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RSS订阅原创 美格基因｜【单细胞测序样本处理指南】解离VS抽核，你的实验该如何选择？
单细胞测序（scRNA-seq）与单细胞核测序（snRNA-seq）技术各具优势：前者捕获完整细胞转录信息但需新鲜样本，后者兼容冻存组织且能保留稀有细胞类型。scRNA-seq易受解离应激影响，而snRNA-seq虽检测基因数较少，却能规避细胞活性限制和解离偏倚。选择策略需综合样本状态（冻存/新鲜）、目标细胞类型（免疫/实质细胞）及研究需求，临床冻存样本和大细胞组织推荐snRNA-seq，免疫细胞研究可优先scRNA-seq。两者联用可互补构建更全面的细胞图谱。
2025-05-30 11:00:09
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原创 环境DNA宏条形码技术，鱼类检测引物如何选择？
因此，选择鱼类引物时，可先基于模拟匹配的数据，选择灵敏度高、非特异度低、科覆盖度高和分辨率高的几对引物进行研究区域的实际样本实验验证，最终确定适合该区域和研究目标的引物对，以支持大范围实验的开展。这8对引物模拟比对验证结果表明，在鱼类中，12SV5引物分辨率最低为75%，L1091.H1478和AcMDB07这2对引物分辨率最高为94%。这8对引物模拟比对验证结果表明，在鱼类中，除L1091.H1478在鱼类类群中科水平覆盖度最低，其他7对引物覆盖度都大于80%。八对引物在12S基因上位置示意图。
2025-04-27 17:28:58
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原创 美格基因｜代谢组学入门: 揭开生命活动的“化学密码
代谢组学是系统生物学中的一部分，系统生物学包含多个”组学”，可用以解释生物体从基因层级到人眼可观察到的遗传性状表现型的所有过程，包括：基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、表型组学，这些组学分别对应不同的研究目标: DNA、RNA、蛋白质、代谢物、遗传性状。而代谢组学就如其名称，是关于代谢物的研究，是将生物体细胞代谢的过程中所产生的，分子量1500 da以内的小分子，进行整合性分析。代谢组学是一个在近十年来相对新的概念，包含许多生物化学活动的直接标志物，可以直接与基因表现型进行关联。
2025-03-20 16:16:35
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原创 国自然攻略：如何巧用关联分析，发掘新思路？
在申请国自然基金时，除了确保研究方向与当前主流科研领域相契合之外，创新性始终是评审专家最为看重的关键因素，它在很大程度上决定了申请能否成功获批。创新性可以体现在一种新的技术、新的角度、新的问题、新的机制等，但这需要基于严谨的科学依据而非空想。而组学技术的发展无疑为我们的各项研究提供了强大的助力，巧用不同组学之间的数据进行关联分析，往往可以更快地帮助我们理清思路，找到新的切入点，为我们的创新性体现提供依据。
2025-02-21 14:07:16
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原创 下一代测序技术在宏基因组学中的应用
宏基因组学（Metagenomics），又称为微生物环境基因组学或元基因组学，是一种研究特定环境中全部微生物遗传组成及其群落功能的新兴学科。随着高通量、低成本的下一代测序技术（Next-Generation Sequencing, NGS），特别是宏基因组下一代测序（mNGS）技术的出现，极大地推动了宏基因组学的研究和应用。宏基因组测序利用新一代高通量测序技术（NGS）对特定环境中的微生物基因组进行研究分析。它结合生物信息学方法，研究微生物多样性、群落结构、进化关系、功能预测以及与环境的互作关系。
2024-12-18 16:25:24
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原创 一文解析“宏基因组学”基础概念！
宏基因组学一词最早是由 Jo Handelsman于1998年提出。要解答宏基因组是什么？我们先分解一下它的词源。前缀 'meta-' 起源于希腊语，意思是。而基因组学是。与基因组学本身一样，宏基因组学既是一组研究技术，包括许多相关的途径和方法，也是一个研究领域。
