Cancer Cell | 北大张泽民院士团队佳作：跨组织单细胞图谱揭示成纤维细胞亚型的免疫调节特征

Highlights:

• 建立了一个涵盖多种组织和疾病状态的人类成纤维细胞图谱。
• 病理条件重塑了成纤维细胞的转录组和细胞组成。
• PI16+和LRRC15+成纤维细胞与功能上不同的免疫微环境相关联。
• MMP1+肌成纤维细胞有助于形成免疫抑制生态位。

介绍：

成纤维细胞在维持组织稳态和响应病理刺激中发挥关键作用，尤其是在炎症和癌症中。它们通过与免疫细胞的相互作用以及对细胞外基质的调节，对肿瘤微环境的塑造具有深远的影响。尽管已有研究揭示了成纤维细胞的异质性，但对它们在不同组织和疾病背景下的全面理解仍然有限。本研究通过对517个人类样本进行单细胞RNA测序分析，旨在构建一个全面的成纤维细胞图谱，以揭示它们的异质性和功能。

结果：

成纤维细胞图谱的构建（Figure 1）

本研究通过对517个人类样本进行单细胞RNA测序分析，这些样本覆盖了11种不同的组织类型和包括健康和病理状态在内的43种不同条件，构建了一个全面的跨组织的成纤维细胞图谱。通过严格的质量控制和使用批次平衡的k最近邻（BBKNN）算法进行数据整合和聚类分析，我们鉴定了20个转录上不同的成纤维细胞簇。这些簇包括已知的成纤维细胞亚型，如PI16+成纤维细胞祖细胞、LRRC15+肌成纤维细胞、IL6+炎症成纤维细胞和CD74+抗原呈递成纤维细胞，以及新发现的亚型，如HOPX+和SFRP2+肌成纤维细胞。这些发现展示了成纤维细胞在不同组织和病理条件下的异质性。

病理条件下成纤维细胞的重构（Figure 2）

我们发现病理条件，尤其是炎症和癌症，会显著改变成纤维细胞的组成。在炎症期间，免疫调节成纤维细胞扩张，而在癌症中，组织重塑的肌成纤维细胞增加。通过定义一个成纤维细胞激活评分，我们发现炎症组织中的成纤维细胞表现出介于健康和肿瘤条件之间的中间激活状态。这一发现表明炎症可能通过动态改变成纤维细胞组成，将它们重新编程到癌前状态。

成纤维细胞亚群的异质性（Figure 3）

通过使用RNA速率、PAGA和CellRank等计算方法，我们揭示了成纤维细胞亚群之间的谱系关系。我们发现c04-LRRC15肌成纤维细胞似乎是肌成纤维细胞分化的终末分化状态，并且可能源自两种主要的细胞来源：成纤维细胞祖细胞（c05和c03）和周细胞（c08）。此外，我们发现成纤维细胞在信号通路激活和转录因子调控网络方面表现出明显的差异。

成纤维细胞祖细胞的特性（Figure 4）

我们对两个普遍存在的成纤维细胞祖细胞亚群c05-PI16和c03-COL15A1进行了深入研究。这些细胞在多种组织类型中可以分化为肌成纤维细胞。我们发现c05-PI16成纤维细胞主要位于非癌区域，并且在邻近肿瘤的正常组织中富集，这表明它们可能在肿瘤发展中起到抑制作用。

成纤维细胞在肿瘤微环境中的异质性（Figure 5）

通过分析肿瘤样本中的成纤维细胞亚群，我们发现了两种主要的肿瘤亚型，它们根据肌成纤维细胞与成纤维细胞祖细胞的相对丰度被分类，并与不同的临床结果相关。我们发现，具有较高丰度的c05-PI16成纤维细胞和较低丰度的c04-LRRC15肌成纤维细胞的肿瘤与更好的预后相关。

成纤维细胞与免疫细胞的空间分布（Figure 6）

我们还研究了成纤维细胞与免疫细胞之间的空间共定位模式。我们发现c05-PI16成纤维细胞与CX3CR1+ Temra细胞和LYVE1+巨噬细胞在血管周围区域共定位，而c04-LRRC15肌成纤维细胞则与SPP1+巨噬细胞共定位，这表明它们可能在肿瘤免疫微环境中发挥不同的功能。

总结与展望（Figure 7）

本研究提供了一个全面的成纤维细胞图谱，揭示了它们在不同疾病背景下的异质性和功能。我们发现炎症和癌症条件下的成纤维细胞表现出显著不同的基因表达模式，这可能影响它们在肿瘤发展中的功能。特别是，我们发现肌成纤维细胞在肿瘤微环境中扮演着关键角色，而它们的异质性可能对癌症治疗产生重要影响。

讨论：

本研究提供了一个全面的成纤维细胞图谱，揭示了它们在不同疾病背景下的异质性和功能。我们发现炎症和癌症条件下的成纤维细胞表现出显著不同的基因表达模式，这可能影响它们在肿瘤发展中的功能。特别是，我们发现肌成纤维细胞在肿瘤微环境中扮演着关键角色，而它们的异质性可能对癌症治疗产生重要影响。

我们的研究还揭示了成纤维细胞祖细胞在肿瘤邻近的正常组织中的富集，这可能反映了它们在肿瘤发展中的潜在作用。此外，我们发现成纤维细胞与免疫细胞之间的相互作用在塑造肿瘤免疫微环境中起着至关重要的作用。例如，我们发现某些成纤维细胞亚群与免疫抑制细胞如调节性T细胞和M2型巨噬细胞的共定位，这可能有助于形成免疫抑制的肿瘤微环境。

总之，我们的研究提供了一个全面的成纤维细胞图谱，揭示了它们在不同疾病背景下的异质性和功能。这些发现不仅增进了我们对成纤维细胞生物学的理解，而且为开发针对特定成纤维细胞亚群的癌症治疗策略提供了新的视角。