火山视窗HP_pack服务端和客户端教程

⑴服务端:

一、配置模块
右键配置勾选火山模块,默认会调用原创软件模块,所以需要准备这两个模块。
点击下载所需要模块

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二、窗口布局
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A:好的,我可以给出一些步骤和方法: 1. 导出edgeR分析得到的差异基因列表,包括基因名、log2 Fold Change、p-value等信息; 2. 使用R语言中的ggplot2包来画火山图,具体代码如下: ``` library(ggplot2) data <- read.table("diff_genes.txt", header=T, sep="\t") data$label <- ifelse(data$padj <= 0.05 & abs(data$logFC) >= 1, as.character(data$Gene), "") ggplot(data, aes(x=logFC, y=-log10(padj), color=label)) + geom_point(alpha=0.5, size=2.5) + geom_vline(xintercept=c(-1,1), linetype="dashed") + geom_hline(yintercept=-log10(0.05), linetype="dashed") + scale_color_manual(values=c("red","black")) + labs(title="Volcano Plot", x="log2 Fold Change", y="-log10(p-value)") + theme_bw() ``` 注:这里的 `diff_genes.txt` 是保存edgeR分析结果的文件名,需根据具体情况作相应修改。 3. 根据火山图上的点所对应的基因ID,进行基因注释。可以使用一些公共的数据库,如Gene Ontology (GO)、KEGG、Reactome等来进行注释。以GO为例,可以使用R语言中的clusterProfiler包进行富集分析,具体代码如下: ``` library(clusterProfiler) gene_list <- data$Gene[data$padj <= 0.05 & abs(data$logFC) >= 1] go_enrich <- enrichGO(gene_list, keyType="SYMBOL", OrgDb="org.Hs.eg.db", ont="BP", pvalueCutoff=0.05) ``` 注:这里的 `org.Hs.eg.db` 是一个包含人类基因注释信息的数据库,可以根据需要切换不同的物种数据库。 4. 最后根据富集结果,使用R语言中的ggplot2包绘制柱状图、饼图等进行可视化展示。 希望以上步骤和代码能够帮助到你!

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