2024-12-13 13:46:15
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原创 云端启航：云-病毒基因组助力病毒研究！
现在，您可以根据具体的研究目的和需求，自由灵活地调整各项分析参数，确保所得结果的精确性和可靠性。更令人欣喜的是，平台操作十分简便，只需简单点击你的鼠标，即可一键启动分析流程，同时，云-病毒基因组引入了前沿、直观的可视化工具，将复杂的分析结果以清晰、简洁的图表形式展现给大家。病毒是一类非常简单的生命体，遗传物质包含DNA或RNA，病毒基因组测序是基于Illumina高通量测序平台，测序得到大量的病毒基因组数据，利用生物信息分析手段，对病毒基因组进行组装和相应的注释。Uniport功能注释。
2024-12-06 10:19:27
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原创 宏基因组（病原微生物研究）测序分析服务助力医学研究
病原微生物研究是基于宏基因组学可直接以环境或人体等样本中总DNA为研究对象的特点，结合通过文献与数据库查找和筛选后构建专业的数据库（微生物比对数据库、人类病原微生物注释库、人类病原微生物参考基因组数据库）而成的新组学产品，开启了病原微生物研究的新时代。该产品可直接对临床样本中的核酸进行检测，获取样本中病原微生物的组成和丰度等信息，为病原微生物致病机制、治疗方案和防控管理等方面提供研究新思路。
2024-11-29 11:22:10
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原创 原核转录组新增三大分析点：新转录本预测、反义转录本分析、sRNA分析
把Rockhopper所发现的新基因间区转录本与RNAcentral数据库进行注释，然后将未注释上的转录本与NR数据库进行注释获取未注释上的转录本，将这两部分合并作为候选sRNA，并过滤掉长度不匹配的。用Rockhopper软件将测序结果与参考基因组进行比对，并与已注释的基因进行比较，从而发现未知转录本区域，将与RNAcentral数据库注释不上且在nr数据库能注释上的转录本区域作为具有编码潜能的。这些转录本通常在基因的反义链上转录，可以与正义转录本形成双链RNA结构，从而影响基因的表达和功能。
2024-11-14 16:36:58
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原创 基于reads的宏基因组与宏转录组医学分析流程正式上线！
随着生物医学领域的快速发展，和正逐渐成为研究微生物群落及其在人体健康与疾病中作用的关键技术。然而，医学研究样品往往存在微生物含量较低的情况，这给数据分析带来了挑战。为了解决这一难题，并适应不断增长的研究需求，我们特别开发了和。新的分析流程不仅为提供了强大的工具，也带来了新的视角，以更深入地理解微生物在疾病发生发展中的作用。
2024-11-14 16:31:52
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原创 云-转录组平台升级解锁更多实用交互式功能
转录组测序作为基因表达研究中最基础和重要的手段之一，通过对细胞或组织中的全部mRNA进行测序，可以全面了解基因在特定生理或病理状态下的表达模式。其已然成为分子生物学研究的标配，为了更好的服务客户，继上次针对转录组整体新增了图片工具模块，我们又针对单个分析点的交互式功能进行了进一步优化，以满足客户的多元化的交互需求。本次升级包括和。
2024-10-31 17:37:27
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原创 高通量qPCR芯片云分析全新升级，助力科研加速前行！
首先，依据具体需求选择“待处理的结果集”，该结果集基于“绝对定量统计表”，可包含所有功能基因分类（default）或部分（单独筛选）功能基因分类的结果集。首先，依据具体需求选择“待处理的结果集”，该结果集基于“绝对定量统计表”，可包含所有功能基因分类（default）或部分（单独筛选）功能基因分类的结果集。完成选择后，点击“运行”按钮。首先，依据具体需求选择“待处理的结果集”，该结果集基于“绝对定量统计表”，可包含所有功能基因分类（default）或部分（单独筛选）功能基因分类的结果集。
