JGromacs 在 ubuntu18.04 的安装

JGromacs官方网站：http://sbcb.bioch.ox.ac.uk/jgromacs/

JGromacs是一个Java库，旨在促进分子动力学（MD）模拟的跨平台分析应用程序的开发。该软件包包含由GROMACS（GROningen MAchine for Chemical Simulations）应用的文件格式解析器，这是最广泛使用的MD仿真软件包之一。JGromacs提供多级面向对象的仿真数据表示，以整合和互换序列，结构和动态信息。另外，包中还包含一个基本分析工具包。程序员还提供了简单的工具（例如基于XML的配置），以创建具有类似于Gromacs应用程序的命令行UI的用户界面的应用程序。[官网机翻]

 

1.下载主程序

在官方网站根据说明即可下载jar包和测试代码。

随便将测试代码解压在一个文件夹下。

 

2.安装jdk(原本没有jdk的话)

一般ubuntu 18.04不会自带JDK

用以下命令可以查看是否安装jdk

java -version

若已安装jdk，则可以见到

 

安装jdk