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RSS订阅原创 一文读懂多组学联合分析产品在医学领域的应用
本研究记录了一组匹配的正常衰老（NA）和非传染性疾病老年人的多模式脑电图（EEG）数据，并收集了他们的粪便样本和尿液外泌体，通过整合宏基因组学、蛋白质组学和代谢组学分析，确定非传染性疾病的多组学特征和代谢途径。我们的研究首次描述了血毒症发展过程中血清外泌体的分子动力学特征，并提出了一些假设的分子机制，为正在进行的脓毒症斗争提供有帮助的诊断和治疗见解。例如，通过分析患者的基因组、转录组、蛋白质组和代谢组数据，可以发现与特定疾病相关的特定分子标志物，从而提高诊断的准确性和敏感性。影响因子：46.297。
2024-09-12 18:08:47
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原创 一文读懂5R微生物多样性产品在医学领域的应用
实体肿瘤中的微生物群早在100多年前就已经被识别出来；然而，其异质性的组成和多样性直到最近才得以揭示。越来越多的证据表明，肿瘤内微生物群的几种功能机制影响着肿瘤的发生和发展，这提示肿瘤内微生物群可能是多种癌症的一个有前景的生物标志物。肿瘤内微生物群的低生物量给相关研究带来了重大挑战，因此需要使用多模态整合框架来解决这一难题。诸如5R 16S rRNA测序、单细胞测序等先进技术提供了重要的线索，而功能实验和基于培养的方法逐步优化则使得对其中涉及的基本机制进行更深入的研究成为可能。
2024-09-09 09:56:00
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原创 一文读懂宏基因组二代测序技术在医学研究中的应用
作者结合宿主和微生物特征，建立了综合脓毒症诊断模型，该模型识别出了99%经微生物学确认的脓毒症病例，同时在疑似脓毒症病例中预测脓毒症的比例为74%，在不确定脓毒症病例中为89%。研究发现，ARFID儿童的肠道微生物组成和多样性与健康儿童存在差异，但3至6岁和7至12岁两个年龄段的ARFID儿童之间，其肠道微生物组成和多样性并无显著不同。虽然单独使用拟杆菌的无菌小鼠的单核化不足以导致对高寄生虫血症的易感性，但多项研究的荟萃分析支持拟杆菌在严重疟疾易感性中的主要作用。重要的是，与CRC相关的毒力因子（如。
2024-08-30 16:23:12
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原创 干货学习｜一文解答微生物多样性常见问题
（3）与OTU相比，ASV具有更高的分辨率，并显示出更好的特异性和更低的假序列率，这对较低的种属分类水平影响较大，而对较高的分类学水平（门水平）组成的影响较小，ASV能够使得环境因子对微生物群落能够获得更高的解释度，因而对于物种信息更为复杂的环境样品建议采用ASV划分方式；答：目前来说，16S常用来分析菌群的群落，物种的组成，多样性分析等，但是由于16S测序（16S仅对16S区域进行测序无法获得基因组上的基因序列）仅能做物种层面的分析，如果想要研究具体的功能和基因，推荐选择宏基因组。
2024-08-23 11:08:27
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原创 云端启航——云-宏蛋白组学平台震撼上线！
宏蛋白，是指由环境微生物如土壤、肠道、水体、淤泥以及食品等中含有的微生物所表达的蛋白质。宏蛋白的研究通常与宏蛋白质组学紧密相关。宏蛋白组学是一门大规模的定性和定量分析蛋白质以分析环境中的微生物群落的学科，它通过质谱技术采集特定环境条件下微生物种群中全部蛋白质信息，从而探索微生物组成以及蛋白特征，揭示微生物与环境之间的相互关系。为了更贴合现在的科研需求，美格基因研发团队不断创新，正式推出云-宏蛋白组学平台。
2024-08-15 15:54:37
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原创 医学组学1+1＞2：代谢组+转录组/微生物组关联分析策略及案例解读
16S测序显示，暴露于顺铂后，盲肠内容物中肠道微生物组的组成发生了显著变化。而整合代谢组学、转录组学与微生物组学的数据，进行关联分析，不仅能够实现信息的互补验证，还能通过构建相关性网络，揭示不同层面间的内在联系。美格基因于6.28推出了2款医学多组学关联分析产品：代谢组与微生物组联合分析（医学）、代谢组与转录组联合分析（医学），作为目前医学研究中应用最为广泛的2种组学关联分析策略，适用于多种医学研究场景：营养与健康/饮食研究、生物标志物的发掘、疾病机理研究、药物作用机制、抗生素耐药性研究......
