linux系统fasta程序,Linux生信练习2--fastq/fasta

原始数据准备

#迅雷下载

#https://github.com/BenLangmead/bowtie2/releases/download/v2.4.1/bowtie2-2.4.1-linux-x86_64.zip

cp ./Desktop/bowtie2-2.4.1-linux-x86_64.zip ./biosoft/bowtie2

cd ./biosoft/bowtie2

unzip bowtie2-2.4.1-linux-x86_64.zip

cd ~/biosoft/bowtie2/bowtie2-2.4.1-linux-x86_64/example/reads

ls

Q1

统计reads_1.fq 文件中共有多少条序列信息

grep -c "^@r" reads_1.fq

Q2

输出所有的reads_1.fq文件中的标识符(即以@开头的那一行)

grep "^@r" reads_1.fq | more

Q3

输出reads_1.fq文件中的 所有序列信息(即每个序列的第二行)

awk 'NR%4==2' reads_1.fq #取行数/4的余数为2的行

#或者

sed -n '2~4p' reads_1.fq #第2列开始，每四行取一列

#或者

cat reads_1.fq | paste - - - - | cut -f 2 | less -SN

Q4

输出以‘+’及其后面的描述信息(即每个序列的第三行)

sed -n '3~4p' reads_1.fq | less -SN

#其它方法同上

Q5</