q-chem 在KeyarchOS操作系统下安装说明

目录

1 概述

2 安装环境

2.1 操作系统环境

2.2 工具版本

3 安装与测试

3.1 获取q-chem

3.2 安装q-chem

3.3 测试q-chem

---

1 概述

浪潮信息KOS是浪潮信息基于Linux Kernel、OpenAnolis等开源技术自主研发的一款服务器操作系统，支持x86、ARM等主流架构处理器，性能和稳定性居于行业领先地位，具备成熟的 CentOS 迁移和替换能力，可满足云计算、大数据、分布式存储、人工智能、边缘计算等应用场景需求。详细介绍见官网链接https://www.ieisystem.com/kos/product-kos-xq.thtml?id=12126。

Q-Chem软件是一款功能齐全的高精度量子化学计算专业工具，全面支持HF/DFT以及各种post–HF计算方法，在理论化学、材料科学、生物化学等相关领域的研究和生产中发挥了极大作用。可以研究分子能量和结构、化学反应、分子振动、红外以及拉曼光谱、NMR谱等，还可实现对生物大分子的QM/MM 计算。详细介绍见官方链接https://q-chem.com/try/

2 安装环境

2.1 操作系统环境

版本信息：KeyarchOS 5.8

硬件平台：X86_64

2.2 工具版本

q-chem Version 6.1.1

https://q-chem.com/try/

3 安装与测试

3.1 获取q-chem

Q-Chem程序是收费程序，可以在官网上获取试用版本，试用期为两个月

官方地址：https://q-chem.com/try/

填写相关信息点击Submit

下载和安装说明会在一到两个工作日内发送至邮箱

邮件内容如下

内容包含订单号及安装说明

主题末尾的STSD为订单号，安装时需要用到

3.2 安装q-chem

在终端输入命令 wget -N https://downloads.q-chem.com/qcinstall.sh

下载q-chem安装文件

授予可执行权限并执行该文件

chmod +x qcinstall.sh

./qcinstall.sh

输入Q-Chem安装的目标目录。此示例使用/home/qchem/,选择一个尚不存在但当前用户可写的位置

输入1选择Linux 64位共享内存版本

参数说明：

1.Linux 64位共享内存版本 选择此选项以安装Q-Chem，该Q-Chem在具有共享内存并行性的单一节点上运行。

2.Linux 64位集群版本(需要MPICH3) 选择此选项以安装Q-Chem，该Q-Chem在单个节点上使用共享内存并行，并且可以使用MPICH3跨多个节点运行。请注意，并非所有的Q-Chem特性都支持MPI。系统上必须有MPICH3库或英特尔MPI。

输入scratch目录位置

暂存（scratch）目录是文件系统上的一个位置，Q-Chem将在此存储计算过程中生成的临时文件。Q-Chem写入磁盘的临时数据量通常很大，因此要相应地选择这个位置。建议使用固态硬盘等快速磁盘驱动器进行暂存

输入n进入下一步

内存限制：总内存容量的50%-80%

许可证协议，输入y

输入y

输入订单号，邮件主题末尾

输入邮箱地址

确认信息后输入y进入下一步

输入1选择密钥的类型

参数说明：Q-Chem提供了两种许可选择:作为特定计算节点密钥发放的节点锁定许可证，以及使用专用许可服务器提供的许可证。请选择:

1. 节点锁定许可 这种选择适合大多数工作站和小型集群。每个节点都需要一个单独的许可证密钥(这些密钥可以组合在一个文件中)。颁发许可证密钥需要来自每个节点的硬件信息(hostid)。

2. FlexNet服务器许可 这种选择适合大型集群和超级计算机系统。运行FlexNet软件的专用服务器将用于服务Q-Chem许可证。在继续使用FlexNet选项之前，请阅读用于Q-Chem的FlexNet许可以了解要求。

临时密钥文件稍后会发送至您的邮箱中，由于时区不同，信息一般会在夜间发送。MacOS和Linux系统会自动提交数据给q-chem。如果是windows系统或是离线状态则需要手动提交，提交方式查看安装说明

安装完成

根据上述提示将. /home/q-chem/qcenv.sh添加到~/.bashrc 中

保存并退出后执行 source ~/.bashrc

运行qchem -h

输出以上内容表示安装成功

安装说明：安装过程中会提示输入申请试用版本的邮箱和订单号，联网情况下程序会自动提交，然后将密钥文件发送至您的邮箱中。离线状态下，将license.data文件发邮件给license@q-chem.com，客服会另外发送与机器绑定的license，可用于进行离线安装

3.3 测试q-chem

等待密钥文件返回

将密钥文件放在/home/q-chem/qcaux/license 目录下

新建测试文件vi test

将以下内容复制到test

$molecule

0 3

C -2.39240544 1.11077629 1.02316771

C -1.06648944 1.11077629 1.02316771

H -2.98599044 0.45738417 0.36977276

H -2.98602144 1.76413589 1.67656125

H -0.94047700 2.00850459 0.78262422

H -0.26589009 1.10234599 1.77493327

$end

$rem

JobType Opt

Method BHHLYP

Basis 6-31G(d,p)

MECP_Opt True

Spin_Flip True

CIS_N_Roots 5

MECP_State1 [0,1]

MECP_State2 [0,2]

MECP_Methods Penalty_Function

$end

 

保存并退出后执行命令 qchem test

上述表明安装成功。