2024-08-08 18:28:57
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原创 全新服务! 科研加速器：定制科研级服务器工作站搭建服务
适用：微生物多样性｜细菌/真菌/病毒基因组｜代谢组｜蛋白组等参数区间：CPU数:【16~32】核;内存:【32~64】G;数据盘:【10~15】T;知名品牌: 【联想】成交费用：3~8万（根据各别具体需求而定）
2024-08-02 10:34:26
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原创 宏转录组在医学研究中的应用案例解析
宏转录组（医学）是以医学样本（如人体不同部位的微生物群落、临床样本等）中的整个微生物群落作为研究对象，对样品中微生物群落的RNA做全面测序，经过组装、基因预测、基因注释与丰度计算等分析，挖掘样品中物种组成、功能基因转录调控和代谢通路等遗传多样性和分子生态信息。宏转录组（医学）通过分析微生物群体的整个转录组，揭示了微生物群落与人类健康之间的复杂联系。这种方法不仅增进了对于正常生理状态下微生物活动的理解，也帮助识别了在疾病发展过程中微生物功能的变化。
2024-07-26 18:49:25
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原创 一文读懂5R微生物多样性（医学）高通量测序服务策略
5R微生物多样性（医学）测序服务是通过对16S rRNA基因上的特定区域（V2、V3、V5、V6、V8）进行多重PCR扩增和测序，来实现对微生物物种的高覆盖率和高分辨率检测。与常规V3V4区扩增策略相比，此方法扩增出的区域覆盖约68%的16S全长序列，可以大幅提高细菌物种检测的覆盖率和分辨率，尤其适合于低微生物量的样品检测，有效降低了组织中宿主DNA对细菌16S rDNA扩增的严重干扰。5R 16S测序技术在医学领域具有广泛的应用前景，特别是在肿瘤微生物组的研究和临床应用方面展现出巨大的潜力。
2024-07-26 18:43:53
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原创 一文读懂美格基因云组学-DNA宏病毒组分析策略！
根据关注的病毒分类/病毒类型/对应样本，对病毒进行筛选，筛选后将生成对应的序列、注释表及不同水平的RPKM丰度表。RPKM丰度表将进入后续分析点供您选择进行分析。同时支持下载筛选的序列和注释结果，
2024-07-12 17:45:42
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原创 全国首创！RNA宏病毒组分析流程上“云”，让你成为科研界的“硬核玩家”！
根据关注的病毒分类/病毒类型/对应样本，对病毒进行筛选，筛选后将生成对应的序列、注释表及不同水平的RPKM丰度表。RPKM丰度表将进入后续分析点供您选择进行分析。同时支持下载筛选的序列和注释结果，个性化筛选病毒注释信息进行全面的剖析。
2024-07-05 15:32:23
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原创 一文读懂16S+高通量qPCR芯片联合分析思路！
随着高通量技术在微生物组学中的广泛应用，科研人员可以从基因组、转录组、蛋白组、代谢组等分子生物学水平获得数量庞大的组学数据，并进行多组学的联合分析。多组学联合分析加深了我们对生物过程和分子机制的理解，并将组学研究从部分延伸到了整体，为微生物组学研究提供了新的思路。美格基因基于高通量16S扩增子测序数据及，开发出联合分析流程，助力微生物群落结构及功能研究。16S rDNA基因是对原核微生物进行系统化分类研究时最常用的分子标志物，广泛应用于微生物生态学研究。
2024-06-28 17:34:41
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原创 一文读懂宏基因组元素循环分析全新升级策略
是一种基于高通量测序技术的微生物群落分析方法，旨在全面揭示环境中微生物对元素循环的贡献和作用机制。），已积累颇为丰富的项目经验。此次更新不但保留了原有的DiTing分析流程，还新增了涵盖更多元素循环功能基因的宏基因组元素循环分析新流程，提供两种分析模式供您选择，分析更多样化。
2024-06-21 15:03:12
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原创 人全外显子测序服务——深度探索遗传变异与疾病关系的奥秘！
人全外显子测序（Whole Exome Sequencing，WES）是一种基因分析技术，精准聚焦于人类基因组中编码蛋白质的关键片段——外显子。虽仅占基因组的1%，却蕴含着85%以上疾病相关突变的秘密。通过高灵敏捕获与深度测序，WES能高效识别SNPs、InDels乃至CNVs等细微变异，为遗传病、癌症等健康挑战提供宝贵的遗传线索。基因结构图。
2024-06-13 17:40:37
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原创 美格基因 | 宏基因组学知识分享
