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原创 Cancer Cell | 泛癌种单细胞RNA测序图谱:肿瘤内B细胞

肿瘤浸润性B细胞在肿瘤的发展、进展和预后中扮演着重要角色。尽管如此,对于肿瘤免疫微环境(TIME)中的B细胞部分的研究相对较少。本研究旨在通过构建一个跨癌种的单细胞RNA测序图谱来填补这一空白,该图谱涵盖了多种肿瘤类型的肿瘤浸润性B细胞和浆细胞。我们鉴定了关键的B细胞亚群签名,揭示了不同的亚群,并强调了这些细胞在肿瘤微环境中的异质性和功能多样性。此外,我们探索了B细胞亚群与检查点抑制剂治疗反应之间的关联,并检验了B细胞和T细胞之间的交流,为理解B细胞在肿瘤中的复杂性提供了新的视角。

2024-10-18 09:24:10 839

原创 Cancer Cell | 北大张泽民院士团队佳作:跨组织单细胞图谱揭示成纤维细胞亚型的免疫调节特征

成纤维细胞在维持组织稳态和响应病理刺激中发挥关键作用,尤其是在炎症和癌症中。它们通过与免疫细胞的相互作用以及对细胞外基质的调节,对肿瘤微环境的塑造具有深远的影响。尽管已有研究揭示了成纤维细胞的异质性,但对它们在不同组织和疾病背景下的全面理解仍然有限。本研究通过对517个人类样本进行单细胞RNA测序分析,旨在构建一个全面的成纤维细胞图谱,以揭示它们的异质性和功能。本研究提供了一个全面的成纤维细胞图谱,揭示了它们在不同疾病背景下的异质性和功能。

2024-10-10 10:53:38 966

原创 【一周高分】蛋白质组学 IF > 20

Transcription-coupled DNA-protein crosslink repair by CSB and CRL4(CSA)-mediated degradation. - 主要内容:研究了CSB和CRL4(CSA)介导的降解在转录偶联DNA-蛋白质交联修复中的作用。Gout risk in adults with pre-diabetes initiating metformin. - 主要内容:研究了二甲双胍在糖尿病前期成人中对痛风风险的影响。

2024-05-21 00:05:40 912

原创 【一周高分】单细胞组学 IF > 20

根据pubmed给我推送的前17篇 IF>20 "Single cell" 相关文献记录,我将它们按照“期刊-题目-主要内容”格式整理,并分为大数据、机制研究和其他三类:《图代码-微信公众号-持续跟进高分组学文献》。

2024-05-15 10:55:04 433

原创 【一周高分】基因组学 IF > 20

An updated framework for SARS-CoV-2 variants reflects the unpredictability of viral evolution - 讨论了SARS-CoV-2变体的更新框架,反映了病毒进化的不可预测性。Mapping genotypes to chromatin accessibility profiles in single cells - 开发了一种名为GoT-ChA的高通量平台,将基因型与单细胞分辨率下的染色质可及性联系起来。

2024-05-10 22:35:32 899

原创 【一周高分】转录组学 IF > 20

根据pubmed给我推送的前12篇 IF>20相关文献记录,我将它们按照*“期刊-题目-主要内容”**格式整理,并分为数据分析、机制研究和其他三类:*《图代码-微信公众号-持续跟进高分组学文献》

2024-05-09 14:15:00 851

原创 【一周高分】单细胞组学 IF > 20

根据pubmed给我推送的前17条 IF>20 "Single cell" 相关文献记录,我将它们按照“期刊-题目-主要内容”格式整理,并分为大数据、机制研究和其他三类

2024-05-08 12:58:14 618 1

原创 【一周高分】蛋白质组学 IF > 20

根据pubmed给我推送的前 19 条 IF>20 **"Proteomics"** 相关文献记录,我将它们按照**“期刊-题目-主要内容”**格式整理,并分为大数据、机制研究和其他三类。

2024-05-06 21:38:32 1003

原创 【一周高分之作】蛋白质组学 IF > 10

根据pubmed给我推送的前20条 IF>10相关文献记录,我将它们按照*“期刊-题目-主要内容”*

2024-04-30 10:33:49 498 1

翻译 免疫分析 | IOBR2肿瘤微环境--第一节转录组数据预处理

1.下载公共数据库的包,GEO数据下载,TCGA数据下载。2.整理公共数据库的包。归一化,TPM一键矫正等等。3.质量控制,PCA分析等等。4.新人入手可以直接用于熟悉转录组分析的基本流程`

2024-03-31 22:35:44 417 1

原创 药物协同数据分析ggplot2展示

如果是A药浓度在横坐标,B药在纵坐标,需要将这种宽矩阵(例如R包里面的火山数据集)。在这种情况下,您需要使用tidyr包的gather()函数对其进行整理,以使用ggplot对其进行可视化。欢迎关注公众号,将持续推送科研作图。

2024-03-30 15:49:00 282 1

原创 GGally

今天给大家介绍一款多变量之间两两的相关性的R包:GGally。

2024-03-29 09:44:11 361

原创 解决虚拟机安装 VMware Tools 灰色无法点击问题

第一次将所有的CD/DVD和软盘都设置为使用物理驱动器,不成功。第二次运行代码,不成功。第三次将DVD2和软盘设置为最后图,成功粘贴复制拖动。

2024-03-26 10:37:12 2113

原创 R export包报错 图形API版本不相符 Graphics API version mismatch

R语言export作图

2024-03-12 22:07:22 836 3

原创 Cancer Cell | 泛癌种单细胞RNA测序图谱:肿瘤内B细胞

肿瘤浸润性B细胞在肿瘤的发展、进展和预后中扮演着重要角色。尽管如此,对于肿瘤免疫微环境(TIME)中的B细胞部分的研究相对较少。本研究旨在通过构建一个跨癌种的单细胞RNA测序图谱来填补这一空白,该图谱涵盖了多种肿瘤类型的肿瘤浸润性B细胞和浆细胞。我们鉴定了关键的B细胞亚群签名,揭示了不同的亚群,并强调了这些细胞在肿瘤微环境中的异质性和功能多样性。此外,我们探索了B细胞亚群与检查点抑制剂治疗反应之间的关联,并检验了B细胞和T细胞之间的交流,为理解B细胞在肿瘤中的复杂性提供了新的视角。

2022-05-31 17:32:12 2947

空空如也

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