2024-10-17 14:45:51
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原创 一文介绍“微生物多样性（绝对定量）测序分析服务”
扩增子测序是一种基于高通量测序技术的方法，用于研究特定基因区域（通常是标记基因）的多样性，这些基因在不同物种间具有保守性和可变性，能够反映微生物群落的组成。常规微生物多样性测序仅产生相对丰度的数据，会导致OTU/ASV分析中的高假阳性率和相关分析偏差，无法体现样本中物种的真实数量和组间样本的真实差异以及微生物群落的绝对丰度变化。因此，更加准确的绝对定量可以揭示特定微生物类群的真实数量变化，这对于理解其在生态系统中的作用至关重要。美格基因技术团队经过潜心的研发与优化，正式上线！
2024-10-11 12:07:25
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原创 微生物多样性数据的可视化技巧
图d则是使用组内样品的Bray-Curtis距离作为Y轴，可以看出与 YY17 相比，XS14 的细菌群落在除了块土之外的生态位中差异相对较高，表明XS14在根相关生态位中拥有更复杂和多功能的微生物群落。图1A使用箱线图展示了α多样性（Shannon指数）和物种丰富度（Chao1指数）从3个月到12个月的显著增加，而图1C是图1A的另一种表现形式，作者使用了对应关系的样本进一步揭示了α多样性的变化趋势。作者这里使用了质心-样品点连线的辅助线，并放大质心点的大小，会比使用椭圆更直观地展示分组间的规律。
2024-09-24 17:47:46
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原创 云端启航，探索微生物奥秘——美格基因云组学分析全新升级！
在涵盖物种分类水平的交互分析中，由于有Kingdom、Phylum、Class、Order、Family、Genus和Species等7种分类水平，而在旧交互分析界面只能一次选择一个分类水平运行，这无疑增加了分析的操作步骤。在云组学的交互分析点中，每一个项目的样本都需要细致的分组才能进行深入的分析。首先，登录到您感兴趣的交互分析点，点击分组方案模块，找到“下载分组模版”的选项。完成表格填写后，返回云平台的分组方案模块，点击“上传分组文件”，选择您编辑好的表格文件进行上传。经过不懈的努力与创新，今日，
2024-09-19 17:27:34
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原创 一文读懂多组学联合分析产品在医学领域的应用
本研究记录了一组匹配的正常衰老（NA）和非传染性疾病老年人的多模式脑电图（EEG）数据，并收集了他们的粪便样本和尿液外泌体，通过整合宏基因组学、蛋白质组学和代谢组学分析，确定非传染性疾病的多组学特征和代谢途径。我们的研究首次描述了血毒症发展过程中血清外泌体的分子动力学特征，并提出了一些假设的分子机制，为正在进行的脓毒症斗争提供有帮助的诊断和治疗见解。例如，通过分析患者的基因组、转录组、蛋白质组和代谢组数据，可以发现与特定疾病相关的特定分子标志物，从而提高诊断的准确性和敏感性。影响因子：46.297。
2024-09-12 18:08:47
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原创 一文读懂5R微生物多样性产品在医学领域的应用
实体肿瘤中的微生物群早在100多年前就已经被识别出来；然而，其异质性的组成和多样性直到最近才得以揭示。越来越多的证据表明，肿瘤内微生物群的几种功能机制影响着肿瘤的发生和发展，这提示肿瘤内微生物群可能是多种癌症的一个有前景的生物标志物。肿瘤内微生物群的低生物量给相关研究带来了重大挑战，因此需要使用多模态整合框架来解决这一难题。诸如5R 16S rRNA测序、单细胞测序等先进技术提供了重要的线索，而功能实验和基于培养的方法逐步优化则使得对其中涉及的基本机制进行更深入的研究成为可能。
2024-09-09 09:56:00
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原创 一文读懂宏基因组二代测序技术在医学研究中的应用
