2018-6-15转录组学习1 文献阅读与数据下载

最新推荐文章于 2024-05-23 09:39:52 发布
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文章标签： linux aspera 转录组
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版权
本文档介绍了如何通过aspera工具在Linux环境下下载NCBI的GEO转录组数据，包括文献阅读、SRA数据定位、aspera连接工具的安装配置以及批量下载SRR数据的脚本编写。
摘要由CSDN通过智能技术生成

1.文献阅读

本次作业中阅读的文献为AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commun 2016 Nov 8;7:13347. PMID: 27824034

Data

从文献中可以得到RNA-seq数据存放在GSE81916中，在NCBI中选择GEO，搜索GSE81916可以得到使用Sratoolkits下载该数据包的SRA编号

SRP
需要下载的RNA-seq数据是SRR3589956-62

这里写图片描述

这些数据在NCBI的ftp网址是 ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP075/SRP075747 ，这一网址可以分为几个部分：
1. 公共部分（所有SRA数据部分）：

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L_yivs
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