【PyG】理解MessagePassing过程，GCN demo详解

LittleSeedling

已于 2022-05-31 21:24:41 修改

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于 2022-05-28 17:24:08 首次发布

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PyG的信息传递机制
MessagePassing Class
GCN demo
完整GCN demo代码

参考：
PyG利用MessagePassing实现GCN(了解pyG的底层逻辑）
PyG官方demo GCN

PyG的信息传递机制

PyG提供了信息传递（邻居聚合） 操作的框架模型。

$x_i^k = \gamma^k(x_i^{k-1}, \square_{j \in \mathcal{N}(i)} \phi(x_i^{k-1},x_j^{k-1},e_{j,i}))$
其中，
$\square$ 表示可微、排列不变的函数，比如说sum、mean、max
$\gamma$ 和 $\phi$ 表示可微的函数，比如说 MLP

在propagate中，依次会调用message，aggregate，update函数。
其中，
message为公式中 $\phi$ 部分
aggregate为公式中 $\square$ 部分
update为公式中 $\gamma$ 部分

MessagePassing Class

PyG使用MessagePassing类作为实现信息传递机制的基类。我们只需要继承其即可。

GCN demo

GCN信息传递公式如下：
$x_i^k = \sum_{j \in \mathcal{i} \cup \{i\}} {1 \over \sqrt{\mathrm{deg}(i)} \cdot \sqrt{\mathrm{deg}(j)} } \cdot (\Theta^T \cdot x_j^{k-1})$

注：GCN是运行在 无向图 上的。

1. 导入头文件

from typing import Optional
from torch_scatter import scatter
import torch
import numpy as np
import random
import os
from torch import Tensor
from torch_geometric.nn import MessagePassing
from torch_geometric.utils import add_self_loops, degree

2. 构造函数

class GCNConv(MessagePassing):
    def __init__(self, in_channels, out_channels):
        super().__init__(aggr='add')  # "Add" aggregation (Step 5).
        self.lin = torch.nn.Linear(in_channels, out_channels)

定义类GCNConv继承MessagePassing。

aggr定义了聚合函数的作用。这里add表示累加。
当然，我们也可以通过重写aggregate方法，来自定义 聚合函数。

定义了线性变换层lin，也就是公式中的 $\Theta$ 。不过，与公式不同的是，这里的lin是有偏置bias的。

3. 前向传播forward

    def forward(self, x, edge_index):
        # x.shape == [N, in_channels]
        # edge_index.shape == [2, E]

        # Step 1: Add self-loops to the adjacency matrix.
        edge_index, _ = add_self_loops(edge_index, num_nodes=x.size(0))

        # Step 2: Linearly transform node feature matrix.
        x = self.lin(x) # x = lin(x)

        # Step 3: Compute normalization.
        row, col = edge_index # row, col is the [out index] and [in index]
        deg = degree(col, x.size(0), dtype=x.dtype) # [in_degree] of each node, deg.shape = [N]
        deg_inv_sqrt = deg.pow(-0.5)
        deg_inv_sqrt[deg_inv_sqrt == float('inf')] = 0
        norm = deg_inv_sqrt[row] * deg_inv_sqrt[col] # deg_inv_sqrt.shape = [E]

        # Step 4-5: Start propagating messages.
        return self.propagate(edge_index, x=x, norm=norm)

定义神经网络的 前向传播 过程。

# Step 1: Add self-loops to the adjacency matrix.
edge_index, _ = add_self_loops(edge_index, num_nodes=x.size(0))

添加自环。

# Step 2: Linearly transform node feature matrix.
x = self.lin(x) # x = lin(x)

计算 $\Theta \cdot x$

# Step 3: Compute normalization.
row, col = edge_index # row, col is the [out index] and [in index]
deg = degree(col, x.size(0), dtype=x.dtype) # [in_degree] of each node, deg.shape = [N]
deg_inv_sqrt = deg.pow(-0.5)
deg_inv_sqrt[deg_inv_sqrt == float('inf')] = 0
norm = deg_inv_sqrt[row] * deg_inv_sqrt[col] # deg_inv_sqrt.shape = [E]

计算系数，也就是公式中的
$\over \sqrt{\mathrm{deg}(i)} \cdot \sqrt{\mathrm{deg}(j)} }$

这里有点难理解。可以根据 张量的形状 进行理解。

row表示出边的顶点，col表示入边的顶点。

注：PyG是支持有向图的，所以(0,1), (1,0)一起表示无向图中的一条边。

degree计算入顶点的度数。但，由于GCN运行在无向图上，其实 入顶点个数 == 顶点个数。

deg_inv_sqrt[deg_inv_sqrt == float('inf')] = 0 把度数为0的节点去掉，因为他们是无穷大。

最后结果得到的norm 表示的含义是，边上两个节点度数乘积。即，每条边表示 $\over \sqrt{\mathrm{deg}(i)} \cdot \sqrt{\mathrm{deg}(j)} }$ 一个权重系数。

4. message

    def message(self, x_i, x_j, norm):
        # x_j ::= x[edge_index[0]] shape = [E, out_channels]
        # x_i ::= x[edge_index[1]] shape = [E, out_channels]
        # norm.view(-1, 1).shape = [E, 1]
        # Step 4: Normalize node features.
        return norm.view(-1, 1) * x_j

定义信息传递函数。

有同学会问，x_i, x_j哪里来的？
PyG为我们提供的。
其中，MessagePassing默认信息流向flow为source_to_target。若存在边(0,1)，那么 信息流向 为 0->1。
x_j就是source点，x_i就是target点。

norm.view(-1, 1) * x_j，将边上的权重乘上 source点的特征。即完成了 $\over \sqrt{\mathrm{deg}(i)} \cdot \sqrt{\mathrm{deg}(j)} } \cdot (\Theta^T \cdot x_j^{k-1})$ 。

