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RSS订阅原创 2018-7-6转录组学习4 序列比对
1.比对软件作为初学者，在这里使用hisat2作为比对软件，关于常用的比对软件的特点引述一下hoptop的介绍： 最近的Nature Communication发表了一篇题为的Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq ana...
2018-07-07 12:08:13
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原创 2018-6-25转录组学习3 参考基因组和基因注释
1. 参考基因组下载目前常用的国际通用的人类参考基因组在NCBI，UCSC和ENSEMBL的版本和对应情况如下： NCBI UCSC ENSEMBL GRCH36 hg18 ENSEMBL release_52 GRCH37 hg19 ENSEMBL release_59/61/64/68/69/75 GRCH38 hg38 ...
2018-06-25 11:13:53
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原创 2018-6-23转录组学习2 测序数据质量检查
1.sra文件转换为fastq格式为了进行测序数据质量检查我们需要将下载好的sra数据转换为fastq格式：使用Sratoolkits中的fastq-dump命令进行格式转换 Sratoolkits的官方文档中有fastq-dump命令的介绍(https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=...
2018-06-23 21:46:23
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原创 2018-6-15转录组学习1 文献阅读与数据下载
2018-6-1转录组学习1 文献阅读与数据下载1.文献阅读本次作业中阅读的文献为AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commun 2016 Nov 8;7:13347. PMID: 27824034从文献中可以得到RNA-seq数据存放在GSE8191...
2018-06-15 14:29:33
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空空如也
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