2018-7-6转录组学习4 序列比对

1.比对软件

作为初学者，在这里使用hisat2作为比对软件，关于常用的比对软件的特点引述一下hoptop的介绍：

最近的Nature Communication发表了一篇题为的Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis的文章–被称之为史上最全RNA-Seq数据分析流程，也是我一直以来想做的事情，只不过他们做的超乎我的想象。文章中在基于参考基因组的转录本分析中所用的工具，是TopHat,HISAT2和STAR，结论就是HISAT2找到junction正确率最高，但是在总数上却比TopHat和STAR少。从这里可以看出HISAT2的二类错误(纳伪）比较少，但是一类错误（弃真）就高起来。
就唯一比对而言，STAR是三者最佳的，主要是因为它不会像TopHat和HISAT2一样在PE比对不上的情况还强行把SE也比对到基因组上。而且在处理较长的read和较短read的不同情况，STAR的稳定性也是最佳的。
就速度而言，HISAT2比STAR和TopHat2平均快上2.5~100倍。
文章链接：https://www.jianshu.com/p/681e02e7f9af
文献链接：
1：https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-016-0881-8
2：https://www.nature.com/articles/s41467-017-00050-4

2 Hisat2的使用

HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者，使用改进的BWT算法，实现了更快的速度和更少的资源占用，因此作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2，其官网地址是：http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml hisat2的使用主要有建立基因组Index，reads比对和sort排序。
我们可以从hisat2官网下载需要的人类和小鼠的Index，也可以自己在本地创建

2.1 下载Index

cd ~/data/hg19
#下载链接
wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/data/hg19.tar.gz
wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/data/mm10.tar.gz