【一周高分】单细胞组学 IF ＞ 20

根据pubmed给我推送的前17篇 IF>20 "Single cell" 相关文献记录，我将它们按照“期刊-题目-主要内容”格式整理，并分为大数据、机制研究和其他三类：《图代码-微信公众号-持续跟进高分组学文献》

数据分析

1. Nat Genet - Single-cell mtDNA dynamics in tumors is driven by coregulation of nuclear and mitochondrial genomes - 使用单细胞全基因组测序技术，研究了肿瘤中线粒体DNA（mtDNA）拷贝数和核DNA（nuDNA）的变异，以及这些变异对细胞表型和进化的影响。

2. Nat Genet - Integrating population genetics, stem cell biology and cellular genomics to study complex human diseases - 讨论了如何结合群体遗传学、干细胞生物学和细胞基因组学来研究复杂的人类疾病，特别是如何利用单细胞测序技术识别细胞发展或实验操作中的遗传效应。

3. Nat Methods - Scalable and unbiased sequence-informed embedding of single-cell ATAC-seq data with CellSpace - 介绍了CellSpace算法，该算法能够为单细胞ATAC-seq数据提供有效和可扩展的基于序列的嵌入，以解决现有分析流程忽略可访问位点的基因组序列信息的问题。

4. Nat Biotechnol - Tracking single-cell evolution using clock-like chromatin accessibility loci - 开发了一种名为EpiTrace的方法，通过计算单细胞ATAC-seq数据中开放的类似时钟位点的比例来确定细胞年龄并进行谱系追踪。

机制研究

1. Nat Cancer - Targeting TGFβ-activated kinase-1 activation in microglia reduces CAR T immune effector cell-associated neurotoxicity syndrome - 研究了微胶质细胞在CAR T细胞治疗引起的神经毒性综合征中的作用，并提出了TAK1-NF-κB-p38 MAPK信号通路在其中的作用。

2. Cell - Perivascular neurons instruct 3D vascular lattice formation via neurovascular contact - 发现了一群周围血管神经元亚群，这些神经元通过与血管的直接接触指导3D血管格的形成。

3. Gastroenterology - Resolution of acinar dedifferentiation regulates tissue remodeling in pancreatic injury and cancer initiation - 通过小鼠和人类的转录组分析，研究了Sox4在胰腺腺泡细胞去分化和PanINs中的作用。

4. Cell Metab - A human omentum-specific mesothelial-like stromal population inhibits adipogenesis through IGFBP2 secretion - 通过单细胞和大量RNA测序分析，发现了一个人特异性的网膜间质细胞群，该细胞群通过IGFBP2的分泌抑制脂肪形成。

5. Sci Immunol - Single-cell analysis of anti-BCMA CAR T cell therapy in patients with central nervous system autoimmunity - 通过单细胞多组学测序对接受抗BCMA CAR T细胞治疗的NMOSD患者的CSF和血液样本进行了配对分析。

6. Nat Genet - Systematic epigenome editing captures the context-dependent instructive function of chromatin modifications - 开发了一种表观基因组编辑平台，用于在活细胞中特定位点编程九种关键的染色质修饰或这些修饰的组合。

7. Nat Med - Single-cell transcriptomic analyses reveal distinct immune cell contributions to epithelial barrier dysfunction in checkpoint inhibitor colitis - 使用单细胞多组学分析了癌症患者发展出的免疫检查点抑制剂结肠炎的细胞特征。

8. Cell Mol Immunol - Neutrophil-derived PAD4 induces citrullination of CKMT1 exacerbates mucosal inflammation in inflammatory bowel disease - 研究了PAD4在IBD中的作用，特别是它如何通过CKMT1的瓜氨酸化调节IECs的可塑性。

其他

1. Cell - The future of rapid and automated single-cell data analysis using reference mapping - 讨论了将新数据映射到参考图谱的单细胞数据参考映射算法的计算挑战和机遇。

2. Nat Methods - Quantitative profiling of regulatory DNA activity at single-cell resolution - 文献未提供具体内容。

3. Nat Methods - Multiplex profiling of developmental cis-regulatory elements with quantitative single-cell expression reporters - 开发了一种双RNA盒，用于高通量单细胞报告基因检测，以量化和精确测量多细胞系统中发育顺式调控元件（CREs）的活性。

4. Nat Biotechnol - Decoding cell replicational age from single-cell ATAC-seq data - 文献未提供具体内容。

5. Mol Cancer - Diagnostic leukapheresis reveals distinct phenotypes of NSCLC circulating tumor cells - 通过应用诊断性白细胞去除术（DLA）对六名晚期非小细胞肺癌（NSCLC）患者进行了研究，以丰富的CTC数量，从而能够对3,363个CTC转录组进行全面的异质性分析。

6. Nature - Mapping genotypes to chromatin accessibility profiles in single cells - 开发了一种名为GoT-ChA的高通量平台，该平台可以在单个测定中将数千个细胞的基因型与单细胞分辨率的染色质可及性联系起来。

7. Nat Methods - Molecular pixelation: spatial proteomics of single cells by sequencing - 介绍了Molecular Pixelation（MPX），这是一种无光学、基于DNA序列的单细胞空间蛋白质组学方法。

8. Nat Rev Nephrol - Spatial transcriptomics in health and disease - 提供了当前和新兴的空间转录组方法、它们的应用以及该领域面临的挑战的概述。