宏转录组在医学研究中的应用案例解析

宏转录组（医学）是以医学样本（如人体不同部位的微生物群落、临床样本等）中的整个微生物群落作为研究对象，对样品中微生物群落的RNA做全面测序，经过组装、基因预测、基因注释与丰度计算等分析，挖掘样品中物种组成、功能基因转录调控和代谢通路等遗传多样性和分子生态信息。

宏转录组（医学）通过分析微生物群体的整个转录组，揭示了微生物群落与人类健康之间的复杂联系。这种方法不仅增进了对于正常生理状态下微生物活动的理解，也帮助识别了在疾病发展过程中微生物功能的变化。随着技术的进步和数据分析能力的提升，宏转录组学有望成为揭示微生物-宿主相互作用的关键工具，从而推动精准医疗和疾病预防策略的发展。

下面跟随小编通过5篇案例文章来看下宏转录组学（医学）的应用吧！

文章精选

（一）

英文标题：Understanding human health through metatranscriptomics

中文标题：通过宏转录组学理解人类健康

期刊：Trends in Molecular Medicine

发表时间：2023-02-25

链接：https://doi.org/10.1016/j.molmed.2023.02.002

摘要：宏转录组学彻底改变了我们探索和理解微生物群落中转录程序的能力。它使我们能够更深入、更具体地洞察人类肠道、呼吸道、口腔和阴道等群落中的微生物活动。然而，宏转录组学最重要的贡献可能来自于对疾病相关群落的分析。本文综述了宏转录组学分析在理解人类健康和疾病方面的优缺点。作者重点关注微生物生物量较低的人体组织以及与失衡微生物群相关的条件。作者总结认为，更广泛的宏转录组学应用及增加对微生物活动的了解将会揭示微生物与宿主在人类健康中的关键相互作用，并为无需培养、直接的功能性病原体鉴定提供诊断基础。

图1：宏转录组实验总结

（二）

英文标题：Interaction between the gut microbiota and colonic enteroendocrine cells regulates host metabolism

中文标题：肠道菌群与结肠肠内分泌细胞相互作用调节宿主代谢

期刊：Nature Metabolism

发表时间：2024-05-22

样品类型：小肠内容物

组学策略：宏转录组、16S、代谢组、QPCR

链接：https://doi.org/10.1038/s42255-024-01044-5

摘要：营养物质的处理是胃肠道的一项基本功能。小肠内分泌细胞（EECs）的激素反应已经被广泛研究，但关于结肠EECs在代谢调控中的作用却知之甚少。为了回答这个核心问题，作者研究了一种结肠EECs缺乏的小鼠模型。研究发现，结肠EECs的缺失会导致过度进食和肥胖。此外，结肠EECs的缺失导致了微生物群组成和代谢的改变，通过抗生素治疗、无菌重塑以及向无菌接受者的移植，作者发现这种改变对于肥胖的发展既是必要的也是充分的。进一步地，通过对粪便和血液代谢组的研究，作者发现肠道微生物产生的谷氨酸差异与食欲增加相关，并且直接给予结肠谷氨酸可以增加食物摄入量。这些观察揭示了一个出乎意料的宿主-微生物轴，这是更广泛的肠道-大脑轴的一部分，它调节宿主的新陈代谢和体重。这项研究为我们理解肠道微生物如何影响代谢和体重提供了新的视角，特别是结肠内分泌细胞在这一过程中的关键作用。

图2：结肠EECs缺失具有特异性

（三）

英文标题：Gut microbial factors predict disease severity in a mouse model of multiple sclerosis

中文标题：肠道微生物因素可预测多发性硬化症小鼠模型的疾病严重程度

期刊：Nature Microbiology

发表时间：2024-07-15

样品类型：盲肠内容物

组学策略：宏转录组、16S、代谢组

链接：https://doi.org/10.1038/s41564-024-01761-3

摘要：肠道细菌与神经退行性疾病有关联，但除了微生物群组成之外的风险因素仍然有限。作者使用了多发性硬化症（MS）的一种临床前模型，即实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE），来识别微生物风险因素。分析了具有不同基因型和复杂微生物群的小鼠，或是六种合成人体微生物群的不同组合，这导致了严重神经炎症发生概率的变化。然而，疑似微生物风险因素的存在或相对丰度并不能预测疾病的严重程度。Akkermansia muciniphila，通常与MS相关，根据背景微生物群的不同，与EAE严重程度的关系也呈现出变化。在同一微生物群的小鼠中观察到了显著的个体间疾病进程差异。评估微生物的功能特性及宿主的免疫反应显示，在疾病发作前特定细菌的免疫球蛋白A包被指数是一个强大的个性化疾病发展的预测指标。研究表明，在试图预测神经炎症严重程度时，需要考虑微生物群落网络和宿主特异性的双向交互作用。这项研究强调了在预测神经炎症严重性时，考虑微生物社区网络和宿主特异性双向相互作用的重要性。这可能有助于更准确地理解个体对神经退行性疾病风险的差异。

图3：A. muciniphila介导的神经炎症与盲肠中γ-氨基丁酸浓度的增加有关

（四）

英文标题：The gut microbiome modulates the protective association between a Mediterranean diet and cardiometabolic disease risk

