R162926601",
      "groupId": "0",
      "attributeCount": 0,
      "classType": "AtomClusterRelation",
      "relatedFromIdName": "Closed fracture of carpal bone",
      "relationLabel": "PAR",
      "additionalRelationLabel": "inverse_isa",
      "relatedIdName": "Closed fracture of right wrist"
    },
    {
      "ui": "R143885131",
      "groupId": "NONE",
      "attributeCount": 6,
      "classType": "AtomClusterRelation",
      "relatedFromIdName": "Closed fractures of carpal bones",
      "relationLabel": "RO",
      "additionalRelationLabel": "member_of",
      "relatedIdName": "Osteoporosis/osteopenia (SMQ)"（骨质疏松症/骨质减少(SMQ)）
    },
    {
      "ui": "R143946612",
      "groupId": "NONE",
      "attributeCount": 6,
      "classType": "AtomClusterRelation",
      "relatedFromIdName": "Fracturas cerradas de huesos del carpo",（闭合性腕骨骨折）
      "relationLabel": "RO",
      "additionalRelationLabel": "member_of",
      "relatedIdName": "Osteoporosis/osteopenia (SMQ)"
    } ...
  ]
}