宏基因组测序是以特定环境中的整个微生物群落作为研究对象，它摆脱了微生物难分离难培养的技术限制，只需从样品中提取全部微生物的总DNA进行测序。根据高通量测序平台的不同，可分为宏基因组（二代）和宏基因组（三代）。
2024-05-27 15:02:14
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原创 美格基因 | 高通量单菌种单细菌转录组（MscRNA-Seq）
与传统的宏转录组测序或混合菌落的转录组测序相比，高通量单细胞转录组测序的优势在于其能够消除群体平均水平效应，揭示菌群内部的异质性，特别是对于那些在群体中比例较小但功能上至关重要的细胞类型或状态。美格基因推出基于随机引物的单细胞全长转录组扩增技术（M20-Seq）的高通量单菌种单细菌转录组测序服务（MscRNA-Seq），实现在单细胞分辨率水平上对微生物功能进行研究，拓展细菌单细胞转录组研究新思路。使用氨苄西林（AMP）对大肠杆菌进行处理，对大肠杆菌的不同处理时间点的样本进行M20-Seq单细菌转录组检测。
2024-05-23 14:24:53
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原创 美格基因·项目文章 | 抗生素和重金属胁迫下塑料际中毒力因子基因的选择性富集
在W-PS和S-PS中，确定性过程（8 %和10 %）比随机过程（5 %和5 %）解释了更多的VFG谱变化，而在土壤和水（7 %和8 % ,水和土的随机过程分别为7 %和15 %）（图4E-H）中发现了相反的结果。此外，在塑料际水体中，AC处理中的VFGs丰度低于CIP处理，这可能是由于砷和环丙沙星在水塑料上的竞争吸附，降低了污染物对VFGs选择的压力，同时AC塑料际中的As浓度低于CIP处理。除了砷的解毒作用外，在砷压力下，塑料际中编码有利于微生物生存的功能的基因被额外选择，从而导致砷形态的变化。
2024-05-17 10:54:09
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原创 美格基因·项目文章 | 多组学分析揭示了肠道微生物群在调节自闭症谱系障碍（ASD）儿童中不均衡饮食摄入与胃肠道（GI）症状关联中的作用
此外，磷酸肌醇代谢、色氨酸代谢、丙酮酸代谢、苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸的生物合成、嘌呤代谢、卟啉代谢、生物素代谢和次生胆汁酸的生物合成等8种代谢途径也出现了变化（图3d和8）。作者基于16S rRNA和非靶向代谢组学，分析了90名ASD儿童和90名典型发育中的（TD）儿童的微生物组和代谢组学数据，以及饮食摄入量和GI症状评估结果。为了确定代谢物发生显著变化的重要 KEGG 通路，根据397个代谢物进行了代谢物通路富集分析（MPEA），找出了25个关键代谢通路，进一步表明了不同的代谢状态（图3d）。
2024-05-06 16:35:27
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原创 美格基因 | 美格云-人工智能助力科学研究！
在此之前，美格云平台本身所搭载的图片功能，已能满足使用者90%以上的调整需求，但我们不满足于此，我们将功能扩充优化，集成了成千上万的图片调整模块，结合人工智慧机器人程序，诞生了ChatPlot！→ 您好，请把Y轴最大高度变成1.5，并把OTU_1改为粉色，OTU_2改为红色。→您好，请把heatmap系列显示标签，字体大小为13，并设置红色边框。进入分析点图片工具，点击如下图（AI头像），呼叫出Chatplot！(2) OTU_1改为粉色，OTU_2改为红色。(2) 字体大小13，红色边框。
2024-04-28 11:22:26
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原创 美格基因｜“云-进化树”，一款进化树可视化编辑的利器！
系统进化树主要由节点和进化分支（branch）组成，每一节点表示一个分类学单元（属、种群、个体等），进化分支定义了分类单元（祖先与后代）之间的关系，一个分支只能连接两个相邻的节点，以便从直观上判断物种间的亲缘关系。下面简单说明“云-进化树”的功能菜单，配置模板说明文件，便于用户使用，注释文件也有相应的模板以及对应的说明文件。进化树分支的图像称为进化的拓扑结构，其中分支长度表示该分枝进化过程中变化的程度，标有分枝长度的进化分支叫。，更为便捷地编辑进化树的在线工具。【云生态】-【云工具】-【云进化树】
2024-04-22 16:52:54
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原创 美格基因 | 宏病毒组学知识分享
病毒宏基因组又称宏病毒组（Virome），是在宏基因组学理论的基础上，结合现有的病毒学和分子生物学技术而兴起的一个新的学科分支。宏病毒组突破了传统技术方法的局限，直接以环境或组织中所有病毒的遗传物质为研究对象，能够快速准确的鉴定样本中所有的病毒组成，是一种发现新病毒、研究病毒群体结构和多样性、监控病毒变异和进化研究的有力手段。在病毒发现、病毒溯源、微生物预警等方面具有重要作用。
2024-04-19 10:21:58
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