中文标题：肠道微生物组调节地中海饮食与心血管代谢疾病风险之间的保护性关联

期刊：Nature Medicine

发表时间：2021-02-11

样品类型：粪便

组学策略：宏转录组、宏基因组

链接：https://doi.org/10.1038/s41591-020-01223-3

摘要：为了探讨微生物组如何可能修改饮食与心血管代谢健康的相互作用，作者分析了来自“健康专业人员随访研究”中307名男性参与者的纵向微生物组数据，结合长期饮食信息，以及从血液样本中测量的葡萄糖稳态、脂质代谢和炎症的生物标志物。研究证明了一种健康的地中海式饮食模式与肠道微生物组的特定功能和分类成分相关联，而且它与心血管代谢健康之间的保护性关联因微生物组成的差异而变化。特别地，遵守地中海饮食与心血管疾病风险之间的保护性关联，在Prevotella copri（一种肠道细菌）丰度减少的参与者中显著更强。该发现推进了精准营养的概念，并有可能为通过改变肠道微生物组来预防心血管代谢疾病提供更有效、更精确的饮食策略。这意味着个体化的饮食建议可能需要考虑到个人的微生物组状况，以优化健康效益。

图4：地中海饮食模式以及肠道微生物组的分类和功能概况

（五）

英文标题：Relating the gut metagenome andmetatranscriptome to immunotherapyresponses in melanoma patients

中文标题：肠道宏基因组和宏转录组与黑色素瘤患者免疫治疗反应的关系

期刊：Genome Medicine

发表时间：2019-10-09

样品类型：粪便

组学策略：宏转录组、宏基因组、16S

链接：https://doi.org/10.1186/s13073-019-0672-4

摘要：在进行免疫疗法的黑色素瘤患者中，作者使用16S rRNA基因和shotgun宏基因组测序（n=27）对治疗前的粪便样本中的肠道微生物组进行了表征。在17个样本的子集中，通过宏转录组测序确认了宏基因组通路的转录表达。结果表明，更高的微生物群落丰富度与更长的PFS在16S和shotgun数据中都相关（p<0.05）。基于整体微生物组组成的聚类将患者分成三组，具有不同的PFS；在随访期间的任何时间点，低风险组的进展风险比高风险组低99%（p=0.002）。在回归中选择的物种中，Bacteroides ovatus、Bacteroides dorei、Bacteroides massiliensis、Ruminococcus gnavus和Blautia producta的丰度与较短的PFS相关，而Faecalibacterium prausnitzii、Coprococcus eutactus、Prevotella stercorea、Streptococcus sanguinis、Streptococcus anginosus和Lachnospiraceae bacterium 3146 FAA的丰度与较长的PFS相关。与PFS相关的宏基因组功能中，那些有相关宏转录组表达的包括与风险相关的L-阿拉伯糖降解、鸟嘌呤核苷酸生物合成和维生素B生物合成途径。这项工作增加了越来越多的证据，表明肠道微生物与免疫疗法效果相关，并首次识别了与PFS相关的转录表达的宏基因组通路。有必要进一步研究微生物治疗靶标，以改善免疫疗法的效果。

图5：shotgun宏基因组分类群对shotgun宏基因组和宏转录组功能途径的贡献

宏转录组和宏基因组等宏组学测序数据，来源于对复杂微生物群落的直接测序，无需先进行微生物的纯化或培养，在医学研究中的应用非常广泛。

得益于测序技术的持续进步和生物信息学分析工具的不断完善，在宏转录组、宏基因组测序数据的基础上，可进一步挖掘更深入的信息。

因此我们推出了基于一次提取、一次建库、一次测序得到的测序数据，同时进行宏组学和宏病毒组的分析。极大提高了样本和数据的利用率，节约了测序成本，具有显著的科学价值和实际应用潜力，不仅增进了对微生物世界复杂相互作用的理解，也为多个学科领域的研究和应用开辟了新的途径。适合于样本量不多，且同时关注样本中的常规微生物与病毒组成的老师。

 图6：宏基因组（医学）双分析流程图

图7：宏转录组（医学）双分析流程图

 

参考文献

[1]Ojala T, Kankuri E, Kankainen M. Understanding human health through metatranscriptomics. Trends in Molecular Medicine, 2023, 29(5): 376-389.

[2]Tan, S., Santolaya, J.L., Wright, T.F. et al. Interaction between the gut microbiota and colonic enteroendocrine cells regulates host metabolism. Nat Metab 6, 1076–1091 (2024).

[3]Steimle, A., Neumann, M., Grant, E.T. et al. Gut microbial factors predict disease severity in a mouse model of multiple sclerosis. Nat Microbiol (2024).

[4]Wang, D.D., Nguyen, L.H., Li, Y. et al. The gut microbiome modulates the protective association between a Mediterranean diet and cardiometabolic disease risk. Nat Med 27, 333–343 (2021).

[5]Peters, B.A., Wilson, M., Moran, U. et al. Relating the gut metagenome and metatranscriptome to immunotherapy responses in melanoma patients. Genome Med 11, 61 (2019).