作者结合宿主和微生物特征，建立了综合脓毒症诊断模型，该模型识别出了99%经微生物学确认的脓毒症病例，同时在疑似脓毒症病例中预测脓毒症的比例为74%，在不确定脓毒症病例中为89%。研究发现，ARFID儿童的肠道微生物组成和多样性与健康儿童存在差异，但3至6岁和7至12岁两个年龄段的ARFID儿童之间，其肠道微生物组成和多样性并无显著不同。虽然单独使用拟杆菌的无菌小鼠的单核化不足以导致对高寄生虫血症的易感性，但多项研究的荟萃分析支持拟杆菌在严重疟疾易感性中的主要作用。重要的是，与CRC相关的毒力因子（如。
2024-08-30 16:23:12
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原创 干货学习｜一文解答微生物多样性常见问题
（3）与OTU相比，ASV具有更高的分辨率，并显示出更好的特异性和更低的假序列率，这对较低的种属分类水平影响较大，而对较高的分类学水平（门水平）组成的影响较小，ASV能够使得环境因子对微生物群落能够获得更高的解释度，因而对于物种信息更为复杂的环境样品建议采用ASV划分方式；答：目前来说，16S常用来分析菌群的群落，物种的组成，多样性分析等，但是由于16S测序（16S仅对16S区域进行测序无法获得基因组上的基因序列）仅能做物种层面的分析，如果想要研究具体的功能和基因，推荐选择宏基因组。
2024-08-23 11:08:27
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原创 云端启航——云-宏蛋白组学平台震撼上线！
宏蛋白，是指由环境微生物如土壤、肠道、水体、淤泥以及食品等中含有的微生物所表达的蛋白质。宏蛋白的研究通常与宏蛋白质组学紧密相关。宏蛋白组学是一门大规模的定性和定量分析蛋白质以分析环境中的微生物群落的学科，它通过质谱技术采集特定环境条件下微生物种群中全部蛋白质信息，从而探索微生物组成以及蛋白特征，揭示微生物与环境之间的相互关系。为了更贴合现在的科研需求，美格基因研发团队不断创新，正式推出云-宏蛋白组学平台。
2024-08-15 15:54:37
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原创 医学组学1+1＞2：代谢组+转录组/微生物组关联分析策略及案例解读
16S测序显示，暴露于顺铂后，盲肠内容物中肠道微生物组的组成发生了显著变化。而整合代谢组学、转录组学与微生物组学的数据，进行关联分析，不仅能够实现信息的互补验证，还能通过构建相关性网络，揭示不同层面间的内在联系。美格基因于6.28推出了2款医学多组学关联分析产品：代谢组与微生物组联合分析（医学）、代谢组与转录组联合分析（医学），作为目前医学研究中应用最为广泛的2种组学关联分析策略，适用于多种医学研究场景：营养与健康/饮食研究、生物标志物的发掘、疾病机理研究、药物作用机制、抗生素耐药性研究......
2024-08-08 18:28:57
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原创 全新服务! 科研加速器：定制科研级服务器工作站搭建服务
适用：微生物多样性｜细菌/真菌/病毒基因组｜代谢组｜蛋白组等参数区间：CPU数:【16~32】核;内存:【32~64】G;数据盘:【10~15】T;知名品牌: 【联想】成交费用：3~8万（根据各别具体需求而定）
2024-08-02 10:34:26
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原创 宏转录组在医学研究中的应用案例解析
宏转录组（医学）是以医学样本（如人体不同部位的微生物群落、临床样本等）中的整个微生物群落作为研究对象，对样品中微生物群落的RNA做全面测序，经过组装、基因预测、基因注释与丰度计算等分析，挖掘样品中物种组成、功能基因转录调控和代谢通路等遗传多样性和分子生态信息。宏转录组（医学）通过分析微生物群体的整个转录组，揭示了微生物群落与人类健康之间的复杂联系。这种方法不仅增进了对于正常生理状态下微生物活动的理解，也帮助识别了在疾病发展过程中微生物功能的变化。
2024-07-26 18:49:25
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原创 一文读懂5R微生物多样性（医学）高通量测序服务策略
