2018-6-23转录组学习2 测序数据质量检查

1.sra文件转换为fastq格式

为了进行测序数据质量检查我们需要将下载好的sra数据转换为fastq格式：使用Sratoolkits中的fastq-dump命令进行格式转换

Sratoolkits的官方文档中有fastq-dump命令的介绍(https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=fastq-dump)，fastq-dump的用法是fastq-dump [各种参数] <输入文件的路径>

• 主要会用到的参数有：
  -O 指定输出路径
  –gzip 指定输出格式为gzip压缩格式（fastqc软件可以直接识别gzip压缩的文件）
  –bzip2 指定输出格式为bzip2压缩格式 （bzip格式较之gzip格式压缩效率更高，但是速度较慢）
  多个文件参数
  –split-3 如果是双端测序数据，则输出两个文件，如果不是则只输出一个文件。