官方拥有比较完善的英文安装教程
这里我记录以下我的安装过程
1.安装R和前置
Bio3D是R程序包,安装Bio3D需要R和一些前置的程序包
根据官方文档,运用如下命令
apt-get install r-base-core netcdf-bin libnetcdf-dev libxml2-dev \
libcurl3-dev seaview muscle pymol
来安装前置程序
当然可能有一些遗漏,这些遗漏在R中安装Bio3D时会显现,现在直接在R中安装即可
2.安装Bio3D
进入R
sudo R
安装软件包
install.packages("bio3d", dependencies=TRUE)
如果没有出现错误代码,则说明安装基本成功,可直接测试程序
出现像“安装程序包XXX时退出狀態的值不是0”这样的情况则可能是一些前置软件包遗漏
这时可以在安装过程中“ANTICOF ERROR”找到提示,根据提示来在bash中用sudo apt install命令安装缺失的软件包,再在R中重新输入上面的命令安装即可
3.测试软件
根据官方文档
library(bio3d)