5R微生物多样性（医学）测序服务是通过对16S rRNA基因上的特定区域（V2、V3、V5、V6、V8）进行多重PCR扩增和测序，来实现对微生物物种的高覆盖率和高分辨率检测。与常规V3V4区扩增策略相比，此方法扩增出的区域覆盖约68%的16S全长序列，可以大幅提高细菌物种检测的覆盖率和分辨率，尤其适合于低微生物量的样品检测，有效降低了组织中宿主DNA对细菌16S rDNA扩增的严重干扰。5R 16S测序技术在医学领域具有广泛的应用前景，特别是在肿瘤微生物组的研究和临床应用方面展现出巨大的潜力。
2024-07-26 18:43:53
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原创 一文读懂美格基因云组学-DNA宏病毒组分析策略！
根据关注的病毒分类/病毒类型/对应样本，对病毒进行筛选，筛选后将生成对应的序列、注释表及不同水平的RPKM丰度表。RPKM丰度表将进入后续分析点供您选择进行分析。同时支持下载筛选的序列和注释结果，
2024-07-12 17:45:42
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原创 全国首创！RNA宏病毒组分析流程上“云”，让你成为科研界的“硬核玩家”！
根据关注的病毒分类/病毒类型/对应样本，对病毒进行筛选，筛选后将生成对应的序列、注释表及不同水平的RPKM丰度表。RPKM丰度表将进入后续分析点供您选择进行分析。同时支持下载筛选的序列和注释结果，个性化筛选病毒注释信息进行全面的剖析。
2024-07-05 15:32:23
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原创 一文读懂16S+高通量qPCR芯片联合分析思路！
随着高通量技术在微生物组学中的广泛应用，科研人员可以从基因组、转录组、蛋白组、代谢组等分子生物学水平获得数量庞大的组学数据，并进行多组学的联合分析。多组学联合分析加深了我们对生物过程和分子机制的理解，并将组学研究从部分延伸到了整体，为微生物组学研究提供了新的思路。美格基因基于高通量16S扩增子测序数据及，开发出联合分析流程，助力微生物群落结构及功能研究。16S rDNA基因是对原核微生物进行系统化分类研究时最常用的分子标志物，广泛应用于微生物生态学研究。
2024-06-28 17:34:41
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原创 一文读懂宏基因组元素循环分析全新升级策略
是一种基于高通量测序技术的微生物群落分析方法，旨在全面揭示环境中微生物对元素循环的贡献和作用机制。），已积累颇为丰富的项目经验。此次更新不但保留了原有的DiTing分析流程，还新增了涵盖更多元素循环功能基因的宏基因组元素循环分析新流程，提供两种分析模式供您选择，分析更多样化。
2024-06-21 15:03:12
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原创 人全外显子测序服务——深度探索遗传变异与疾病关系的奥秘！
人全外显子测序（Whole Exome Sequencing，WES）是一种基因分析技术，精准聚焦于人类基因组中编码蛋白质的关键片段——外显子。虽仅占基因组的1%，却蕴含着85%以上疾病相关突变的秘密。通过高灵敏捕获与深度测序，WES能高效识别SNPs、InDels乃至CNVs等细微变异，为遗传病、癌症等健康挑战提供宝贵的遗传线索。基因结构图。
2024-06-13 17:40:37
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原创 美格基因 | 宏基因组学知识分享
宏基因组测序是以特定环境中的整个微生物群落作为研究对象，它摆脱了微生物难分离难培养的技术限制，只需从样品中提取全部微生物的总DNA进行测序。根据高通量测序平台的不同，可分为宏基因组（二代）和宏基因组（三代）。
2024-05-27 15:02:14
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原创 美格基因 | 高通量单菌种单细菌转录组（MscRNA-Seq）
与传统的宏转录组测序或混合菌落的转录组测序相比，高通量单细胞转录组测序的优势在于其能够消除群体平均水平效应，揭示菌群内部的异质性，特别是对于那些在群体中比例较小但功能上至关重要的细胞类型或状态。美格基因推出基于随机引物的单细胞全长转录组扩增技术（M20-Seq）的高通量单菌种单细菌转录组测序服务（MscRNA-Seq），实现在单细胞分辨率水平上对微生物功能进行研究，拓展细菌单细胞转录组研究新思路。使用氨苄西林（AMP）对大肠杆菌进行处理，对大肠杆菌的不同处理时间点的样本进行M20-Seq单细菌转录组检测。
