生物学研究必备！FASTA（Fast-All）在云峦操作系统配置指南

目录

1 概述

2 安装环境

2.1 操作系统环境

2.2 工具版本

3 安装与测试

3.1 安装FASTA

3.2 使用测试

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1 概述

浪潮信息KOS是浪潮信息基于Linux Kernel、OpenAnolis等开源技术自主研发的一款服务器操作系统，支持x86、ARM等主流架构处理器，性能和稳定性居于行业领先地位，具备成熟的 CentOS 迁移和替换能力，可满足云计算、大数据、分布式存储、人工智能、边缘计算等应用场景需求。详细介绍见官网链接https://zh.ieisystem.com/product/kos/9453.html。

FASTA（Fast-All）是一套用于比对生物学序列的软件工具，最初由 William R. Pearson 和 David J. Lipman 在 1988 年首次发布。FASTA 旨在快速搜索序列数据库以寻找与给定查询序列相似的序列。FASTA 的核心原理是通过计算序列之间的局部相似性来找到匹配。它使用散列和滑动窗口技术来识别相似的、非连续的子序列。FASTA 被广泛应用于生物信息学领域，用于比对蛋白质序列和核酸序列。基本用法涉及提供一个查询序列，然后搜索一个或多个目标数据库，找到相似的序列。提供了多种参数和算法选项，允许用户根据实际需求进行调整。其输出通常包含相似性得分、匹配的位置以及其他统计信息。详细介绍见官网链接https://fasta.bioch.virginia.edu/。

2 安装环境

2.1 操作系统环境

版本信息：KeyarchOS 5.9

硬件平台：X86_64

2.2 工具版本

FASTA-36.3.8i

https://fasta.bioch.virginia.edu/wrpearson/fasta/fasta36/

3 安装与测试

3.1 安装FASTA

在https://fasta.bioch.virginia.edu/wrpearson/fasta/fasta36/

找到所需版本，下载安装包

上传到服务器并解压

进入src文件夹

开始编译 make -f ../make/Makefile.linux_sse2 all

编译完成后进入../fasta-36.3.8i/bin文件夹后可以看到fasta36

将其添加到PATH中 export PATH=$PATH:/root/test/fasta-36.3.8i/bin

3.2 使用测试

查看fasta版本 fasta36 -v

使用seq中的测试文件进行验证fasta是否能够正常使用

在../fasta-36.3.8i路径下执行fasta36 ./seq/bovgh.seq ./seq/testdb.fa

这将使用 bovgh.seq 文件作为查询序列，testdb.fa 文件作为数据库序列进行比对

根据输出，程序成功读取了 bovgh.seq 查询序列文件。

执行fasta36 ./seq/bovgh.seq ./seq/bovprl.seq

这将使用 bovgh.seq 文件作为查询序列，bovprl.seq 文件作为数据库序列进行比对

比对结果显示了相似区域，包括最佳得分、Z-score、比特分数等信息，以及相似性比对的可视化