5. aggregate

    def aggregate(self, inputs: Tensor, index: Tensor,
                  ptr: Optional[Tensor] = None,
                  dim_size: Optional[int] = None) -> Tensor:
        # 第一个参数不能变化
        # index ::= edge_index[1]
        # dim_size ::= [number of node]
        # Step 5: Aggregate the messages.
        # out.shape = [number of node, out_channels]
        out = scatter(inputs, index, dim=self.node_dim, dim_size=dim_size)
        return out

定义聚合函数。
其实，到这步我们可以不用写了，因为之前的aggr="add"就已经足够了。

index参数由 PyG提供，为入顶点的编号。
torch_scatter.scatter函数简单的说，就是把 编号相同的属性[累加、求最大、求最小]聚集在一起。

下面这张图为，scatter求最大。

详见：
pytorch：torch_scatter.scatter_max
torch.scatter与torch_scatter库使用整理

6. update

    def update(self, inputs: Tensor, x_i, x_j) -> Tensor:
        # 第一个参数不能变化
        # inputs ::= aggregate.out
        # Step 6: Return new node embeddings.
        return inputs

使用得到的信息，更新当前节点的信息。

inputs为更新得到的信息，其实就是 aggregate的输出。

update 对应了公式中的 $\gamma$ 。

注意：第一个参数为aggregate的输出。可改名字，但不能换位置。

完整GCN demo代码

from typing import Optional
from torch_scatter import scatter
import torch
import numpy as np
import random
import os
from torch import Tensor
from torch_geometric.nn import MessagePassing
from torch_geometric.utils import add_self_loops, degree

class GCNConv(MessagePassing):
    def __init__(self, in_channels, out_channels):
        super().__init__(aggr='add')  # "Add" aggregation (Step 5).
        self.lin = torch.nn.Linear(in_channels, out_channels)

    def forward(self, x, edge_index):
        # x has shape [N, in_channels]
        # edge_index has shape [2, E]

        # Step 1: Add self-loops to the adjacency matrix.
        edge_index, _ = add_self_loops(edge_index, num_nodes=x.size(0))

        # Step 2: Linearly transform node feature matrix.
        x = self.lin(x) # x = lin(x)

        # Step 3: Compute normalization.
        row, col = edge_index # row, col is the [out index] and [in index]
        deg = degree(col, x.size(0), dtype=x.dtype) # [in_degree] of each node, deg.shape = [N]
        deg_inv_sqrt = deg.pow(-0.5)
        deg_inv_sqrt[deg_inv_sqrt == float('inf')] = 0
        norm = deg_inv_sqrt[row] * deg_inv_sqrt[col] # deg_inv_sqrt.shape = [E]

        # Step 4-6: Start propagating messages.
        return self.propagate(edge_index, x=x, norm=norm)

    def message(self, x_i, x_j, norm):
        # x_j ::= x[edge_index[0]] shape = [E, out_channels]
        # x_i ::= x[edge_index[1]] shape = [E, out_channels]
        print("x_j", x_j.shape, x_j)
        print("x_i: ", x_i.shape, x_i)
        # norm.view(-1, 1).shape = [E, 1]
        # Step 4: Normalize node features.
        return norm.view(-1, 1) * x_j

    def aggregate(self, inputs: Tensor, index: Tensor,
                  ptr: Optional[Tensor] = None,
                  dim_size: Optional[int] = None) -> Tensor:
        # 第一个参数不能变化
        # index ::= edge_index[1]
        # dim_size ::= [number of node]
        print("agg_index: ",index)
        print("agg_dim_size: ",dim_size)
        # Step 5: Aggregate the messages.
        # out.shape = [number of node, out_channels]
        out = scatter(inputs, index, dim=self.node_dim, dim_size=dim_size)
        print("agg_out:",out.shape,out)
        return out
    
    def update(self, inputs: Tensor, x_i, x_j) -> Tensor:
        # 第一个参数不能变化
        # inputs ::= aggregate.out
        # Step 6: Return new node embeddings.
        print("update_x_i: ",x_i.shape,x_i)
        print("update_x_j: ",x_j.shape,x_j)
        print("update_inputs: ",inputs.shape, inputs)
        return inputs

def set_seed(seed=1029):
	random.seed(seed)
	os.environ['PYTHONHASHSEED'] = str(seed) # 为了禁止hash随机化，使得实验可复现
	np.random.seed(seed)
	torch.manual_seed(seed)
	torch.cuda.manual_seed(seed)
	torch.cuda.manual_seed_all(seed) # if you are using multi-GPU.
	torch.backends.cudnn.benchmark = False
	torch.backends.cudnn.deterministic = True

if __name__ == '__main__':
    set_seed(0)
    # x.shape = [5, 2]
    x = torch.tensor([[1,2], [3,4], [3,5], [4,5], [2,6]], dtype=torch.float)
    # edge_index.shape = [2, 6]
    edge_index = torch.tensor([[0,1,2,3,1,4], [1,0,3,2,4,1]])
    print("num_node: ",x.shape[0])
    print("num_edge: ",edge_index.shape[1])
    in_channels = x.shape[1]
    out_channels = 3

    gcn = GCNConv(in_channels, out_channels)
    out = gcn(x, edge_index)
    print(out)

PyTorch固定随机数种子

固定住随机数种子后，多次运行，比较好比较与理解。

LittleSeedling

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