2024-05-23 14:24:53
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原创 美格基因·项目文章 | 抗生素和重金属胁迫下塑料际中毒力因子基因的选择性富集
在W-PS和S-PS中，确定性过程（8 %和10 %）比随机过程（5 %和5 %）解释了更多的VFG谱变化，而在土壤和水（7 %和8 % ,水和土的随机过程分别为7 %和15 %）（图4E-H）中发现了相反的结果。此外，在塑料际水体中，AC处理中的VFGs丰度低于CIP处理，这可能是由于砷和环丙沙星在水塑料上的竞争吸附，降低了污染物对VFGs选择的压力，同时AC塑料际中的As浓度低于CIP处理。除了砷的解毒作用外，在砷压力下，塑料际中编码有利于微生物生存的功能的基因被额外选择，从而导致砷形态的变化。
2024-05-17 10:54:09
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原创 美格基因·项目文章 | 多组学分析揭示了肠道微生物群在调节自闭症谱系障碍（ASD）儿童中不均衡饮食摄入与胃肠道（GI）症状关联中的作用
此外，磷酸肌醇代谢、色氨酸代谢、丙酮酸代谢、苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸的生物合成、嘌呤代谢、卟啉代谢、生物素代谢和次生胆汁酸的生物合成等8种代谢途径也出现了变化（图3d和8）。作者基于16S rRNA和非靶向代谢组学，分析了90名ASD儿童和90名典型发育中的（TD）儿童的微生物组和代谢组学数据，以及饮食摄入量和GI症状评估结果。为了确定代谢物发生显著变化的重要 KEGG 通路，根据397个代谢物进行了代谢物通路富集分析（MPEA），找出了25个关键代谢通路，进一步表明了不同的代谢状态（图3d）。
2024-05-06 16:35:27
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原创 美格基因 | 美格云-人工智能助力科学研究！
在此之前，美格云平台本身所搭载的图片功能，已能满足使用者90%以上的调整需求，但我们不满足于此，我们将功能扩充优化，集成了成千上万的图片调整模块，结合人工智慧机器人程序，诞生了ChatPlot！→ 您好，请把Y轴最大高度变成1.5，并把OTU_1改为粉色，OTU_2改为红色。→您好，请把heatmap系列显示标签，字体大小为13，并设置红色边框。进入分析点图片工具，点击如下图（AI头像），呼叫出Chatplot！(2) OTU_1改为粉色，OTU_2改为红色。(2) 字体大小13，红色边框。
2024-04-28 11:22:26
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原创 美格基因｜“云-进化树”，一款进化树可视化编辑的利器！
系统进化树主要由节点和进化分支（branch）组成，每一节点表示一个分类学单元（属、种群、个体等），进化分支定义了分类单元（祖先与后代）之间的关系，一个分支只能连接两个相邻的节点，以便从直观上判断物种间的亲缘关系。下面简单说明“云-进化树”的功能菜单，配置模板说明文件，便于用户使用，注释文件也有相应的模板以及对应的说明文件。进化树分支的图像称为进化的拓扑结构，其中分支长度表示该分枝进化过程中变化的程度，标有分枝长度的进化分支叫。，更为便捷地编辑进化树的在线工具。【云生态】-【云工具】-【云进化树】
2024-04-22 16:52:54
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原创 美格基因 | 宏病毒组学知识分享
病毒宏基因组又称宏病毒组（Virome），是在宏基因组学理论的基础上，结合现有的病毒学和分子生物学技术而兴起的一个新的学科分支。宏病毒组突破了传统技术方法的局限，直接以环境或组织中所有病毒的遗传物质为研究对象，能够快速准确的鉴定样本中所有的病毒组成，是一种发现新病毒、研究病毒群体结构和多样性、监控病毒变异和进化研究的有力手段。在病毒发现、病毒溯源、微生物预警等方面具有重要作用。
2024-04-19 10:21:58
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